卒業後に内部進学をする場合、進級時に中高一貫の2コースと高校の4コース（下記参照）を合わせた6つの中からコースを選択する。中高一貫コースに進級した場合は、SGL、SSH、MLPのいずれかのプログラムに参加することが求められる。
スーパーアクティブ（SA）コース

東京大学や京都大学、国公立・私立医学部を目標とするコースである。英・数・理・国・社の主要5科目はコース内授業が実施される。
アクティブコース（A）コース

北海道大学や東北大学などの難関国公立大学、難関私立大学を目標とするコースである。主要5科目のうち英・数の2科目で習熟度別授業を展開している。
高等学校

高等学校のコース編成は、高入生を対象とするプレミアS（PS）コース・特進コース・総合進学（総進）コース、中学校から内部進学した生徒を対象とする中高一貫コース、両者ともに選択可能な国際バカロレア（IB）コースから成り立つ。1学年は11クラス（高入生8クラスおよび中高一貫生3クラス）。

高入生は受験時に4種類ある学習コース（PS、特進、総進、IB）の中から1コースを選択する。中高一貫コースでは高校からの募集は行っていない。以下では、高入生が所属可能な4コースについて説明する。
プレミアS（PS）コース

2017年度より新設された、東京大学や京都大学、国公立医学部医学科を目標とするコースである。一部で中高一貫コースのカリキュラムを導入するなど、早期から大学受験を見据えたカリキュラムを採用している。部活動やSSH、SGL、MLPなどの課題探究授業を選択することが可能。1週間の授業時間は平均34コマ+PS講習2コマ（1コマ50分授業）。
特進コース

北海道大学をはじめとする国公立大学（小樽商科大学、北海道教育大学、室蘭工業大学など）や難関私立大学（MARCH、日東駒専など）を目標とするコースである。部活動やSSH、SGL、MLPなどの課題探究授業を選択することが可能。また、1年次に実施する移行テストおよび定期試験や模擬試験の成績しだいではPSコースに移行することができる。なお、PS・特進コースともに本人の希望があれば下位のクラスへと移行することも可能である。1週間の授業時間は平均34コマ。
総合進学（総進）コース

日本大学をはじめとする道内外の私立大学への進学を目標とするコースである。野球、サッカー、バスケットボールなどの運動部を中心とする部活生の多くが本コースに所属している。SSH、SGL、MLPなどの課題探究授業を選択することはできない。総進コース内の成績上位者のみで編成された「αクラス」が設けられており、進級時の成績に応じてαクラスに配属が決定される（ただしあくまでも総進コースの一部であり、独立したコースではない）。定期試験および模擬試験の成績に応じて進級時に特進コースへと移行することが可能である（PSコースに移行することはできない）。1週間の授業時間は平均32コマ。
国際バカロレア（IB）コース

2022年度に新設されたコース。本コースに進学した生徒は1年生の1月までPSコースあるいは特進コース、一貫コースに混じって一般的な授業を受けたのち、IBのディプロマプログラム（DP）を受講することになる。なおPSコースや特進コース、一貫コースに進学した生徒であっても、1年次にコースを移行してDPを受講することが可能である。出席や成績などの要件を満たすことができれば、IBのディプロマと高卒資格の両方を持って卒業することができる。
大学進学実績

地元である北海道大学に毎年10人前後の合格者を輩出しているほか、早慶・MARCHなどの難関私立大学への合格者も毎年コンスタントに出ている。また中高一貫コースを中心に、東大、京大、国公立医学部への合格者も散発的に出ている。

