以下の拠点が2003年度に文部科学省の21世紀COEプログラムに採択された。
ゲノム医科学の展開による先端医療開発拠点
ヒトゲノム解析センターを中核とした以下の拠点が2008年度にグローバルCOEプログラムに採択された。 医科学研究所は東京大学の大学院教育も担当している。以下の研究科・専攻から大学院生を受け入れている。
ゲノム情報に基づく先端医療の教育研究拠点
大学院教育
東京大学
大学院理学系研究科
生物化学専攻
大学院農学生命科学研究科
獣医学専攻
大学院医学系研究科
分子細胞生物学専攻
病因・病理学専攻
脳神経医学専攻
生体物理医学専攻
内科学専攻
生殖・発達・加齢医学専攻
外科学専攻
大学院薬学系研究科
機能薬学専攻
大学院新領域創成科学研究科
メディカルゲノム専攻（医科学研究所の協力で設立された。講義の一部も白金台で開講されている。）
情報生命科学専攻
大学院情報理工学系研究科
コンピュータ科学専攻
所在地・アクセス
医科学研究所
〒108-8639 東京都港区白金台4丁目6番1号医科学研究所の敷地は東京大学白金キャンパス（白金台キャンパス）と呼ばれている。
東京メトロ南北線・都営地下鉄三田線白金台駅より徒歩0分、JR山手線目黒駅より徒歩15分
医科学研究所附属病院
「東京大学医科学研究所附属病院」を参照
奄美病害動物研究施設
〒894-1531 鹿児島県大島郡瀬戸内町大字手安字須手802番地