中部日本新聞（現・中日新聞）は当時、読売新聞と報道協定を結んでいたが、東京新聞の経営に関わることになったため、読売との協定を解消した[注 3]。そして、中部日本新聞東京支社と同じ日比谷に本社・編集部があった東京新聞を傘下に収めることで、本格的な東京進出への礎石を築いた。1965年（昭和40年）5月、東京都港区港南二丁目の国鉄・京浜急行品川駅港南口に東京の拠点となる新社屋が完成した。

1967年9月30日、中部日本新聞社が東京新聞社の東京新聞の発行と、編集・販売などそれに付帯する一切の業務を譲り受けた。翌日の10月1日付から「東京新聞」は中日グループの関東地方の基幹紙として再スタートを切った。これ以降、東京新聞社は商号保全のための休眠会社として中部日本新聞社→中日新聞社の傘下で法人格のみ存続している。尚、東京新聞社には合併以前にも、東京新聞の前身の一つである「國民新聞」に、これまた中部日本新聞社の前身の一つである新愛知新聞社が、東京新聞成立時まで経営に携わっていたという経緯がある。

2004年9月に、創刊から満120年を迎えた[注 4]。

2006年10月1日に本社を、中日新聞が最初に東京に進出した地である日比谷の日比谷中日ビルに移転（それまでは日比谷分室だったが、施設拡充を行い編集・事業の全ての部門を集約）し、それまでの本社（港区港南）は品川分室となった。その後2008年9月に社屋の老朽化により閉鎖され、跡地には中日新聞社主導による再開発ビル「品川フロントビル」が2010年秋に完成した。品川フロントビルは、豊田通商がほぼ全館を借り切って東京本社を置いた。「豊田通商#会社概要」および「品川フロントビル#入居企業」も参照

2011年4月1日、朝日新聞社と中日新聞社グループの相互委託印刷提携により、川崎市周辺を中心とした地域の新聞を朝日新聞グループ会社の「朝日プリンテック・川崎工場」に委託印刷することになった。なお、この逆で中日新聞北陸本社が発行する北陸中日新聞の印刷拠点である金沢市の幸工場で、北陸地方向けの朝日新聞（大阪本社版[注 5]）の受託印刷が開始された。

2012年12月1日、福島市に福島特別支局を福島民報社4階に開設。中日新聞系列で新聞を発行していない地域での開設は京都支局（閉鎖）と同福島特別支局のみ。東北地方で初めての支局であり、中日新聞社系列の取材拠点として機能する。

2021年4月1日、朝刊1面のレイアウトを大幅リニューアル。これと同時に、4コマ漫画「ねえ、ぴよちゃん」が社会面から最終面に移動した[注 6]。
配布地域・発行部数

関東各都県（東京都・神奈川県・埼玉県・千葉県・茨城県・栃木県・群馬県）と静岡県（遠州を除く）を主要配布対象地域とする。

ただしセット版（夕刊あり）は南関東の4都県のみで、東京都の小笠原諸島では他の主要紙と同じく配達されず、また茨城県・栃木県・群馬県（埼玉県・千葉県は一部地域）および静岡県では朝配達の統合版のみを発行する。

なお静岡県では、伊豆地方の全域と駿河地方のうち県東部の全域においては東京新聞のみを宅配・即売とも扱っている。富士川以西と大井川以東の間（駿河地方のうち富士川以西）の都市部では中日新聞との併売エリアであり、宅配のみの扱いとなっており即売はほとんど行われていない。大井川以西の遠州地方では中日新聞のみの宅配・即売となっている。

東京新聞を主の取り扱いとする専売店は少ないため、専売店がない地区では朝日新聞販売店や毎日新聞販売店・日本経済新聞販売店など他紙販売店に販売・配達を委託している。

一部地域では委託先の東京新聞取り扱い販売店と東京中日スポーツ取り扱い販売店が違う場合がある。

東京新聞の配達エリア外では他の地方紙同様・郵送購読制度を利用するのが普通だが、中日新聞の販売店では宅配に限って一日遅れで月極購読できることもある。
発行部数の推移

