そこへ、はるか達プリンセスプリキュアが倒したはずの魔女ディスピアが出現して暴れ出す。みらいとはるか達6人は変身してひとまず撃退するが、今度は魔女ソルシエールの手下であるトラウーマが現れ、「プリキュアの涙」を要求する。ある目的の為に「プリキュアの涙」を用いた秘薬を作ろうとするソルシエールは、プリキュア達の記憶を探ってディスピアを初めとする歴代敵組織の首領の幻を作り出し、プリキュア達を捕えて幽閉していた。ミラクルとマジカルは戦うが、ソルシエールによって異世界に飛ばされ、離れ離れにされてしまう。

「ハピネスチャージプリキュア」や「ドキドキ!プリキュア」とも出会い、それぞれ戦うミラクルとマジカルだったが、プリキュアになりたてで戦いに不慣れな2人は集中して狙われてしまい、くじけそうになる。しかしミラクルは妖精のルルンの「ブラックたちを助けてルル」と涙ながらの訴えを聞き、マジカルはキュアエコーからの励ましを受け、さらに奮闘する先輩プリキュア達を見ることで「くじけない心」を知り再び立ち上がる。

そんな状況の中、少女の歌声が聞こえてくる。それは最初の戦いの時から聞こえてきた不思議な歌声だった。その歌声を追っていくうちにいつしかミラクルもマジカルもその歌を口ずさみ、やがて合流した2人は、ソルシエールの屋敷へとたどり着く。だがその時、他のプリキュアは全員囚われの身となっており、さらにトラウーマは主人のソルシエールとは別の思惑で、恐るべき計画を進めていた。
登場キャラクター

各作品における基本設定は当該項目を参照。本節ではオリジナルキャラクターなどを除き、主に本作品での立ち位置を示す。

また原則として、キャストの付記されていない登場キャラクターは台詞無しでの登場となるが、前作に引き続き公式ウェブサイトには、これらのキャラクターにも原典での担当声優がクレジットされている。
魔法つかいプリキュア!

過去のクロスオーバー映画と同様に、新参入の『魔法つかい』メンバーは過去のプリキュアの存在を知らず、戦いを通じてプリキュアの存在を知っていく。
プリキュア
変身時は基本的にダイヤスタイルで登場しているが、この他テレビシリーズに先駆けてサファイアスタイルがソルシエールと対峙する場面で披露されている。時系列上ではみらいがナシマホウ界（人間界）へ帰還した直後のエピソード、およびみらいの中学校の新学期とリコの中学編入を迎える前の出来事とされている。
朝日奈 みらい（あさひな みらい） / キュアミラクル / スーパーミラクル
声 - 高橋李依本作品ではソルシエールの能力で異世界へと飛ばされ、『ハピネスチャージ』のメンバーおよびキュアピーチ・キュアブロッサム・キュアメロディ・キュアハッピーとともに活躍する。物語序盤では幻のノイズの高速攻撃から必死に逃げ惑うが、『ハピネスチャージ』のメンバーの活躍によって救出され、彼女たちの助言によって離れ離れになったマジカルに会うために奮闘する。物語中盤では幻のエターナルの館長による強力な攻撃を受けた上、なぜこんな目に遭わなくてはいけないのかと心が折れそうになるも、ルルンの涙ながらの説得によって徐々に立ち直る。
リコ[注 4] / キュアマジカル / スーパーマジカル
声 - 堀江由衣ミラクルと同じく異世界へと飛ばされ、『ドキドキ!』および『Go!プリンセス』のメンバーとともに活躍する。みらいや他作品の歴代プリキュアたちとは異なり、変身前では一貫して魔法学校の制服姿で通していた。物語序盤では幻のディスピアが繰り出す茨から必死に逃げ惑うが、『ドキドキ!』のメンバーの活躍によって救出され、彼女たちの助言によって離れ離れになったミラクルに会うために奮闘する。物語中盤では幻のゴーヤーンの強大な戦闘能力や幻のピエーロの破壊光線で叩きのめされ、己の非力さに弱音を吐くが、キュアエコーの励ましによって徐々に立ち直る。
ぬいぐるみ

