南方の対倭寇戦では、1377年に智異山で倭寇を殲滅したことによって名声を確固たるものにし[12]、同年8月にも西海道（黄海道）一帯の倭寇を大破していた[14]。そして1380年倭寇が500隻から成る軍勢で侵入し、その中で最も強力な倭寇の集団が雲峰（全羅北道南原市）の引月駅を占領したため、高麗側は9人の元帥に攻撃させたが敗北して二人の元帥が死んだ。この事態を受けて李成桂は総指揮官に任命され、首領阿只抜都率いる倭寇を引月駅に進撃してこれを破った（荒山戦闘）[12]。

一連の戦いで名声を得た李成桂のもとには、新興官僚[注 3]や地方豪族が集まっていくことになる[16]。1388年、明が高麗領である鉄嶺以北の割譲を一方的に通告してきたため、高麗の第32代国王王?と崔瑩は遼東地域を支配下に置くことで明の圧力を退けようと計画した[15]。李成桂は右軍都総使に任じられ[8]、前線指揮を担った[17]。李成桂は四つの不可論[注 4]を理由に出兵を反対していたが、王?は崔瑩の意見に従い反対論を無視し遠征を開始した[8]。実はこの出兵には遼東支配以外にも新興官僚勢力や李成桂ら武人の勢力を削るという目的があった[15]。王?は遠征軍の勝利に興味がないと公言し、出征の日に激励の言葉を一つもかけなかった[11]。また、反乱に備えて遠征する武将らの家族は王宮に来させて人質（回軍の時には全員脱出した）とした[11]。

1388年5月、遠征軍は鴨緑江河口の威化島に到達したが、大雨による増水で河を渡ることが出来ず、日が経つにつれて逃亡する兵士が後を絶たず、食糧の補給も難しくなっていた[8]。このような状況を理由に李成桂は撤退を要求したが、これも認められなかったため、李成桂は独自に撤退を開始した（威化島回軍）[8]。回軍を聞いて遠方から2000名以上が李成桂を助けるべく馳せ参じた[11]。また民衆も回軍を歓迎し[11]、李成桂に希望を持つ歌が流行した[注 5]。一方の高麗朝廷は既に民からすでに見放されており[11]、回軍の報せを受けた崔瑩が抵抗軍を組織しようとしたが集まる者は殆どいなかった[11]。

6月1日に開京に着いた李成桂は、王?に遠征の責任を問い、崔瑩の処罰を要求した。しかし、王?は李成桂らを反逆者として、彼らを殺したものに褒賞を与えるという触書を出したため[11]、李成桂は交渉を諦めて王宮を攻め崔瑩を捕虜とした[11]。崔瑩は処刑されずに遠方に流され（二か月後に処刑されている）、王?は王の地位を失わなかったが、権力を失い名ばかりのものとなった[11]。王?は王権を取り戻すべく、内侍80名に李成桂らの私邸を襲わせたが失敗して追放され[11]、子の王昌が曹敏修らに擁立されて王位に就いた[11]。

しかし、李成桂らに擁立された恭譲王に1389年、王位を奪われ[8]、王昌と王?は処刑された。恭譲王も朝鮮王朝樹立の2年後の1394年には李成桂の命令で処刑された（李成桂自身は王氏一族を内地に復帰させて自由に暮らすのを認めようとしていたが、臣下達の強い要請によって処刑せざるを得なかったとされる）[11]。このとき李成桂により王氏（高麗王家）一族の皆殺しも行なわれた。即位の後3年間王氏一族を巨済島などの島々に集めて監視し、1394年4月に一斉に海に投げたり斬殺したりして王氏を虐殺した。元々王氏一族ではなかったが高麗王家から姓を賜った者たちは死は免れたものの、本姓に戻るよう命じられた。王氏一族の一部は姓を変えて隠れることができたが、文宗により王氏掃討の令が解かれた後にも王氏一族の多くは復姓しなかったとされる。文宗の時になって隣人の密告で捕まった王氏が許され一族を継いだが、韓国統計庁が2000年に行なった本貫調査によると開城王氏の人口は2.0万人と極端に少なかった。高麗王家では日本の武家同様、後継者に危害の及ばぬように後継者以外の王子は出家させたり母側の姓にすることが一般的であり王氏の数は元々少なかった上、このときの皆殺しで王氏の数が激減したことも原因とされる。

政治の実権を握った李成桂・鄭道伝・趙浚らは親元的な特権階級、権力と結びつき腐敗した仏教勢力が私有地を拡大したために国庫が尽きている現状を痛烈に批判し、1390年から田制改革を強行した[8]。
権知高麗国事から権知朝鮮国事