2007年7月18日、『頭が良くなる インド式計算ドリル』を発行するベストセラーズと、『インド式 東大生が教える!超計算ドリル』を発行するメディアボーイズに対し、晋遊舎発行の『インド式計算ドリル』とタイトル・デザインなどが類似し購入者が誤解するとして、抗議文を送った[10]。
不祥事

「最強考察」書籍が題名部分に「ULTIMANIA」と記載していたことから、「ULTIMANIA」の商標権者であるスクウェア・エニックスが、無断で使用されたと販売停止を要求し、2014年2月14日付で謝罪文を公表し、同タイトルの書籍の販売を停止した[11]。以降「最強考察」を冠する書籍は「ULTIMANIA」という記載をせず刊行されている[12]

2016年4月2日出版の『電力自由化がまるごとわかる本』において、比較サイト株式会社が運営する『新電力比較サイト』からの無断転載が発覚。同社からの指摘を受けて2016年5月9日付で謝罪文を公表した[13][14]。

2020年10月7日付で、2016年6月以降に発売した「まちがいさがしフレンズ」「てんつなぎフレンズ」などパズル雑誌6種類計47冊（のちに45冊に訂正[15]）、複数誌でまたがって行われた10のキャンペーンで懸賞品を読者に送っていなかったことを公式サイト上で公表し、謝罪した。同年夏に晋遊舎が自主的に社内コンプライアンス調査を行った際に判明したもので、原因として「外部委託先との間で発送業務の担当範囲について認識に齟齬があった」「編集作業に忙殺され、手が回らなかった」と説明している。謝罪後、未発送品の発送業務に着手したとしているが、景品表示法に抵触する可能性がある[16]。毎日新聞が独自に集計したところ、当選者数は3600人超に及ぶ。また、公表前に毎日新聞は取材を申し込んでいるが、晋遊舎は取材に応じない姿勢をとり続け、外部委託先とされる編集プロダクションも取材に対して「守秘義務があるので答えられない」としている[17]。

2021年3月24日には、総計115冊の雑誌の懸賞や景品合わせて7~8千点を発送していなかったとして、消費者庁から景品表示法違反（優良誤認、有利誤認）で再発防止を求める措置命令を受けた[18]。2022年8月5日には消費者庁から景品表示法違反（有利誤認）で課徴金1231万円の納付を命じられた[19]。

脚注[脚注の使い方]^ a b 株式会社晋遊舎 決算公告
^ 例:トモセシュンサク ポプリクラブイラストワークス [トモセシュンサク] 。DLsite 電子書籍 - R18（18禁：年齢確認あり） 2018年2月21日閲覧
^ 【まさに現代版とと姉ちゃん】日本初本格商品テストサイト《360.life》オープン！,ValuePress!,2016年10月6日
^ 360LiFE［サンロクマル］360LiFE,2022年5月7日閲覧
^ “スマートニュース「SmartNews Award 2018」受賞媒体を発表 ?Business Insider Japan・the360.life・Domani・東海テレビ放送報道部に決定?”. SmartNews. 2018年9月5日閲覧。
^ “日本教科書 ? 道徳教育専門会社”. 2018年2月21日時点のオリジナルよりアーカイブ。2018年2月21日閲覧。
^ 晋遊舎ONLINE晋遊舎,2022年5月7日閲覧
^ 日本教職員組合（日教組）の当てこすり
^ “パソコン情報誌「Windows100％」休刊　20年の歴史に幕、「お世話になりました」”. J-CASTニュース. 2022年5月7日閲覧。
^ “インド式計算本、「酷似」と晋遊舎が２社に販売中止求める”. 読売新聞. (2007年7月18日) 
^ スク・エニの登録商標「ULTIMANIA」を無断で使った晋遊舎の書籍が販売停止　「AKB48最強考察」など,ITmedia,2014年3月27日
^ ワンピース最強考察 GOLD[リンク切れ] ,晋遊舎,2017年4月8日