2010年55万部、2011年54万部、2012年53万部、2013年53万部、2014年52万部、2015年51万部、2016年49万部、2017年48万部、2018年46万部、2019年43万部、2020年41万部、2021年40万部、2022年39万部[1]。
紙面
論調

旧東京新聞社が発行していた時代は、経営の主導権を旧都新聞出身者が握っていたが、紙面での論調は旧國民新聞のそれを取り入れ、保守強硬路線を採った。当時は、産経新聞が正論路線を本格化させる前で、読売新聞も現在ほど右寄りではなかった。「読売新聞#紙面・論調・歴史」および「産経新聞#日本の国政政党との関係」も参照

昭和30年代以降東京新聞の右寄り論調は都内の読者層には合わず、経営不振に陥った[1]。1963年11月、中部日本新聞社（現中日新聞社）と業務提携以降は、社説や論調は原則的に中日新聞と同一となり、戦後の中日新聞社の総路線である中道左派、進歩主義（革新）的な思潮に変化していった[1]。現在では親会社の中日新聞社以上に左翼的な論調である。

ただし、名古屋本部が愛知県政、名古屋市政など中京圏特有の課題を掲載する場合は、東京本社で独自に差し替える場合もある。なお社説は中日新聞同様、本文の内容を要約したリード文が付随する（1970年3月より[3]）。「中日新聞#論調・社説」および「しんぶん赤旗#紙面の特徴」も参照
サンデー版

毎週日曜日には「サンデー版」が付録として添付される。サンデー版は8頁建てで、1面と最終面を大きく使って、学校授業でも使えるような「大図解」を展開。中身は週間テレビ表や読み物、クロスワードなどが収録されている。大図解などは一部のブロック紙や地方紙各社にも配給されている。
エイプリルフール

毎年4月1日はエイプリルフールにちなみ、日頃調査報道を行っている「こちら特報部」にて「本当のような嘘の記事」を掲載する[注 7]。この日に掲載される該当面のコラムについてもその日の担当者に嘘のコラムを書いて貰うように依頼したり、2008年からは企業による協力で広告スペースについても嘘の内容[注 8]を掲載している[4][5]。ただし、2009年はこれまでと趣旨を変え、「嘘のような本当の記事」を掲載した。
中日新聞との共有記事

中日新聞社では、外報部と政治部は東京本社にのみ設置されており、国際欄および夕刊に掲載されている「世界の街角から」は東京本社で制作、中日・東京の両紙共に同一内容を掲載している。

生活家庭面については、主に名古屋本部で製作されたものを掲載しており、中京圏関連の話題が多いが、独自の記事として旧東京新聞社時代から続く読者投書欄「あけくれ」が掲載されている。その他にも、中日新聞に長年連載されていた岡井隆の「けさのことば」(21世紀に入ってから東京新聞でも掲載)は東京新聞では朝刊3面に掲載されていた。

中日新聞社発行各紙や北海道新聞、西日本新聞などブロック紙3社連合に加盟している新聞に掲載される小説や4コマ漫画（朝刊は、2007年3月8日まで佃公彦作の「ほのぼの君」、同年7月1日か2011年12月31日まではさくらももこ作の「ちびまる子ちゃん」、2012年2月1日から2017年3月31日までは森栗丸作の「おーい 栗之助」、2017年4月1日からは青沼貴子の「ねえ、ぴよちゃん」を連載）は、中日新聞東京本社から配信される。それに加え、五木寛之作の小説「親鸞 激動篇」・「親鸞 完結篇」は3社連合以外の地方紙（中国新聞・大阪日日新聞・福島民報・秋田魁新報・岩手日報・新潟日報や中日新聞と競合関係にある静岡新聞・岐阜新聞）などにも配信をしたため話題になっている。詳細は「ブロック紙3社連合#連載漫画」および「中日新聞東京本社#概要・歴史」を参照