全て東京水上警察署から移管された。 「台場」などをはじめとする東京湾岸地区の急速な発展に伴い、2005年度の東京都予算案[5] に「臨港警察署」（仮称）の設置経費が盛り込まれた。この施策については、東京都の治安強化策の一環として2004年（平成16年）2月25日の東京都知事施政方針表明[6] でも触れられ、当時から「湾岸署」という愛称で呼ばれるのではないかと話題となった[7]。 その後2005年（平成17年）6月に庁舎建設契約が東京都議会で議決され[8]、東京水上警察署を廃して周辺所轄である深川警察署、城東警察署、三田警察署、愛宕警察署、大井警察署、大森警察署、高輪警察署などの管轄を調整・機能強化する形で新設を決定、警視庁では1998年（平成10年）の竹の塚警察署以来、10年ぶりの新設署であった。 廃止された交番を活用して、日中は民間人の「安全サポーター」が詰める地域安全活動の拠点である。 東京湾岸署は、水上での警察活動の拠点として水上署から引き継がれた水上派出所がある。 東京湾岸署は水上を担当する「水上安全課」があり、旧東京水上署の舟艇課から警備艇（正式名称は「警察用船舶」）を引き継いだ。現在は25隻の警備艇を保有している。
京浜港東京区
東京都内各河川の一部
隅田川（白鬚橋以南）
荒川（船堀橋以南）
多摩川（大師橋以東）
沿革
2004年（平成16年）2月25日 - 東京都知事の石原慎太郎が施政方針演説の中で、2005年度予算に臨海副都心の警察署新設経費を盛り込むことを発表する。
2007年（平成19年）
6月27日 - 名称が「東京湾岸警察署」に決定する。
10月5日 - 東京都議会で庁舎建設契約を可決する。
2008年（平成20年）
3月18日 - 報道機関向けに庁舎内部が公開される。
3月31日 - 開署・開署式を挙行する。式典には警視総監の矢代隆義や東京都知事の石原慎太郎をはじめ、都や管轄地域の関係者など約230人が出席した。
2012年（平成24年）8月17日 - 東京湾岸警察署別館庁舎建替えに伴い、第五台場交番が品川区東品川五丁目8番4号から港区港南五丁目8番36号（東京湾岸警察署別館新庁舎）へ移転する。
組織
警務課
交通課
警備課
地域課
刑事組織犯罪対策課
生活安全課
水上安全課
交番
第五台場交番（港区港南五丁目8番36号）
水上署より引き継ぐ
大田市場前交番（大田区東海三丁目2番1号）
水上署より引き継ぐ
お台場海浜公園駅前交番（港区台場一丁目5番2号）
水上署より引き継ぐ
都橋交番（江東区東雲一丁目7番45号）
深川署より引き継ぐ
辰巳交番（江東区辰巳一丁目9番25号）
深川署より引き継ぐ
新木場駅前交番（江東区新木場一丁目5番11号）
城東署より引き継ぐ
地域安全センター
大井埠頭地域安全センター（品川区八潮三丁目3番9号）
水上署より引き継ぐ
新木場地域安全センター（江東区新木場一丁目12番1号）
城東署より引き継ぐ
水上派出所羽田水上派出所の警備艇「だいば」
日の出ふ頭水上派出所（港区海岸二丁目）
隅田川水上派出所（中央区東日本橋二丁目）
羽田水上派出所（大田区羽田空港一丁目）
中川水上派出所（江戸川区船堀二丁目）
豊洲運河水上派出所（江東区豊洲四丁目）
警備艇「ひめゆり」
視1 ふじ 20m型
視2 あおみ 17m型
視4 あさしお 12m型
視5 だいば 12m型
視6 たかお 12m型
視8 つきしま 8m型
視9 しおかぜ 12m型
視10 ゆりかもめ 8m型
