同年に、府民550人を函館、根室および宗谷へ移植し、翌1870年 7月11日（明治3年6月12日）に、失業対策として北海道花咲郡（後の色丹郡を除く）、根室郡、野付郡を領有（北海道の分領支配）したが、これは同年11月3日（10月9日）に解消した[57]。
廃藩置県と地域再編「廃藩置県」も参照

1871年（明治4年）4月、4ないし5か旧町または7ないし8か旧村をして1区と改めて再び区分けを為して番組を廃す。年寄職を戸長、副戸長に改める。同年7月14日、廃藩置県が実施され、東京府は京都府、大阪府とともに三府の一つとされた。三府は、首都あるいはその代替地とされていた。

同年12月25日[58]、東京府のほか現在の関東地方に存在していた各県が廃止され、武蔵国荏原郡と豊島郡、および多摩郡、足立郡、葛飾郡のそれぞれ一部を管轄区域とする東京府が改めて設置されることとなった[59]。

ただし多摩郡は横浜に居留する外国人の遊歩区域に一部含まれるとの神奈川県知事・陸奥宗光の上申により、1872年（明治5年）11月23日に全域が神奈川県の管轄とすることに変更された[60]。

旧来の東京府の区域については、1月8日に6の大区の下に97の小区を置き「大区小区制」が敷かれた。廃止各県からの行政の移管は3ヶ月ほどかけて順次行われ、1月14日に旧品川県[61]、1月24日に旧浦和県[62]、3月3日に長浜県（世田谷飛地）[63]、3月16日に旧小菅県[64]から各町村が編入された。この際、多摩郡の一部は品川県・長浜県から一旦東京府に編入されたが、3月1日に神奈川県に移管され[65]、次いで10月12日に現在の中野区、杉並区の区域が東京府の管轄に戻る[66]。これら編入された区域は旧県時代の区割りのまま呼ばれていたが、1873年3月18日に5の大区を設けて総計11大区103小区となった。

1872年（明治5年）、東京府は「戸籍法」の定めるところにより新府域に繰り込まれながらも地名の判然としなかった旧耕地に「有楽町」「霞ヶ関」「三田」など新町名を冠し、地券を交付した。1878年（明治11年）1月11日、静岡県から伊豆諸島を編入[67]。

さらに同年11月、大区小区制を廃し「郡区町村編制法」により旧府域に15区を置く。同時に、旧葛飾郡域を「南葛飾郡」、旧足立郡域を「南足立郡」、旧多摩郡域を「東多摩郡」にそれぞれ改称させ、なおかつ旧豊島郡を南豊島郡と北豊島郡の南北2郡に分かち旧荏原郡を復活させて都合6郡を設けた。このうち東多摩郡と南豊島郡は1896年に合併されて豊多摩郡となった。

同年12月、第一回府会議員選挙が行われ49名が当選。第一回東京府会が開かれた。

1880年（明治13年）10月8日、内務省から小笠原諸島を引継ぎ[68]、同年10月28日に出張所を設置する。
多摩地域移管

1892年（明治25年）、内海忠勝神奈川県知事と富田鐵之助東京府知事は、当時は神奈川県に属していた西多摩郡・南多摩郡・北多摩郡の東京府への移管を井上馨内務卿に建言した。これらの地域は現在の多摩地域と世田谷区の一部にあたる。前述の通り多摩地域は当初東京府・入間県に分属していたほか、東京府への移管の議論は以前からあったもので、理由は玉川上水の水利権の管理および奥多摩地域の水源確保のためとされていたが、自由民権運動が盛んだった多摩地域と現神奈川県地域とを分断するためという噂も立った。このため、神奈川県会では移管反対派乱入事件が発生した。

1893年（明治26年）2月、「s:東京府及神奈川県境域変更ニ関スル法律案」が可決した。多摩3郡の各首長は反対の意志を表して県知事に辞表を提出したが、同年3月6日に同法は公布され、同年4月1日、多摩地域は神奈川県から東京府へ編入され、現在の町田市等を除き、ほぼ現在の東京都の境域が確定した。
東京市制施行

この間、1889年（明治22年）5月1日に東京府内15区を東京府から分立して市制を施行し東京市としたが市制特例により東京市長は府知事が兼ねた（府知事の市長兼務は1898年10月1日に廃止）。

1896年（明治29年）、東京市を「都」に改めて官選都長を置く「東京都制案」、府郡部を県とする「武蔵県設置法案」ともに帝国議会不成立。

1897年（明治30年）、市長を公選とする「東京市制案」、府郡部を県とする「千代田県設置法案」ともに帝国議会不成立。

1898年（明治31年）、市制特例が廃止。東京市役所が開設され、松田秀雄が初代東京市長となる。
関東大震災

1923年（大正12年）9月1日、関東大震災発生により、東京市を中心に甚大な被害を受ける。9月8日、報知新聞が「大阪で遷都論沸く」と報じる。こうした中、9月12日に大正天皇は詔書を布告し、その中では次のように述べられ[69]、大阪への遷都（又は奠都）を明確に否定した。抑モ東京ハ帝國ノ首都ニシテ政治經濟ノ樞軸トナリ國民文化ノ源泉トナリ一朝不慮ノ災害ニ罹リテ今ヤ其ノ舊形ヲ留メスト雖依然トシテ我國都タルノ地位ヲ失ハス

（そもそも東京は帝国の首都にして、政治経済の枢軸となり、国民文化の源泉となり、一朝不慮の災害に罹りて、今やその旧形を留めずといえども、依然として我国の都たるの地位を失わず）
※引用註：（）内は新字・現代仮名遣いに改め、句読点を補ったもの ? 大正天皇、官報号外第12号（大正12年9月12日）[69]
都制施行「東京市#都制施行」および「東京都制」も参照

日本が日中戦争に突入すると戦時体制構築のため、政府は東京府地域の政治・経済の統制強化を要求するようになった。1938年（昭和5年）6月、内務省は「東京都制案要綱」を発表したが東京市35区は内務省案反対を決議した[要出典]。しかし1943年1月、政府が帝国議会に提出した「東京都制案」が可決され同年7月1日、東京都制によって東京府・東京市が廃止されて「東京都」が設置された。旧東京市域は東京都35区となった。一方、東京府下で市制を施行していた東京府八王子市と東京府立川市はそれぞれ東京都八王子市と東京都立川市となった。
政治
行政東京府庁（東京市役所との合同庁舎）

東京府の府庁舎は、1868年（慶応4年）の開庁時には江戸城幸橋門内（現在の千代田区内幸町1丁目）の大和郡山藩上屋敷を接収して使用した。1894年（明治27年）、麹町区有楽町に新庁舎が完成したため移転した。第二次世界大戦（太平洋戦争）後、新庁舎は東京都庁丸の内庁舎として引き継がれたが、旧建物は戦災で焼失している。
東京府知事詳細は「東京都知事一覧」を参照
東京府会詳細は「府県会」を参照
選挙

1899年東京府会議員選挙