高校卒業に際して複数のJリーグクラブからオファーを受け[17]、前年に特別指定選手として在籍していた名古屋グランパスエイトとプロ契約を結んだ。背番号は「24」。本人の希望により加入時の契約に「オファーがあれば海外クラブへの移籍を認める」という条項が盛り込まれていた[19]。2005年3月5日、ジェフユナイテッド千葉戦でクラブ史上4人目となる高卒ルーキーの開幕スタメンでプロデビューし、アシストを決めた。4月28日、第8節東京ヴェルディ戦でプロ初ゴールを決めた。

セフ・フェルフォーセンが監督に就任した2年目からレギュラーに定着。フェルフォーセンは本田を主に左サイドで起用するが、これはヨンセンの高さを生かすために本田のクロスが武器になることを期待したことに加え、まだ若い本田の戦術理解力を上げるために様々な役割を与えていたことが理由として挙げられる[20]。
VVVフェンロVVVフェンロでの本田（2009年）

2008年1月16日、エールディヴィジ（オランダ1部リーグ）のVVVフェンロへ移籍。2年半契約＋1年のオプション付きで背番号は「29」[21]。VVVフェンロのハイ・ベルデン（オランダ語版）会長が名古屋グランパスを率いていた同郷のセフ・フェルフォーセンに日本人選手獲得について相談し、フェルフォーセンが本田を推薦したことが移籍のきっかけとなった[22][23]。1月20日の入団会見直後に行われたPSV戦に後半開始から出場した[24]。3月15日、第29節フェイエノールト戦で移籍後初得点となる直接FKを決めた[25]。レギュラーに定着したが、チームはエールステ・ディヴィジ（オランダ2部リーグ）への降格が決定した。

2008-09シーズンは8月に浦和レッズから正式オファーが届いたが、本田はオファーを断り、残留を決めた[26][27]。背番号を「10」に変更し、攻撃の軸として首位を独走するチームの原動力となり、2009年3月20日のフォルトゥナ戦からはキャプテンを任された。4月24日、ハーレムに勝利し、チームをリーグ優勝と１部復帰に導いた[28][29]。リーグ戦36試合に出場し16ゴール13アシストを挙げ、2部各チームの監督と主将投票による年間最優秀選手賞（MVP）を受賞した[30][31]。

2009-10シーズンは8月にジーコが率いるロシア・プレミアリーグのCSKAモスクワから正式オファーが届いたが、本田はオファーを断り、残留を決めた[32][33]。前半戦18試合に先発出場し、6ゴール7アシストを挙げた。第3節ユトレヒト戦では約30 mの距離から豪快なミドルシュートを決めた[34]。このゴールは2017年に『FOX Sports』で過去10年のエールディビジで生まれた「スーパーミドルTOP10」で5位に選出[35]、2019年にはエールディビジで生まれた「日本人最高のゴールTOP10」で1位に選出された[36]。2009年12月にCSKAモスクワ、PSVから正式オファーが届いた[37][38]。
CSKAモスクワCSKAモスクワでの本田（2010年）

2010年1月1日、ロシア・プレミアリーグのCSKAモスクワへ移籍。4年契約で背番号は「7」。移籍金は900万ユーロ（約12億円）と報道され、ロシア・プレミアリーグでプレーする初めての日本人選手となった[39][40][41]。

2010年2月24日、UEFAチャンピオンズリーグ（CL）決勝トーナメント1回戦1stレグのセビージャ戦に先発出場し、CL初出場を果たした。