そして同年9月3日（7月17日）の「江戸ヲ称シテ東京ト為スノ詔書」[22] [23]が発布されて、同日に江戸府を東京府と改めて[8] [12]、鎮台府を廃止して「鎮将府」を置き鎮将府及び東京府の職制を定めた[24] [25] [26] [27] [28] [29] [注釈 4]。改称当時の読みは「とうきょう」ではなく「とうけい」で、字画は「東亰」であったとも言われる[31]。東京都公文書館によると、詔書には東京の振り仮名がなく明治初年から明治20年代頃までは「トウキョウ」とも「トウケイ」とも呼ばれた[32]。

このとき市政裁判所を廃止して東京府を置くことになったが[33]、同年9月17日（8月2日）に東京府の開庁まで市政裁判所の名目を存続させる事にした[34]。南北市政裁判所は合併し[19]、同年10月3日（8月17日）に大和郡山藩柳沢家の上屋敷を接収して東京府庁にあてた[19] [35]。改装工事のため南裁判所で府庁の事務を開始し[19]、同年10月17日（9月2日）にすべての業務が南裁判所から府庁へ移された[19] [35]。なお、同年10月23日（9月8日）に元号を明治に改めた。

旧民政裁判所が管理していた事務については、同年11月3日（9月18日）に鎮将府会計局[注釈 5]と東京府との管理事務の範囲を定め、東京市中の各種の徴税事務は東京府がこれを管理することとし、市街地、薬物苑、植物園等すべて東京府の管理に属させ、会計局に税を納付させることになる[37]。

旧社寺裁判所が管理していた事務については、同年11月4日（9月19日）に東京府内の社寺からの願伺届の提出先を鎮将府から東京府へ移した[38] [注釈 6]。

同年12月3日（10月19日）に鎮将府を廃止したことに伴い[45] [46]、病院と医学所は東京府の支配とした[47] [48] [49]。

武家屋敷については、同年12月28日（11月15日）に会計官営繕司から東京府へその取り扱いを移した[50] [51] [52] [注釈 7]。しかし武家地の管轄については明らかではないことから取り締まりが行き届かなかったため、翌1869年12月4日（明治2年11月2日）に東京府下の武家地を東京府の管轄とすることになる[53] [54]。このとき戸籍調査や地方関係の事件を東京府が直接管理することになり、これまで武家地に関係する場合に事件の呼び出しは東京府から弁官を経由していたところ、東京府から達することになる[55] [56]。

1869年4月27日（明治2年3月16日）に、朱引内町地の人口1万人を1区として区分けしたうえ区を「番組」と名づけ、既市街地約90km2に50番組を置いた[4]。

同年4月21日（3月10日）に、名主227名全員罷免[4]。代替として翌日に「中年寄」および「添年寄」を、同年6月17日（5月8日）に、朱引外の群政方支配所村町であった荒廃地および農村部190町89村を地方5番組に統括し各区に中年寄および「大年寄」を置き、同年7月30日（6月22日）「町年寄」を新設[4]し、東京府の準官吏として任命。名主業務を新設の各「町用取扱所」に移管させた。

同年に、府民550人を函館、根室および宗谷へ移植し、翌1870年 7月11日（明治3年6月12日）に、失業対策として北海道花咲郡（後の色丹郡を除く）、根室郡、野付郡を領有（北海道の分領支配）したが、これは同年11月3日（10月9日）に解消した[57]。
廃藩置県と地域再編「廃藩置県」も参照