1895年（明治28年）3月19日（光緒21年2月23日）、清の全権大使李鴻章が門司に到着した。下関での交渉の席上、日本側の台湾割譲要求に対して李は、台湾本土に日本軍が上陸すらしておらず、筋が通らないと大いに反論した。しかし、24日に日本人暴漢が李を狙撃する事件が起こり、慌てた日本側が講話条件を緩和して早期決着に動いたため、30日に一時的な休戦で合意が成立した（ただし台湾と澎湖列島を除く）。4月17日、日清講和条約（下関条約）が調印され、清・朝間の宗藩（宗主・藩属）関係解消、清から日本への領土割譲（遼東半島・台湾・澎湖列島）と賠償金支払い（7年年賦で2億両（約3.1億円）、清の歳入総額2年半分に相当[69]）、日本に最恵国待遇を与えること等が決まった。5月8日（4月14日）、清の芝罘で批准書が交換され、条約が発効した。
三国干渉1895年11月8日、遼東還付条約に調印詳細は「三国干渉」を参照

調印された日清講和条約の内容が明らかになると、ロシアは、日本への遼東半島割譲に反発した。4月23日、フランス・ドイツと共に、日本に対して清への遼東半島還付を要求した（三国干渉）。翌24日、広島の御前会議で日本は、列国会議を開催して遼東半島問題を処理する方針を立てた。しかし25日早朝、病床に就く陸奥外相が訪ねてきた伊藤首相に対し、1) 列国会議は三国以外の干渉を招く可能性が、2) 三国との交渉が長引けば清が講和条約を批准しない可能性があるため、三国の要求を即時受け入れるとともに、清には譲歩しないことを勧めた[70]。

5月4日、日本は、イギリスとアメリカが局外中立の立場を採ったこともあり、遼東半島放棄を閣議決定した。翌5日、干渉してきた三国に対し、遼東半島の放棄を伝えた。なお11月8日、清と遼東還付条約を締結した。
台湾民主国と台湾平定（乙未戦争）詳細は「台湾民主国」および「乙未戦争」を参照

日本は、5月8日の日清講和条約発効後、割譲された台湾に近衛師団（歩兵連隊と砲兵連隊が二箇大隊で編成され、他師団より小規模）を派遣した。29日に近衛第一旅団が北部に上陸を始め、6月17日に台北で台湾総督府始政式が行われた後、19日に南進が始まった。しかし、流言蜚語などによる武装住民の抵抗が激しいため、予定していた近衛第二旅団の南部上陸を中止し、北部制圧後の南進再開に作戦が変更された。増援部隊として編成された混成第四旅団（第二師団所属の歩兵第四旅団が基幹）と警備用の後備諸部隊が到着する中、7月29日、ようやく旧台北府管内を制圧した。

8月28日、近衛師団が中部の彰化と鹿港まで進出し（ただし病気等で兵員が半減）、9月16日、台南を目指す南進軍が編成された。10月、すでに台湾平定に参加していた混成第四旅団を含む第二師団が南部に分散上陸し、10月21日、日本軍が台南に入った。11月18日、大本営に全島平定が報告された（参加兵力：二箇師団と後備諸部隊などを含め、将校同等官1,519人、下士官兵卒48,316人の計49,835人、また民間人の軍夫26,214人[71]）。軍政から民政に移行した翌日、1896年（明治29年）4月1日に大本営が解散された。

なお犠牲者は、平定した日本側が戦死者164人、マラリア等による病死者4,642人に上った。女性子供も参加したゲリラ戦などによって抵抗した台湾側が兵士と住民およそ1万4千人死亡と推測されている[72]。
年表
1894年


