2004年に「プロジェクト研究所規程」が設けられ、東京経済大学の専任教員を所長とする3年から5年の時限付きのプロジェクト研究所が設置されるようになった[17]。詳細は「 ⇒プロジェクト研究所」を参照
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学術研究センター

東京経済大学にはかつて貿易研究所(1957)、産業貿易研究所（1958)、経済経営研究所(1967)などの学内研究所が設置されていたが、1970年以降は、学内研究所が存在していなかった。しかし、20世紀末を迎える頃から、資源や資本設備といった物的資本に代わって、知識や人的資本といった無形資産が経済成長や社会発展の主役となる知識基盤社会の到来が現実のものとなってきた。各研究分野では国境や分野を超えたグローバルな競争が高まり、日進月歩の技術革新や知識のパラダイム変化は大学での研究のありかたにもさまざまな変化をもたらした。[18][19]

こうした時代変化に応えるために、東京経済大学では専任教員の一層の研究支援、学外機関との共同研究の促進、外部研究資金導入の基盤形成を目的として、2000年5月に、この学術研究センターを設立した。東京経済大学では教育と研究を常に車の両輪として等しく尊重してきたが、ことに現代の知識基盤社会では、旧来の知識体系が短期間で覆され、絶えずイノベーションが生じるため、研究活動が停滞すると必然的に教育の質も低下していくことになる。現代では、新たな研究に挑戦し続ける研究者こそが、学生にとってもっとも魅力的な教育者となりえる。[18][19]

学術研究センターの設立によって、東京経済大学の研究支援体制は格段に向上し、科学研究費の採択件数も近年一貫して増加傾向にある。今後はますます分野、所属組織、性別、年齢を超えた情報交換と研究協力の媒介者の役割を果たすことで東京経済大学の研究活動を支援していくとしている。[18][19]



大学院の誕生と発展

研究活動の強化と高度な専門教育を行う目的で、まず、1970年（昭和45年）に大学院経済学研究科経済学専攻修士課程を、1976年（昭和51年）には同博士後期課程を設置した。[20]

つづいて、1984年（昭和59年）に経営学研究科経営学専攻修士課程、1986年（昭和61年）に同博士後期課程を設置、また、1999年（平成11年）にはコミュニケーション学部学生の卒業にあわせてコミュニケーション学研究科コミュニケーション学専攻修士課程を設置、2001年（平成13年）に同博士後期課程の設置を経て、2004年（平成16年）には現代法学部学生の卒業にあわせて現代法学研究科現代法学専攻修士課程を設置し、現在では4研究科４専攻体制となっている。[20]

加えて、勉学意欲旺盛なシニア層に応えるべく、2006年10月から2007年4月にかけて各研究科修士課程において4年計画で修士学位取得を目指せるシニア大学院制度を導入した。また、コミュニケーション学研究科において博士後期課程のシニア入試制度を2017年4月から開始し、2020年4月からは経済学研究科とあわせて、シニア層に対し、6年計画で博士学位取得を目指せる制度を設けた。