東亜国内航空時代より、ブランドイメージと規模で先行していた大手2社との差別化に苦慮していた日本エアシステムは、この状況を打破するためにいくつかの独創的なサービスを導入している。また、以下のようなサービスを日本で最初に導入している。

女優のヘアヌードが掲載されている週刊誌などの雑誌の搭載を取りやめ。

半額運賃の国内線割引運賃を設定。

女性優先トイレを設置。

パソコン通信で国内線予約、空席・運航状況の情報提供を開始。

機体1機ごとにスペシャルマーキングを塗装。これは日本の航空業界で史上初だった。

本格的な広告マーキングを塗装。

インターネットで機体デザインを募集。

国内線3クラスシートを導入。

日本で初めて全席に個人用テレビを設置した機材を導入。

コンビニチケットレス予約サービスの設定。

バースデー割引の制定。

マイレージサービスにおける獲得マイルの有効期間が最長4年（JAL、ANAより1年長い）の設定。

飲み物
日本の航空会社として唯一、大塚製薬と提携し、同社およびグループ企業の主力製品であるジャワティやポカリスエットなどを乗客向けに提供していた。他にも暖かいスープ、緑茶やカゴメの六条麦茶、ジュースなどを搭載していた。
ビジネスクラス
成田 - ホノルル線の就航に伴ってDC-10型機に導入されたビジネスクラス。後のスーパーシートの前身と言えるが、形態は日本航空のそれに類似する。機内食もエコノミークラスより豪華であり、主に和食を中心としたものの他、軽食も提供された。なお、ホノルル空港のラウンジはクラスに関係なく利用が可能だった。
スーパーシート
ボーイング777-200へのスーパーシート導入に合わせ、1997年4月1日からA300-600R型機においても、スーパーシートを導入。座席数は一機あたり12席、ピッチ102cm、幅47cm。ボーイング777-200との違いは、フットレストが手動式であることと、テレビは通路天井部にビデオモニターを設置していたことである。バゲージ・チェックイン・ラウンジ（ラウンジのない空港では空港内売店で使用できる商品券）・機内食などのサービスはボーイング777-200と同一だった。
ボーナスシート
1997年4月1日からの一時期、機体最後尾にエンジンが装備されているDC-9-81、MD-81、MD-87、MD-90型機に導入された格安座席。「窓がない」、「エンジンの音がうるさい」、「座席がリクライニングしない」と不人気だった機内最後部の5 - 7席の運賃を、通常運賃の50%としたもの。事前購入割引ではなく定額運賃だった。当クラスを含むとJASの座席クラスは4種類となる。
チャイ・ランメニュー
2001年より、香港を代表する映画制作会社、ゴールデン・ハーベストの副社長兼プロデューサーで、食通としても知られる蔡瀾（チャイ・ラン）が監修した機内食が成田 - 香港線で提供されていた。
民族衣装
2001年に、関西 - 昆明線のみの限定サービスとして、客室乗務員が中国・雲南省の少数民族の衣装を着用して機内サービスを行った。
フローラルルーム（女性優先トイレ）
客室乗員部乗務室長（当時）の吉田千鶴子の発案により、1996年3月に日本の航空会社として初めて設置された女性優先トイレ（化粧室）。ドライフラワーのハーブが香る個室内には、コロンやハンドクリーム、ウェットティッシュなどアメニティグッズなどが設置されていた。まれに書籍などで「女性専用トイレ」と表記されることがあるが、あくまで「優先」であり、男女とも利用可能だった。日本航空との経営統合後も継続して設置している。
機内誌
日本エアシステムは、1988年7月1日の同社初の国際定期便、東京/成田 - ソウル/金浦線の就航に合わせ、機内誌「ARCAS（アルカス）」を創刊し、当初は2カ月に1回、その後は毎月発行していた。しかし、2002年10月の日本航空との経営統合に伴い、翌2003年4月、日本航空の「Winds（ウィンズ）」に一本化する形で廃刊となり、誌名も「SKYWARD（スカイワード）」に変わった。他に機内販売カタログ「JAS FLIGHT SHOP」などを搭載していた。
3クラスシート国内線で初めて3クラスを導入したレインボーセブン

日本エアシステムは東亜国内航空以降初のボーイング機となるボーイング777シリーズを導入するとともに、国内線で同様にボーイング777を導入している他の2社との格差をつけるべく、日本エアシステムの最大の売りである独自のサービスを重視することになり、国内線初の3クラスシートを導入することを決定した。これら3クラスの全ての座席には、液晶テレビモニターが設置され映画やゲームを楽しむことができ、これも国内線初の試みだった。

これらのエンターテイメントサービスは、JAL便への統合に際して3クラス廃止・機内改装によって廃止されたが、座席がそのまま利用されていた機材では、日本エアシステム時代のゲームなどがそのまま残されていた。

スーパーシート、レインボーシートを装備した機体は統合後も運用されていたが、2012年10月27日にすべて廃止された。その後、2019年8月までは国内線で全席に個人モニターを設置しているのはスターフライヤーとANAのA321neoのみであった。しかし、JALにおいても旧JASから継承したA300-600R の退役以来、なおかつ自社発注としては初となるエアバス機A350が全席に個人用モニターを搭載した仕様で2019年9月に就航している。
スーパーシート

スーパーシートは、1997年4月1日からボーイング777-200型機・A300-600R型機において導入された。追加料金は4000円。座席数は1機あたり12席、ピッチ約107cm、幅53cm。2-2-2の6アブレスト。最大角度25度のリクライニング・ランバーサポートは電動であり、フットレストはレッグレストに収納されていた。座席には「レインボービジョン」（テレビ）のコントローラーが設置されており、チャンネルの切り替え、ゲームの操作、読書灯、キャビンクルーの呼び出しなどを操作できた。スーパーシートの乗客は、チェックインを専用のカウンターで行い、搭乗前に後述する「レインボーラウンジ」でくつろぐことができる。