3月 東学党、朝鮮全羅道で蜂起（その後甲午農民戦争に拡大）

5月27日か28日 代理公使杉村濬より、朝鮮が「兵を支那に借り」る動きあり、と外務省に通報

5月31日 朝鮮政府、清への援兵を決議。伊藤内閣、内閣弾劾上奏決議案が可決されて難局に直面

6月1日 杉村、「袁世凱いわく朝鮮政府は清の援兵を請いたり」と打電

6月2日 伊藤内閣、衆議院解散と清が朝鮮に出兵した場合に公使館・居留民保護のための朝鮮出兵とを閣議決定

6月4日 清の北洋通商大臣李鴻章、朝鮮出兵を指令

6月5日 参謀本部内に大本営を設置（形式上戦時に移行）

6月6日 天津条約に基づき、清が日本に朝鮮出兵を通告

6月7日 日本も同条約に基づき、清に朝鮮出兵を通告

（以後、日清両軍が朝鮮に上陸するとともに、日清間と日朝間の交渉、さらにイギリスとロシアが日清間の紛争に介入）

7月9日 清の総理衙門がイギリスの調停案を拒絶

7月10日 駐露公使西徳二郎より、これ以上ロシアが干渉しない、との情報が外務省に届く。

7月11日 伊藤内閣、清のイギリス調停案拒絶を非難するとともに、清との国交断絶を表明する「第二次絶交書」を閣議決定

7月16日 日英通商航海条約の調印（領事裁判権撤廃を達成）。清、軍機処などの合同会議で開戦自重を結論とし、18日に上奏

7月20日 駐朝公使大鳥圭介、朝鮮政府に対して最後通牒（回答期限22日）

7月23日 日本軍、朝鮮王宮を占領。国王高宗を手中にする。日本側の圧力により、大院君が国政総裁に就任

7月25日 大院君、清との宗藩関係解消を宣言し、大鳥に牙山の清軍掃討を依頼。豊島沖海戦（高陞号事件）

7月29日 牙山に向かった日本軍と清軍が交戦し、日本軍が勝利（成歓の戦い）

8月1日 日清両国、互いに宣戦布告

8月5日 大本営、参謀本部内から宮中に移動

9月13日 大本営、戦争指導のために広島移転（広島大本営）

9月15日 明治天皇、広島に入る。平壌攻略戦で日本軍が勝利

9月17日 黄海海戦で日本艦隊が勝利。その結果、日本が制海権をほぼ掌握

9月19日 李鴻章、持久戦（西洋列強の介入を期待）等を上奏

10月24日 日本の第一軍が鴨緑江渡河を開始し、第二軍が遼東半島上陸を開始

11月21日 第二軍、旅順口を占領。

1895年


2月1日 広島で清との第一次講和会議（翌日、日本が委任状不備を理由に交渉拒絶）

2月中旬 陸海軍共同の山東作戦完了。日本が制海権を完全に掌握

3月上旬 第一軍、遼河平原作戦完了。日本が遼東半島全域を占領

3月16日 直隷決戦に備え、参謀総長小松宮彰仁親王陸軍大将が征清大総督に任じられる。

3月19日 講和全権の李鴻章、門司到着（翌日から下関で交渉）

3月24日 李鴻章、暴漢に狙撃される（日本、条件を緩和して講和を急ぐ）。

3月30日 日清休戦条約の調印

4月17日 日清講和条約の調印（5月8日、発効）

4月23日 ロシア・フランス・ドイツ、清への遼東半島返還を要求（三国干渉）

5月4日 伊藤内閣、遼東半島返還を閣議決定

5月5日 日本がロシア・フランス・ドイツに遼東半島返還を伝える。

5月29日 日本軍、割譲された台湾北部に上陸を開始

5月30日 明治天皇、広島から東京に還幸

6月17日 日本が台湾に台湾総督府を設置

8月6日 台湾総督府条例により、台湾で軍政を敷く。

10月8日 朝鮮で乙未事変（閔妃暗殺事件）発生

11月8日 清と遼東還付条約を締結

11月18日 台湾総督、大本営に全島平定を報告

1896年


2月 朝鮮で親露派のクーデターが成功し（露館播遷）、日本が政治的に大きく後退