総合進学コースでは系列の日本大学への合格・進学者が最も多い。
部活動

中学校

男子バスケットボール部

女子バスケットボール部

野球部

卓球部

テニス部

バドミントン部

ボランティア部

囲碁将棋部

科学部

ロボット部

芸術同好会・美術部

ダンス同好会

英会話同好会

写真同好会

※一部の部活動では一貫コースの高校生が入部も可能

高等学校

男子バスケットボール部 - 全国高等学校総合体育大会（インターハイ）に7回・全国高等学校バスケットボール選手権大会（ウインターカップ）に3回出場。

女子バスケットボール部

野球部 - 2002年の第74回選抜高等学校野球大会に出場（一回戦敗退）。

卓球部

テニス部

バドミントン部

スキー部

柔道部

剣道部 - 2018年の全国選抜剣道大会女子団体第3位（北海道女子初）。

サッカー部

陸上競技部

水泳部

科学部

演劇部

書道部

写真部

茶道部

美術部

英会話部

合唱部

囲碁・将棋部

弁論部

図書局

吹奏楽局 - 2018年の全国総文祭に出場・2019と2021年の吹奏楽コンクール全国大会に出場。

新聞局

放送局

中国語同好会

軽音楽同好会

JRC


年間行事
中学校

4月 - 入学式・始業式、新入生歓迎会

5月 - 生徒総会、遠足

6月 - 中体連、前期中間考査

7月 - 桜虹祭（学園祭）

9月 - 前期期末考査、スポーツフェスティバル

10月 - 研修旅行（中2・中3）

11月 - 皿回し大会（中1）、後期中間考査

12月 - アートフェスティバル

1月 - 入学試験、芸術鑑賞、百人一首

2月 - 課題研究発表会

3月 - 卒業式、学年末考査

高等学校

4月 - 入学式・始業式、オリエンテーション・対面式、宿泊研修（高1）、基礎学力到達度テスト

5月 - 壮行会・生徒総会、保護者会総会、遠足、進路ガイダンス

6月 - 開校記念日、高体連、前期中間考査

7月 - 桜虹祭（学園祭）

9月 - 前期期末考査、基礎学力到達度テスト（高3）、スポーツフェスティバル

10月 - 修学旅行（高2）

12月 - 後期中間考査・学年末考査（高3）、朗読と音楽の夕べ

1月 - 芸術鑑賞

2月 - 入学試験

3月 - 卒業式、学年末考査

不祥事

2017年7月16日、野球部の監督である男性教諭が札幌市内で女性を車ではねて重症を負わせたとして、自動車運転処罰法違反（過失傷害）の疑いで逮捕された。翌17日に行われた全国高校野球選手権南北海道大会の試合では急きょ監督が交代するという事態となった。[5]

2023年7月4日、学校運営に関する文書や生徒・保護者の個人情報が保存された学内サーバがランサムウェアによるサイバー攻撃を受けた可能性があることが判明した。[6]
定員問題

札幌日大高校は昭和62年に定員360人（1学年）で発足し、翌63年に450人に増員して以降は数回にわたる定員調整を経て、平成25年度には定員314人となっていた。その間、平成15年度に中高一貫校が開校したことに伴って内部進学者が加わって以降も定員は据え置きのままであった。

平成25年9月26日、同校は進学実績の向上や理数系教育の推進による入学希望者の増加を背景に、定員を46人増の360人に変更する認可を求めて申請書を道に提出した。道は平成12年以降、中卒者人口の減少などを受けて私立高校の収容定員の増員については抑制的に対応することを明示していたが、同校は申請書において「極めて必要性の高い私立高等学校の設置及び定員増であって、教育条件が著しく向上することが期待される場合」という審査基準の要件に該当することを主張した。しかし、諮問機関である私立学校審議会はこの要件に該当しないとして全会一致で認可できないという結論に達し、平成26年2月19日、道知事から学則変更に関する不認可処分が下された。[7]

これを不服とした浅利徹理事長（当時）は、不認可処分を取り消し定員増を認可するように求める行政訴訟を札幌地裁に提起した。審理は数回にわたって行われたが、最終的に不認可処分が取り消されることはなかった（なお、原告の浅利徹理事長は2018年に死去している）。[8]

その後、同校は令和元年度において「外国人留学生の入学希望者の増加」を理由として25人の定員増を道に申請、認可された。[9]さらに令和3年度には「国際バカロレア・ディプロマ・プログラムを提供する」という理由のもと、50人の定員増を認可された。[10]結果として、平成25年度に最初の申請をおこなってから10年に満たない期間で当初の314人から389人まで定員を拡大するに至っている。
著名な出身者
プロ野球選手

黒滝将人（引退）

水野滉也（引退）

片岡奨人（引退）

バスケットボール選手

大渕幹大（引退）

高橋耕陽（レバンガ北海道）

スキージャンプ選手

渡瀬雄太（スキージャンプ選手）

金子祐介（スキージャンプ選手）

渡瀬あゆみ（スキージャンプ選手）

笠間法考（スキージャンプ選手、上川町議会議員）

重松健太郎（スキージャンプ選手）