「にほん」、「にっぽん」二つの呼び方がある。どちらも多く用いられているため、日本政府は正式な読み方をどちらか一方には定めておらず、どちらの読みでも良いとしている[76]。

7世紀の後半の国際関係から生じた「日本」国号は、当時の国際的な読み（音読）で「ニッポン」（呉音）ないし「ジッポン」（漢音）と読まれたものと推測される[77]。いつ「ニホン」の読みが始まったか定かでない。仮名表記では「にほん」と表記された。平安時代には「ひのもと」とも和訓されるようになった。

室町時代の謡曲狂言は、中国人に「ニッポン」と読ませ、日本人に「ニホン」と読ませている。安土桃山時代にポルトガル人が編纂した『日葡辞書』や『日本小文典』などには、「ニッポン」「ニホン」「ジッポン」の読みが見られ、その用例から判断すると、改まった場面・強調したい場合に「ニッポン」が使われ、日常の場面で「ニホン」が使われていた[78]。このことから小池清治は、中世の日本人が中国語的な語感のある「ジッポン」を使用したのは、中国人・西洋人など対外的な場面に限定されていて、日常だと「ニッポン」「ニホン」が用いられていたのでは、と推測している[79]。なお、現在に伝わっていない「ジッポン」音については、その他の言語も参照。

近代以降も「ニホン」「ニッポン」両方使用される中、1934年には文部省臨時国語調査会が「にっぽん」に統一して外国語表記もJapanを廃してNipponを使用するという案を示したこともあったが、不完全に終わった。同年、日本放送協会（NHK）は「放送上、国号としては『にっぽん』を第一の読み方とし『にほん』を第二の読み方とする」旨の決定をした[80]。

その後現在も両方使用されており、2009年6月30日に政府は「『にっぽん』『にほん』という読み方については、いずれも広く通用しており、どちらか一方に統一する必要はない」とする答弁書を閣議決定している[76]。

現在、通商や交流の点で自国外と関連のある紙幣、切手などには「NIPPON」と描かれている（紙幣発券者も「にっぽんぎんこう」である）。
「にほん」（NIHON）


日本相撲協会、日本オリンピック委員会、日本経済新聞、日本航空、東日本旅客鉄道、西日本旅客鉄道、日本たばこ産業、日本アイビーエム、日本交通公社、日本ガイシ、日本製鋼所、日本マクドナルド、日本大学

「にっぽん」（NIPPON）


日本武道館、日本財団、日本医科大学、ニッポン放送、全日本空輸、近畿日本鉄道、日本貨物鉄道、日本電信電話、日本電気、日本郵船、日本特殊陶業、日本製鉄、日本取引所グループ

また、日本テレビ放送網（日本テレビ）、東日本電信電話（NTT東日本）・西日本電信電話（NTT西日本）のように、社名では「にっぽん」、愛称は「にほん」と使い分けている例や、東日本高速道路（NEXCO東日本）・中日本高速道路（NEXCO中日本）・西日本高速道路（NEXCO西日本）のように英字社名は「Nippon」、日本語での社名では「にほん」を用いる例もある。

日本経済新聞が2016年に行った調査によると、社名に「日本」が含まれる上場企業の読み方は、「にほん」が60%、「にっぽん」が40%であり、「にっぽん」と読ませる企業の比率が増加傾向にあった。テレビ番組名では「にっぽん」が使われることが多くなってきている[81]。なお、日本国憲法の読みについて、内閣法制局は、読み方について特に規定がなく、どちらでもよいとしている[82]。日本国憲法制定の際、読みについての議論で、憲法担当大臣金森徳次郎は「ニホン、ニッポン両様の読み方がともに使われることは、通念として認められている」と述べており、どちらかに決められることはなかった[80]。

日本の政党名における読みは、次のとおり（国会に複数の議席を有したことのある政党）。
「にほん」（NIHON）


日本共産党（1922-）、日本労農党（1926-1928）、日本自由党（1945-1948）、日本進歩党（1945-1947）、日本協同党（1945-1946）、日本農民党（1947-1949）、日本民主党（1954-1955）、日本新党（1992-1994）

「にっぽん」（NIPPON）


日本社会党（1945-1996）、日本自由党（1953-1954）、新党日本（2005-2015）、たちあがれ日本（2010-2012）、日本維新の会（2012-2014）、日本未来の党（2012）、日本を元気にする会（2015-2018）、日本のこころを大切にする党（2015-2018）、日本維新の会（2016-）