『太平洋の鷲』以降円谷英二とのコンビで多くの特撮映画を監督した[出典 13]。1954年（昭和29年）の『ゴジラ』は全米で大ヒットを記録したため、一躍世界に名を知られる映画監督となる[出典 14]。本多自身も『ゴジラ』を監督していなければ全く違う人生を歩んでいただろうとしている[17]。なお、『ゴジラ』では真夏の海上ロケを敢行したが、巡視船の上で上半身裸となって撮影に挑んだため、日焼けしすぎて背中に水ぶくれが出来てしまい、後年もその名残の染みだらけであったという[25]。

1957年（昭和32年）の『地球防衛軍』はMGM配給、1958年（昭和33年）の『美女と液体人間』、1959年（昭和34年）の『宇宙大戦争』、1961年（昭和36年）の『モスラ』はコロムビア映画の配給、1962年（昭和37年）の『キングコング対ゴジラ』と1967年（昭和42年）の『キングコングの逆襲』はユニバーサル映画配給、1965年（昭和40年）の『怪獣大戦争』と1966年（昭和41年）の『フランケンシュタインの怪獣 サンダ対ガイラ』はユナイテッド・プロダクションズ・オブ・アメリカ配給で全米公開されるなど、担当した作品のほとんどが海外で公開された。なお、『キングコング対ゴジラ』では撮影中に斜面を30メートルも滑落してしまったが、負傷した腕を吊りながら撮影を続行したという。

しかしながら、プロデューサーの田中友幸からの評価は低く、1962年の『妖星ゴラス』の際に、「あなたの演出はおとなしすぎるという意見が多く、この作品の監督を任せるについても強い抵抗があった。その辺を十分に考えて返事をしてもらいたい。どうしても、そういう演出が出来ないというなら断ってくれていい。前々からそういう意見があって、私もそれには同感だ」（本多猪四郎の日記より）と辞退を勧められたという[26]。

1965年に他の監督に先駆けて東宝専属契約を解除されフリーとなり、1967年の『新婚さん』からはテレビシリーズの監督も行うようになる。『ゴジラ・ミニラ・ガバラ オール怪獣大進撃』では、予算の都合などから本編・特撮1班体制となり、本多が特撮監督も兼ねる形となったが[24]、中野昭慶によれば実際には監督助手の中野が特撮を手掛けており、本多は子役と怪獣が絡む場面のみ担当したという[27]。東宝チャンピオンまつりで公開された過去の作品の再編集版は、本多自身が編集を行った[5]。

1971年（昭和46年）に東宝を正式退社。円谷との縁から『帰ってきたウルトラマン』や『ミラーマン』などの円谷プロダクション製作によるテレビ作品の監督を務めていた[出典 15]。

1975年（昭和50年）の『メカゴジラの逆襲』を最後に監督作品はなく[23][注釈 3]、その後はゴルフ場で再会した黒澤明の勧めで『影武者』以降の黒澤の映画を演出補佐として支えた[出典 16]。その主な仕事は子役を含めた演技指導やリハーサルの代行[29]。1990年（平成2年）の『夢』ではそれ以外にB班の監督や特殊効果面の指揮も務めていた[29]。70代を迎え助監督陣と大幅に年齢差が生じた黒澤の、同世代の補佐役として非常に重宝された。

現場への貢献度から『影武者』では共同監督としてのクレジットを黒澤から打診されるも固辞している。

『まあだだよ』の撮影終了後、風邪をこじらせ1993年（平成5年）2月28日午後11時30分に呼吸不全のため、東京都世田谷区の病院で死去（享年81歳）[出典 17]。本多の墓には次のような言葉を刻んだ碑が立っている。

「本多は誠に善良で誠実で温厚な人柄でした 映画のために力いっぱいに働き十分に生きて本多らしく静かに一生を終えました 平成五年二月二十八日 黒澤明」。

妻のきみは2018年（平成30年）11月3日に死去した（享年100歳）[31]。
作風
撮影『ゴジラ』のセットで（1954年）左端、半袖シャツが本多猪四郎。その隣で腰に手を当てているのが円谷英二である。その奥でカメラの後ろにいる人物は有川貞昌。

撮影技術、映画効果としての“特撮”に関わり続けた映画監督である一方、メロドラマ、サラリーマン喜劇、歌謡映画など幅広い作品がある。黒澤明が自分の作品に対して予算や時間のオーバーも辞さず、テーマや納得できる映像を追求した芸術家タイプだったのに対して、本多の作品は会社の求める企画を予算や時間を守って仕上げる職人タイプであった。『ゴジラ』もそうした会社から提示された企画の1つである。そんな黒澤と本多の違いを表現した言葉にこんなものがある。「“飯を作れ”というと、黒澤は食べきれないほどのフルコースを用意する。本多は綺麗に重箱に詰めてくる」

器用に何でもこなすことから、「本多ジアスターゼ」とあだ名されていた[32]。

田中友幸によれば、本多は元々記録映画の制作を志望していたといい、『ゴジラ』も怪獣や人々の行動を丹念に捉えているためゴジラが実在しているかのようであったと評している[3]。

演出は概して淡々として破綻がなく堅実である。特撮映画では最大の見せ場である特撮シーンに水を差すことなく、あくまで一歩下がった位置を守っている。本多は、特撮映画では本編と特撮の区分が見分けられないのが理想であるとしており、ドラマは特撮が効果的に生かされるよう仕立てなければならないとしつつも、ドラマ部分をないがしろにしてもならないと述べている[25]。

怪獣からの避難者や原住民の踊りなど、群衆シーンにも定評がある[出典 18]。特技監督の中野昭慶によれば、群衆が逃げるシーンでの「緊急事態に出動する消防隊」「交通整理する警察官」「風呂敷を抱えて逃げる人々」といった描写は現実的ではないが、本多はそういったものを映すことで日常性を出すことを重視していた[34]。俳優の土屋嘉男によると、本多の作品での警察官が避難民の交通整理をしているシーンに対して黒澤明は自分が演出するなら「警察官でも真っ先に逃げるようにする」と言ったが、同時に本多の演出を「猪さんの良心」と評し、本多が警察官の立場であれば「絶対に逃げなくて、交通整理をやる」と本多自身の人柄の現れであることを語っていたという[35]。『モスラ』に出演した小泉博は、本多は同作品での橋の上で赤ん坊を助けるシーンに力を入れていたと証言しており、本多の人柄が出ていたと述べている[36]。これについて本多は、逃げない警官は士官としての戦争体験が元になっているという[37]。また、自身の戦争体験から戦争で一番困るのは大衆だと感じており、「民衆のいない怪獣映画は嘘だと思う」と述べている[38]。

本多が特撮映画の演出でこだわったのは、超常現象を目の当たりにしての、演技者の目線の統一だった。俳優を決める際には、「子供が見る映画だからといって、真剣に演じられない人は私の映画には出てもらわなくて結構」と述べ、特撮映画に疑問を持つ俳優はどんなにいい役者でも初めから使わなかったと述べている[4]。佐原健二によれば、俳優の演技に関しては、特撮主体の映画で見られがちなオーバーアクションを極力避け、あくまで抑えた自然体で演じるよう指導されたという[39][40]。『メカゴジラの逆襲』などに出演した伊吹徹も、本多の作品では宇宙人でも背景がしっかり描かれ、宇宙人役の俳優にもリアルな人間像を要求していたと証言している[41]。また、伊吹によれば、本多は映画的な表現と舞台的な表現を使い分けていたという[41]。