2003年、2004年の個人賞は公式には代表作品が表記されていないが開催年に制作された作品を表記した。 2003年、2004年の個人賞は公式には代表作品が表記されていないが開催年に制作された作品を表記した。
最優秀作品賞
テレビ部門：『花田少年史』
劇場映画部門：『千年女優』
オリジナルビデオ部門：『戦闘妖精雪風』
海外劇場部門：『モンスターズ・インク』
優秀作品賞
テレビ部門：『犬夜叉』（2回目）、『OVERMANキングゲイナー』
劇場映画部門：『猫の恩返し』、『クレヨンしんちゃん 嵐を呼ぶ アッパレ!戦国大合戦』
オリジナルビデオ部門：『ルパン三世 生きていた魔術師』、『ジョジョの奇妙な冒険』
海外劇場部門：『アトランティス 失われた帝国』、『アイス・エイジ』
個人賞
監督賞：原恵一『クレヨンしんちゃん 嵐を呼ぶ アッパレ!戦国大合戦』
脚本賞：大河内一楼『OVERMANキングゲイナー』
美術賞：池信孝『千年女優』
キャラクターデザイン賞：藤島康介『サクラ大戦』
声優賞：山口勝平『犬夜叉』（犬夜叉）
音楽賞：菅野よう子『攻殻機動隊 STAND ALONE COMPLEX』
2004年
アニメーション オブ ザ イヤー：『機動戦士ガンダムSEED』
優秀作品賞
テレビ部門：『ASTRO BOY 鉄腕アトム』、『機動戦士ガンダムSEED』、『鋼の錬金術師』
劇場映画部門：『東京ゴッドファーザーズ』、『茄子 アンダルシアの夏』
オリジナルビデオ部門：『ANIMATRIX』、『マクロス ゼロ』
海外劇場部門：『リロ・アンド・スティッチ』
個人賞
監督賞：今敏『東京ゴッドファーザーズ』
脚本賞：會川昇『鋼の錬金術師』
美術賞：池信孝（2回目）『東京ゴッドファーザーズ』
キャラクターデザイン賞：平井久司『機動戦士ガンダムSEED』
声優賞：朴?美『鋼の錬金術師』（エドワード・エルリック）
音楽賞：菅野よう子（2回目）
2005年
アニメーション オブ ザ イヤー：『ハウルの動く城』
優秀作品賞
テレビ部門：『巌窟王』、『ケロロ軍曹』、『ふたりはプリキュア』
劇場映画部門：『イノセンス』、『スチームボーイ』
オリジナルビデオ部門：『アニメーション制作進行くろみちゃん 日本のアニメは私が作る!2』、『トップをねらえ2!』
海外劇場部門：『ファインディング・ニモ』
個人部門
監督賞：宮崎駿（2回目）『ハウルの動く城』
原作賞（2005年制定）：士郎正宗『イノセンス』
脚本賞：押井守『イノセンス』
美術賞：木村真二『スチームボーイ』
キャラクターデザイン賞：沖浦啓之『イノセンス』
声優賞：倍賞千恵子『ハウルの動く城』（ソフィー）
音楽賞：久石譲（2回目）『ハウルの動く城』
特別功労賞（第1回）
草創期のパイオニア
幸内純一
北山清太郎
下川凹天
村田安司
山本早苗
政岡憲三
大藤信郎
横山光輝
横山隆一
森やすじ
プロダクションの設立者
大川博 - 東映アニメーション設立
鷺巣富雄 - ピー・プロダクション設立
藤岡豊 - 東京ムービー設立
手塚治虫 - 虫プロダクション設立
吉田竜夫 - 竜の子プロダクション（現・タツノコプロ）設立
原作者
長谷川町子
藤子・F・不二雄
横山光輝
梶原一騎
石ノ森章太郎
2006年
アニメーション オブ ザ イヤー：『劇場版 鋼の錬金術師 シャンバラを征く者』
優秀作品賞
テレビ部門：『交響詩篇エウレカセブン』、『ブラック・ジャック』、『蟲師』
劇場映画部門：『名探偵コナン 水平線上の陰謀（ストラテジー）』、『機動戦士Ζガンダム -星を継ぐ者-』