航空会社の子会社は、ローカル線専門の子会社2社と国際線チャーター便の運航を目的とした連結子会社を所有していた。日本航空に吸収合併後もローカル線専門の2社については当時の社名のまま現存している。なお、ハーレクィンエアは人材派遣業に特化したのち、2008年3月31日をもって解散した。
他にも整備や地上ハンドリング、グッズ販売企画などの子会社もあった。
航空会社
日本エアコミューター（JAC、現在はJALグループ）
北海道エアシステム（HAC、現在はJALグループ）
ハーレクィンエア（HLQ、現在は会社消滅）
整備・地上ハンドリング会社
日東航空整備（NTM）
東亜エアーサービス（TAS）
北海道エアーサービス（HAS）
仙台エアーサービス（SAS）
金沢エアシステム（KAS）
グランドエアーサービス（GAS）
地上支援機材・車両整備
日本エアモーターサービス（JAMS）
航空機部品・設備の保管・払出・輸出入
ジェイエイエスメンテナンスサポート（JMC）
ジェイエイエスエアクラフト（JASA）
予約業務
SAS
KAS
エアロコミュニケーションサービス（ACS）
大阪エーシーエス（OSAACS）
福岡エーシーエス（FUKACS）
商事業務・空港売店運営・保険代理業
ジェイエイエストレーディング（JTR）
ジェイエイエス商事（JSC/商事業務/2000年4月より以下社名）
ジャスナイスウイング（商事業務・パッケージツアーの主催、法人としては現在のジャルパック）
旅行業
ジェイエイエス商事（JSC）
ジェイトラベル東京（JTT）
ジェイトラベル北海道（JTH）
ジェイトラベル大阪（JOO）
ジェイトラベル名古屋（JTN）
ジェイエイエスカストマーサービス（JCS）
その他 日本国内航空を経て東亜国内航空時代から墜落、全損事故を含む数回の重大事故を発生させている。国内線の運航が主だったこともあり日本国外での事故はない。詳細は「日本エアシステムの航空事故およびインシデント」を参照 また、1966年8月26日に、日本国内航空所属のコンベア880が、貸出先の日本航空により羽田空港で訓練中、離陸直後に墜落炎上し乗員4名および運輸省航空局職員1名が死亡した。詳細は「日本航空羽田空港墜落事故」を参照
ジェイエイエス旭川リゾート開発（JARD/ゴルフ場経営）
JAS香港（JASHKG/香港地区総販売代理店/旧名JASH.K.日本佳速航空香港有限公司）
事故
著名な出身者
鳥取三津子（日本航空第14代代表取締役社長）
脚注[脚注の使い方]^ ⇒JAL・JAS 経営統合について (PDF) P43
^ a b 前身の一つである日東航空→日本国内航空を1959年から1966年まで系列企業としていた（『近畿日本鉄道100年のあゆみ』P.761 2010年近畿日本鉄道）。
^ 乗りものニュース編集部 (2023年5月3日). “「こんな古いのまだあったの!？」 ”消えた航空会社の台車”まさかの出現 「ビビビっと来る」その全容とは”
^ 粂喜代治・元日本エアシステム整備本部長によれば、ソウル線開設時に韓国側から非公式に社名変更の要求があったとされている（出典：『イカロスMOOK JAL JET STORY』 2009年 イカロス出版）。
^ 「東亜国内機お粗末操縦 前脚折りつんのめる」『朝日新聞』昭和47年12月9日朝刊、第13版、第3面
^ 「イカロスMOOK JAL JET STORY」 2009年 イカロス出版 P162
^ “ ⇒『JAL、エアバス社A350型機の導入を決定』”. 日本航空株式会社、エアバス株式会社 (2013年10月7日). 2014年1月31日閲覧。
^ “『JAL、エアバス社とボーイング社から42機の新型機導入を決定』”. 日本航空株式会社 (2024年3月21日). 2024年3月28日閲覧。