モフルン
声 - 齋藤彩夏出自の都合上、これまでのクロスオーバー作品とは異なり他作品のキャラクターたちとは本作品が初対面となる。
Go!プリンセスプリキュア

時系列上では、『Go!プリンセス』テレビシリーズの最終回にてトワ（キュアスカーレット）・パフ・アロマがホープキングダムに帰還し、きららがパリに旅立つ前の出来事とされている[8]。
プリキュア
本作品ではモードエレガント・ロイヤルにも変身する。
春野 はるか（はるの はるか） / キュアフローラ
声 - 嶋村侑
海藤 みなみ（かいどう みなみ） / キュアマーメイド
声 - 浅野真澄
天ノ川 きらら（あまのがわ きらら） / キュアトゥインクル
声 - 山村響
紅城 トワ（あかぎ トワ） / キュアスカーレット
声 - 沢城みゆきクロスオーバー映画初登場。
ロイヤルフェアリー
『Go!プリンセス』テレビシリーズ第26話以降、ドレスアップモードに覚醒した後に付けているリボンは、本作品を含むクロスオーバー映画でも引き続き着用している。
パフ
声 - 東山奈央
アロマ
声 - 古城門志帆
ハピネスチャージプリキュア!
プリキュア
西洋の屋敷が建ちならぶ世界で幻のノイズの相手に苦戦するキュアミラクルの前に現れ、キュアミラクルをキュアマジカルのいる世界に向かわせたが、ノイズに捕まった挙げ句に自爆されて、他のプリキュアと共にソルシエールの城に幽閉された。
愛乃 めぐみ（あいの めぐみ） / キュアラブリー
声 - 中島愛
白雪 ひめ（しらゆき ひめ） / キュアプリンセス
声 - 潘めぐみ
大森 ゆうこ（おおもり ゆうこ） / キュアハニー
声 - 北川里奈本作品から自宅兼店舗である「おおもりご飯」が初登場。
氷川 いおな（ひかわ いおな） / キュアフォーチュン
声 - 戸松遥
リボン

ぐらさん

ドキドキ!プリキュア
プリキュア
森林の世界で幻のディスピアに苦戦するキュアマジカルの前に現れ、キュアミラクルの元へ向かわせるが、茨によって自身達を拘束したディスピアが自爆した為、ハート達もソルシエールの城に幽閉された。
相田 マナ（あいだ まな） / キュアハート
声 - 生天目仁美
菱川 六花（ひしかわ りっか） / キュアダイヤモンド
声 - 寿美菜子
四葉 ありす（よつば ありす） / キュアロゼッタ
声 - 渕上舞
剣崎 真琴（けんざき まこと）/ キュアソード
声 - 宮本佳那子
円 亜久里（まどか あぐり）/ キュアエース
声 - 釘宮理恵
シャルル

ラケル

ランス

ダビィ

アイちゃん

スマイルプリキュア!
プリキュア

星空 みゆき（ほしぞら みゆき） / キュアハッピー
声 - 福圓美里
日野 あかね （ひの あかね） / キュアサニー
声 - 田野アサミ
黄瀬 やよい （きせ やよい） / キュアピース

緑川 なお （みどりかわ なお） / キュアマーチ

青木 れいか（あおき れいか） / キュアビューティ

キャンディ

ポップ

スイートプリキュア♪
プリキュア

北条 響（ほうじょう ひびき） / キュアメロディ
声 - 小清水亜美
南野 奏（みなみの かなで） / キュアリズム

黒川 エレン（くろかわ えれん） / キュアビート

調辺 アコ（しらべ アコ） / キュアミューズ

ハミィ

ハートキャッチプリキュア!
プリキュア

花咲 つぼみ（はなさき つぼみ） / キュアブロッサム
声 - 水樹奈々
来海 えりか（くるみ えりか） / キュアマリン
声 - 水沢史絵
明堂院 いつき（みょうどういん いつき） / キュアサンシャイン

月影 ゆり（つきかげ ゆり） / キュアムーンライト

シプレ

コフレ

ポプリ

フレッシュプリキュア!
プリキュア

桃園 ラブ（ももぞの ラブ） / キュアピーチ
声 - 沖佳苗
蒼乃 美希（あおの みき） / キュアベリー

山吹 祈里（やまぶき いのり） / キュアパイン

東 せつな（ひがし せつな） / キュアパッション

シフォン

タルト

Yes!プリキュア5 / Yes!プリキュア5GoGo!
プリキュア

夢原 のぞみ（ゆめはら のぞみ） / キュアドリーム
声 - 三瓶由布子
夏木 りん（なつき りん） / キュアルージュ

春日野 うらら（かすがの うらら） / キュアレモネード

秋元 こまち（あきもと こまち） / キュアミント

水無月 かれん（みなづき かれん） / キュアアクア

ミルク / 美々野 くるみ（みみの くるみ） / ミルキィローズ

ココ

ナッツ

シロップ

ふたりはプリキュア Splash Star
プリキュア

日向 咲（ひゅうが さき） / キュアブルーム
声 - 樹元オリエ
美翔 舞（みしょう まい） / キュアイーグレット

フラッピ

チョッピ

ムープ