2009年（平成21年）の第45回衆議院議員総選挙では自民党に逆風が吹き荒れる中、対立候補に比例復活を許さず8選。
2012年（平成24年）の第46回衆議院議員総選挙では愛媛2区で9選。なお村上は小選挙区比例代表並立制の導入以降、5回の総選挙で対立候補に比例復活を許してこなかったが、この総選挙では初めて対立候補（日本維新の会公認・みんなの党推薦の西岡新）が比例四国ブロックで復活した。2014年（平成26年）の第47回衆議院議員総選挙では愛媛2区で10選[8]。
2017年（平成29年）の第48回衆議院議員総選挙では愛媛2区で11選[9]。2020年の自民党総裁選では石破茂の推薦人となった[10]。
2021年（令和3年）の第49回衆議院議員総選挙では愛媛2区で12選[11]。
2022年（令和4年）10月12日、自民党の党紀委員会は、銃撃され死亡した安倍晋三元首相を「国賊」と表現したとされる村上について、党員としての品位をけがす行為に当たるとして1年間の党役職停止処分とすることを決めた。村上は発言について書面で「記憶はしていないが不用意な発言であり撤回したい」などと弁明したため、党紀委員会は発言が事実であると認定した[12][13]。
2023年（令和5年）2月10日、衆議院小選挙区の「10増10減」に伴い愛媛県内の選挙区が4から3に減ることを受け、自民党は新しい区割りの愛媛2区の支部長に井原巧（現・愛媛3区）を充て、村上を比例代表候補とすることを決めた[14]。
政策・主張
憲法
憲法改正について、2017年のアンケートで「どちらかといえば賛成」と回答[15]。2021年のアンケートで「どちらかといえば反対」と回答[16]。
9条改憲について、2021年の毎日新聞社のアンケートで「反対」と回答[17]。
憲法を改正し緊急事態条項を設けることについて、2021年の毎日新聞社のアンケートで「反対」と回答[17]。
外交・安全保障
安全保障関連法の成立について、2017年のアンケートで「どちらかと言えば評価しない」と回答[15]。
「他国からの攻撃が予想される場合には敵基地攻撃もためらうべきではない」との問題提起に対し、2021年のアンケートで「反対」と回答[16]。
「北朝鮮に対しては対話よりも圧力を優先すべきだ」との問題提起に対し、2017年、2021年のアンケートで「どちらとも言えない」と回答[15][16]。
普天間基地の辺野古移設について、2021年のアンケートで「どちらとも言えない」と回答[16]。
安倍内閣が推進している集団的自衛権行使のための憲法解釈変更に批判的な言動を続けており、「行政府が法解釈して自分で勝手にやれば、立憲主義を否定することになる[18]」「（ナチスと）同じ愚を繰り返す[19]」と発言している。2015年5月12日に開催された自民党の総務会では安全保障関連法案について「憲法が有名無実化する」「憲法改正なしで集団的自衛権を行使することには疑念がある」と反対したが、最終的に挙手採決に持ち込まれ、村上は途中退席し全会一致での了承となった[20][21]。一方、2012年の毎日新聞のアンケート[22]では、集団的自衛権行使のために憲法解釈を見直すべきだと回答しており、過去と現在の主張が異なっている。
ジェンダー
選択的夫婦別姓制度の導入について、2017年、2021年のアンケートで「どちらとも言えない」と回答[15][16]。
同性婚を可能とする法改正について、2017年、2021年のアンケートで「賛成」と回答[15][16]。
「LGBTなど性的少数者をめぐる理解増進法案を早期に成立させるべきか」との問題提起に対し、2021年のアンケートで「どちらとも言えない」と回答[16]。
クオータ制の導入について、2021年のアンケートで「反対」と回答[17]。
原子力発電
2011年（平成23年）に発生した東京電力福島第一原発事故を受け、自身が委員長を務める自民党の福島原発事故究明に関する小委員会において、原子力発電所の再稼働に前向きな安倍政権に対し、再稼働に慎重な対応を求める提言を取りまとめた。
2013年（平成25年）10月4日に首相官邸を訪れた際は、「原発事故の原因究明と、事故を収束させることが喫緊の課題です」と首相の安倍晋三に申し入れを行った[23]。
特定秘密保護法
2013年（平成25年）11月26日、衆議院本会議で行われた特定秘密保護法案の採決に際し、体調不良を訴え、議場から退席。記者に対し「いろいろな問題が残っているのに、政治家として（賛成する）自信があるかと言ったら、あるわけない」「まだまだ議論の余地がある重要法案なのに、こう拙速に決めていいのか」と述べ、また「多数決は100人のうち99人が間違っていても、そっちが正義になっちゃうんだ。ファシズムなんていつでも起きる危険性があるんだよ」と、議会で大多数を占める与党による衆議院国家安全保障に関する特別委員会での採決を批判した[24]。自民党で投票を棄権したのは村上ただ一人である[20]。
経済政策
第2次安倍内閣の経済政策について、2014年9月に「物価と消費税率だけ上がって給料が上がらない。