獲得票数が同数になった場合は、(1)ワラテンポイント上位組　(2)サーキットランキング上位組の優先順で上位を決定する[注 5]。

決勝に進出した芸人はA?Cの3グループ（第1回大会のみA?Dの4グループ）に振り分けられ対決するブロックトーナメント形式。振り分け方法は抽選会ならぬ「挑戦会」と銘打ち、サーキットランキング上位のコンビから順番に希望するグループを選択していく。選択の様子は、決勝大会の2週間前に放送される『THE MANZAI 201○ 決勝トーナメント組み合わせ挑戦会』にて生放送される。

決勝大会では、グループ戦(ファーストラウンド)と「ファイナルラウンド」の2段階にて優勝者を決定する。グループ戦では各グループごとに4組の芸人が1ネタを披露し、上記の審査方法にて1位を決定。各グループの1位の組がグループ勝者としてファイナルラウンドに進出する。ファイナルラウンドに進出した芸人3?4組は一回戦とは別のもう1ネタを披露し、同様の審査方法で優勝を決定する。
ワラテン

ワラテンとは、視聴者参加型の採点方式。視聴者はネタ中に携帯電話やスマートフォンからアクセスした『笑いボタン』設置ページを開いた状態で番組を視聴し、ネタ中に「あはははは」と笑う感覚で『笑いボタン』を押す（連打する）。『笑いボタン』を押した回数を100点満点に換算したものが「ワラテン」となる。そして、一般視聴者の「ワラテン」の平均を算出したものが「国民ワラテン」となる。このワラテンで最高得点を獲得した組にワラテン票が1票加算される。ワラテンが同点の場合は、本戦サーキット順位の上位の組に1票加算される。視聴者にウケればウケるほどグラフが高値安定となるためボケを量産するタイプのネタが有利である。

但し、テレビ大分やテレビ宮崎等、編成の関係上同日・後日への遅れネットとなる場合には視聴者によるワラテンでの採点ができなくなる。
出演者
大会最高顧問

ビートたけし

「最高顧問」の役割は、復活する『THE MANZAI』の象徴的存在にして最高責任者。審査には加わらないが、MC席に陣取り感想を述べる。本大会事務局は、大会立ち上げ当初より水面下でたけしへの協力を仰いでおり、たけしは「審査員以外」を条件に出演を引き受けた[9]。

2011年は、レギュラー出演する『情報7days ニュースキャスター』（TBS系）の生放送があったため途中退席。代理として爆笑問題（#シークレットゲスト参照）が出演した。


決勝大会司会者

年司会その他
2011ナインティナイン（岡村隆史・矢部浩之）
高島彩
佐野瑞樹[注 6]三田友梨佳：ワイルドカード決定戦会場のリポート担当
三宅正治：ファイナリストの到着時担当
2012三田友梨佳：ワイルドカード決定戦会場のリポート担当
福永一茂：たけし最高顧問の開会宣言担当
2013三田友梨佳・福永一茂：ワイルドカード決定戦・司会
2014

決勝大会審査員

順番は舞台袖側から観客席への順。

年審査員　
2011西川きよし[注 7]秋元康テリー伊藤関根勤大竹一樹渡辺正行木村祐一天野ひろゆき高須光聖
2012オール巨人[注 8]大竹まことラサール石井鈴木おさむ
2013高須光聖
2014志村けん春風亭小朝渡辺正行関根勤ヒロミ


当初は島田紳助が大会審査委員長を務める予定だったが、紳助の芸能界引退により空席（代役を置かず）とされた。

シークレットゲスト

爆笑問題（太田光・田中裕二 / 2011年）

一回戦終了後、『爆チュー問題』のリハーサル中に「強制的」に連れてこられた[注 9]。ファーストラウンドを勝ち抜いた4組の漫才師のネタリプレイと国民ワラテングラフの総評を行った。その後番組終了まで参加。実質、途中退席したたけしの代わりのような形。


尾上松也（2013年）

番組冒頭に、開会宣言口上を行い、決勝サーキット出場者と競演挨拶した。


テンダラー（2014年）

たけし最高顧問の開会宣言の中継レポーターとして、アメリカ・ロサンゼルスから登場したが、ナイナイにタイムラグのないことから近くのスタジオであることを見破られた。


ワラテンテストプレイヤー

ダイノジ（2011年本戦サーキット30位、獲得ワラテン53点）

ウエストランド（2013年本戦サーキット25位、獲得ワラテン72点、『今夜7時から決勝!直前生放送スペシャル!!』に出演）

トレンディエンジェル（2013年本戦サーキット28位、獲得ワラテン70点）

営業形式のネタを披露、審査にはナイナイも参加した。


スペシャルサポーター

指原莉乃（HKT48、2013年 - 2014年）

観覧ゲスト

『M-1グランプリ』『R-1ぐらんぷり』とは異なりゲスト席は設けられておらず、2011年の三中を除き、ゲストが観覧席に分散する形で着席している[注 10]。2012年・2013年は「お笑い好きの有名人がお忍びで観覧に来た」という紹介が行われた。2014年はスペシャルサポーターの指原とビートきよしが観覧席前列に着席しており、両名の氏名も紹介された。