歴史的に重要な都市に、カシュガル、ホータン、ヤルカンド、アクス、クチャ、ウシュトゥルファンがあり、アルトゥシャフル（英語版）と呼ばれる[3]。

東トルキスタンの住民の約45%はウイグル族が占めているが、他にも漢族、カザフ族、回族、モンゴル族、満族など多くの民族が居住している。

特に、中華人民共和国成立以後は漢族の流入が著しい。北西部には漢族と回族が多く、南西部にウイグル族が多い。
歴史タリム盆地の都市（1紀元前）シルクロードと東トルキスタンジャハーンギール・ホージャとの中国の戦い（1828年）.mw-parser-output .tmulti .thumbinner{display:flex;flex-direction:column}.mw-parser-output .tmulti .trow{display:flex;flex-direction:row;clear:left;flex-wrap:wrap;width:100%;box-sizing:border-box}.mw-parser-output .tmulti .tsingle{margin:1px;float:left}.mw-parser-output .tmulti .theader{clear:both;font-weight:bold;text-align:center;align-self:center;background-color:transparent;width:100%}.mw-parser-output .tmulti .thumbcaption{background-color:transparent}.mw-parser-output .tmulti .text-align-left{text-align:left}.mw-parser-output .tmulti .text-align-right{text-align:right}.mw-parser-output .tmulti .text-align-center{text-align:center}@media all and (max-width:720px){.mw-parser-output .tmulti .thumbinner{width:100%!important;box-sizing:border-box;max-width:none!important;align-items:center}.mw-parser-output .tmulti .trow{justify-content:center}.mw-parser-output .tmulti .tsingle{float:none!important;max-width:100%!important;box-sizing:border-box;align-items:center}.mw-parser-output .tmulti .trow>.thumbcaption{text-align:center}}第一東トルキスタン共和国（1933年）、カシュガル市周辺。 第二東トルキスタン共和国 （1944?1949年）、グルジャ市周辺。
近代以前「ウイグル人#歴史」および「新疆省」も参照

東トルキスタンには、古くはインド・ヨーロッパ語族の言葉を話す人（いわゆるアーリア人）が居住していた。
都市国家と月氏と匈奴

タリム盆地の辺りには古くは疏勒、亀茲、焉耆、高昌、楼蘭などの都市国家が交易により栄えたが、しばしば遊牧国家の月氏や匈奴などの影響下に入った。
前漢と突厥と唐

前漢の武帝の時代に匈奴が衰えると次は前漢に服属し、以後は北方の遊牧国家（突厥など）と東方の諸帝国（唐など）の勢力争いの狭間で何度か宗主が入れ替わった。

タリム盆地の都市国家群は7世紀ぐらいまでは存続し、以後は数百年かけて徐々に衰退していった。
ウイグル可汗国

一方、タリム盆地の北に位置しモンゴル高原の南西にあるジュンガル盆地には、古来より遊牧民族が暮らしており、主にモンゴル高原を支配する遊牧国家（匈奴、突厥など）の勢力圏となっていた。

しかし、突厥の支配時代にテュルク系民族集団の鉄勒の中からウイグル（回鶻）が台頭し、8世紀には突厥を滅ぼした。この時期のウイグルは、タリム盆地、ジュンガル盆地、モンゴル高原など広大な領域を勢力圏とし、多くの部族を従えたため、ウイグル可汗国と呼ばれている。ウイグルの影響力は絶大であり、安史の乱等ではしばしば唐を助け、婚姻関係を結ぶなど関係を深めた。
天山ウイグル王国とカラ・ハン朝

ウイグル可汗国は840年に崩壊する。これによって、モンゴル高原より逃亡したウイグル人は天山山脈北麓に天山ウイグル王国を建国し、同時期に別のテュルク系民族がタリム盆地にカラ・ハン朝を興した。