21世紀初頭である現在、全国の曹洞宗寺院は「宗教法人曹洞宗」により包括されており、その本部事務所を「曹洞宗宗務庁」という[8]。曹洞宗に所属する約15,000ヵ所寺は、永平寺派の「有道会」と總持寺派の「總和会」に所属が二分されている。

曹洞宗としての宗派の長を「管長」といい、大本山永平寺および大本山總持寺の貫首（住職）がそれぞれ2年毎交互に就任する（西暦の偶数年の1月20日付けで任期満了となり、翌1月21日付で交代となる。なお、管長が任期中に示寂の場合は、後任の貫首が残任期間まで管長を務める慣例となっている）。閣僚にあたる内局の部長7名も両派でほぼ半数ずつ、宗議会議員（定数72名）も36選挙区ごとに両派から1名ずつ選ばれる。教団運営は管長の元で、宗務と事務が庁議（責任役員会）の決定に基づき執行される。また、内局（宗務執行機関）、宗議会（議決機関）、審事院（監正機関）の三機関が置かれている。「宗教法人曹洞宗」の代表役員は宗務総長といい、宗務執行機関としての法人を代表し、その事務その他の宗務を総理する。
著名な寺院
大本山（根本道場）

両大本山の住職を貫首といい、2人の貫首が2年交代で管長（宗門代表）となる。管長は、有資格者で立候補者から選挙によって選出される宗門最高の位階。

本山と、所属する寺院数 [1]本山江戸時代
（1750年代）現代
（1980年代）

永平寺1481,300

總持寺16,20013,850
総数17,50014,000

尊称として住んでいる場所にちなみ、永平寺貫首を不老閣猊下（ふろうかくげいか）、総持寺貫首を紫雲台猊下（しうんたいげいか）とも呼ぶ。

永平寺 - 福井県吉田郡永平寺町

貫首：南澤道人（みなみさわ どうにん）禅師

寺紋：久我山竜胆紋（久我竜胆紋・久我竜胆車紋）

寛元2年（1244年）に、道元が越前の波多野義重の要請で開く。

永平寺東京別院（長谷寺） - 東京都港区

永平寺名古屋別院 - 愛知県名古屋市東区代官町

永平寺鹿児島出張所（紹隆寺） - 鹿児島県姶良市平松



總持寺 - 横浜市鶴見区

貫首：石附周行（いしづきしゅうこう）禅師

寺紋：五七桐紋

元亨元年（1321年）に、瑩山紹瑾が能登の定賢律師の要請で石川県輪島市門前町に開く。明治31年（1898年）に火災で焼失し、明治44年（1911年）に現在地に移転。

總持寺祖院 - 明治38年（1905年）より元の地（石川県輪島市門前町）に復興

總持寺北海道別院（法源寺） - 北海道松前郡松前町松城

歴史的には正法寺（岩手県奥州市）が奥羽二州の本山、大慈寺（熊本県熊本市南区）が九州本山であった期間があるが、元和元年（1615年）の寺院法度により永平寺、總持寺のみが大本山となる。また、江戸時代に来日した明僧、東皐心越によって開かれた曹洞宗寿昌派は祇園寺（茨城県水戸市）を本山とした。心越の法系は道元と別系であったが明治維新後、合同した。
その他著名寺院body:not(.skin-minerva) .mw-parser-output .columns-list__wrapper{margin-top:0.3em}body:not(.skin-minerva) .mw-parser-output .columns-list__wrapper>ul,body:not(.skin-minerva) .mw-parser-output .columns-list__wrapper>ol{margin-top:0}body:not(.skin-minerva) .mw-parser-output .columns-list__wrapper--small-font{font-size:90%}

菩提寺 - 青森県むつ市

中野不動尊 - 福島県福島市

大中寺 - 栃木県栃木市-　関三刹の一。

總寧寺 - 千葉県市川市　-　関三刹の一。

龍穏寺 - 埼玉県入間郡越生町　-　関三刹の一。

高岩寺（とげぬき地蔵） - 東京都豊島区