1886年（明治19年）3月2日[25]に帝国大学令によって帝国大学と改称するとともに、工部大学校を吸収合併して法、理、医、文、工の5分科となった。逆に予備門は分離して第一高等中学校となった[24]。1890年（明治23年）に東京農林学校を吸収合併し、農科大学が設置された[24]。

1897年（明治30年）6月22日[25]には京都帝国大学創設により東京帝国大学に改称[24]。1919年（大正8年）の大学令による改革で学部制が採用され、この際に経済学部が新設された[24]。

第二次世界大戦後の1947年（昭和22年）9月30日[25]に東京大学へ改称し、1949年（昭和24年）5月31日[25]に新制国立大学に転換された。この際に第一高等学校と東京高等学校を吸収合併し、それぞれ教養学部と教育学部となった[24]。1953年（昭和28年）4月[26]に大学院が設置され、1958年（昭和33年）4月[26]に薬学部が新設された[24]。詳細な歴史は下記年表を参照のこと。
年表
明治「東京大学 (1877-1886)」も参照加藤弘之（旧東京大学初代綜理・帝国大学第2代総長）渡辺洪基（帝国大学初代総長）浜尾新（帝国大学第3代・東京帝国大学第8代総長）外山正一（帝国大学第4代総長）菊地大麓（東京帝国大学第5代総長）山川健次郎（東京帝国大学第6代・第9代総長）

1877年（明治10年）4月12日 東京開成学校と東京医学校が合併し「東京大学」が設立された[注釈 5]。

1878年（明治11年）12月 文部省、東京大学に学位（学士号）の授与権を与える。

1879年（明治12年）

4月 東京大学の授与する学士号を法学士・理学士・文学士・医学士・製薬士とする。

7月 法理文3学部、第1回学位授与式を挙行。