日本エアシステムは、本格的なアドカラーを国内航空会社としては初めて導入し1997年から1998年にかけて、大塚製薬のポカリスエットをイメージした塗装のエアバスA300「JAS・ポカリスエット号」を運航していた。また機内においても、関連会社の大塚ベバレジの製品であるジャワティの他にポカリスエットを提供していた。
その他
アルカディア号
漫画『宇宙海賊キャプテンハーロック』に登場する宇宙戦艦「アルカディア号」にちなんでDC-9型機に「アルカディア号」と塗装し、「当日にならなければ行き先がわからない。行き先不明の旅。」というミステリーフライトのキャンペーンを展開していた。
ピーターパンフライト
ピーターパンフライト近畿日本ツーリストとの共同企画による国際プログラム・チャーター。DC-10-30 (JA8551) にダイアナ妃が名誉総裁を務める「ピーターパンこども基金」と協賛しピーターパン塗装を施した。ピーターパンの周囲にあった星屑についてはステッカーで対応したため、飛行の度に剥がれることが多く、その都度修復する必要から当時の整備ハンガーには星のステッカーが多量にあったと言われている。
フレンドリーバード
フレンドリーバード塗装機材としては経年機となっていたエアバスA300 (JA8472) に施された創立30周年と日中国交正常化30年を記念した塗装。日本の小学生の一般公募と中国陝西省洋県の小学校1校の生徒1,500名対象の応募による「鳥の絵コンテスト」に寄せられた日中合計2,300点以上の作品から胴体左舷側に日本・右舷側に中国から5点ずつの優秀作、コンテストの審査員を務めた松本零士が描いた鳥を両舷の胴体前方・地球を垂直尾翼にあしらった[18][19]。
人気者でいこう!
1998年5月19日放送の「爆裂カラオケ企業バトル」企画にJASが参戦してレギュラー陣に敗れたため、そのペナルティとしてボーイング777-200 (JA007D) に番組ロゴステッカーが短期間貼付けられた。
海外における「レインボー・デザイン」


日本エアシステムの機材はYS-11ならびにA300を中心に、国外売却後もそのままの塗装で運用されていた事例がある。中でもフィリピンおよびスリランカで使用されていたRP-C1931（元JA8723「きび」）は、2019年にインターネットオークションに出品され、2021年にお笑い芸人のキングコング西野亮廣が購入したことで話題となった。[20][21]


エア・フィリピン RP-C1930（元JA8653）

フライ・エア TC-FLJ（元JA8464）

フライ・エア TC-FLF（元JA8293）

就航路線

　日本エアシステムの就航路線も参照。
国内線三沢空港におけるA300出雲空港におけるMD-87羽田空港第1旅客ターミナルのボーイング777型機（2004年1月）新千歳空港の自動チェックイン機自動改札機導入後の搭乗券自動改札機導入前の搭乗券

東亜国内航空時代は45/47体制の下で、運輸省の指導の下ローカル線や国内準幹線を中心として運航していた。45/47体制の撤廃後は国内線幹線や近距離国際線にも進出したものの、依然としてその多くは採算が取りにくい国内準幹線やローカル線が中心だった。1980年代以降はエアバスA300を幹線や準幹線を中心に、マクドネル・ダグラスDC-9シリーズを準幹線やジェット機乗り入れが可能なローカル線を中心に、日本航空機製造YS-11型機をプロペラ機専用空港発着のローカル線を中心に運航していた。

また、一部離島路線や地方発着ローカル線の一部は、日本エアコミューターなどの子会社がYS-11型機やサーブ 340型機を使って運航していた。
主な就航先

新千歳空港

女満別空港

旭川空港

釧路空港

帯広空港

函館空港

青森空港

三沢空港

秋田空港

花巻空港

山形空港

仙台空港

新潟空港

松本空港

小松空港

東京国際空港(ハブ空港)

成田国際空港(拠点空港)（国際線のみ）

名古屋空港

大阪国際空港(ハブ空港)