設立当初から東京急行電鉄（法人としては現在の東急株式会社）が大株主であり、東急グループとの結びつきが強く、事実上は同グループの1社だった。しかし1990年代のバブル崩壊に伴い東急グループ全体が深刻な経営不振に陥り、一傘下企業の経営不振の解消にまで手が回らなかった。このことが、同社が経営不振から立ち直れないまま、日本航空との経営統合に至った原因のひとつとみられている。

他の大株主としては近畿日本鉄道（法人としては現在の近鉄グループホールディングス）[2]、不二サッシ、三井物産、野村証券、富士火災海上保険、東京生命保険、東京海上火災保険、日本航空および国内主力銀行（メインは、経営統合前の日本航空と同様に日本興業銀行としていたことから、この流れでみずほコーポレート銀行であった）などだった。なお、東京急行電鉄は経営統合で日本航空の大株主の一員となったが、2010年1月14日に全株の売却を正式発表し、経営から完全に撤退した（現在の東急は2014年2月に東急カードが全日本空輸と業務提携したカードを発行する等、中立的な立場に移っている）。
子会社日本エアコミューターのYS-11日本エアコミューターのサーブ340日本エアコミューターのボンバルディアDHC-8-Q400北海道エアシステムのサーブ340ハーレクインエアのMD-81ハーレクインエアのDC-10-30（JAS・HLQのハイブリッド塗装）トーイングカー（北九州空港、2004年3月）

航空会社の子会社は、ローカル線専門の子会社2社と国際線チャーター便の運航を目的とした連結子会社を所有していた。日本航空に吸収合併後もローカル線専門の2社については当時の社名のまま現存している。なお、ハーレクィンエアは人材派遣業に特化したのち、2008年3月31日をもって解散した。

他にも整備や地上ハンドリング、グッズ販売企画などの子会社もあった。

航空会社

日本エアコミューター（JAC、現在はJALグループ）

北海道エアシステム（HAC、現在はJALグループ）

ハーレクィンエア（HLQ、現在は会社消滅）

整備・地上ハンドリング会社

日東航空整備（NTM）

東亜エアーサービス（TAS）

北海道エアーサービス（HAS）

仙台エアーサービス（SAS）

金沢エアシステム（KAS）

グランドエアーサービス（GAS）

地上支援機材・車両整備

日本エアモーターサービス（JAMS）

航空機部品・設備の保管・払出・輸出入

ジェイエイエスメンテナンスサポート（JMC）

ジェイエイエスエアクラフト（JASA）

予約業務

SAS

KAS

エアロコミュニケーションサービス（ACS）

大阪エーシーエス（OSAACS）

福岡エーシーエス（FUKACS）

商事業務・空港売店運営・保険代理業

ジェイエイエストレーディング（JTR）

ジェイエイエス商事（JSC/商事業務/2000年4月より以下社名）

ジャスナイスウイング（商事業務・パッケージツアーの主催、法人としては現在のジャルパック）

旅行業

ジェイエイエス商事（JSC）

ジェイトラベル東京（JTT）

ジェイトラベル北海道（JTH）

ジェイトラベル大阪（JOO）

ジェイトラベル名古屋（JTN）

ジェイエイエスカストマーサービス（JCS）

その他

ジェイエイエス旭川リゾート開発（JARD/ゴルフ場経営）

JAS香港（JASHKG/香港地区総販売代理店/旧名JASH.K.日本佳速航空香港有限公司）

事故

日本国内航空を経て東亜国内航空時代から墜落、全損事故を含む数回の重大事故を発生させている。国内線の運航が主だったこともあり日本国外での事故はない。詳細は「日本エアシステムの航空事故およびインシデント」を参照

また、1966年8月26日に、日本国内航空所属のコンベア880が、貸出先の日本航空により羽田空港で訓練中、離陸直後に墜落炎上し乗員4名および運輸省航空局職員1名が死亡した。詳細は「日本航空羽田空港墜落事故」を参照
著名な出身者