インドネシア：旧オランダ植民地で、朱印船貿易や日本町を中心に戦国時代から民間での交流は存在したが、鎖国に伴いその交流は途絶えた[372]。第二次世界大戦の際には日本が蘭印作戦でオランダ軍を破り、一時日本の占領下に置かれて当初は植民地支配の解放者として歓迎されていたものの、戦争が激化するにつれ皇民化政策が施されインドネシア人の中には「ロームシャ」として過酷な重労働に従事させられた者もいた[373]。しかし、独立の際に一部の日本人が関与したこともあり、親日派もいた一方、1960年代の政局の混乱のなか共産党勢力の台頭に伴い中国などへ接近したが、1966年以降のスハルト体制は再び日本との関係を強めた[374]。ただし1970年代には日本企業がインドネシアに次々進出、インドネシア経済で支配的になったことから、それに反発して田中角栄のインドネシア訪問に合わせて大規模な反日運動「マラリ事件」が起こった事もある[375]。

現代では、2001年のアメリカ同時多発テロによって米国との関係が悪化し、2005年まで武器禁輸などの制裁を受けた。そのためロシアや中国との関係強化を進め、しかしいずれの国とも軍事同盟を結ばないなど多極外交を展開している[376]。日本との関係は良好で、日本にとっては液化天然ガスの死活的に重要な供給国であることから、多数の日系企業が進出、エネルギー事業に携わっている[377]。また日本の政府開発援助（ODA）はハードインフラ整備に加え、市民警察活動促進計画[注釈 54]など統治能力支援（ガバナンス支援）や法整備支援[注釈 55]などソフトインフラ整備の支援にも及んでいる。スマトラ島沖地震では、金額で国別3位の支援を早急に決めて拠出し、更にアチェ州へ海上自衛隊の艦艇を派遣した[380]。防災システムの構築にも支援を行っている。「日本とインドネシアの関係」も参照

カンボジア：旧フランス植民地のカンボジアとは、戦後まもなく国交が樹立されたものの[381]、ポル・ポト政権時代には大使館を閉鎖するなど事実上国交は一時断絶していたが、政権崩壊後の1990年代には正常化している[382][383]。日本からは経済的援助がなされておりカンボジアにとって日本は最大の開発援助国であるほか[384]、自衛隊を活用した地雷撤去の活動や教育支援なども精力的に行われている。また、文化面でもクメール・ルージュによって破壊・弾圧された仏教の施設や信仰の復興に、日本の仏教界が大きく貢献している。一方、カンボジアは日本の常任理事国参入について不変の支持を行っている[385]。一党独裁化を強め欧米から批判を受け支援を打ち切られているカンボジアに対し日本だけが支援を継続しており、日本は経済支援と民主化の同時進行を促す立場をとっている[386]。しかし日本がカンボジアに選挙の資金援助した2018年の選挙ではカンボジア政府が最大野党の解体を決定、全議席が与党のものとなり民主化は逆行している[387]。「日本とカンボジアの関係」も参照

シンガポール：イギリス領マラヤの中心都市だったシンガポールは、明治時代に山本音吉がやってきた事によって初めて日本と交流を持った[388]。第二次世界大戦では日本の侵略を受ける。シンガポールの戦いの結果日本軍が占領、昭南島と改称され（日本占領時期のシンガポール）、1945年（昭和20年）の日本の降伏まで軍事占領と華僑を中心とした住民の抵抗が続いた[389][390]。シンガポール華僑粛清事件が日本軍の虐殺行為として記録されている[391]。シンガポールにおいて日本の占領が始まった2月15日はトータル・ディフェンス・デーとして国防意識を高める記念日になっている[392]。

1966年（昭和41年）にシンガポールがマレーシアから追放されて分離独立すると日本は直ちに承認し、友好関係を維持した。2002年（平成14年）には日本・シンガポール新時代経済連携協定を結び、日本にとって初の自由貿易協定締結国であり、要人往来も活発で経済・政治において緊密な関係を保っている[393]。「日本とシンガポールの関係」も参照

タイ：14世紀ごろよりアユタヤ日本人街が形成され、最盛期には3000人の日本人が居住するなどアユタヤ王朝支配下のタイで経済的な影響力を持った[394]。山田長政が当地で活躍した[395]。その後、江戸幕府が鎖国政策を取ったため日本との交流を喪失したが、アユタヤ日本人街は18世紀まで存続していた[396]。日本開国後、1887年には日･タイ修好宣言が結ばれて本格的に国交が再開している[397]。大日本帝国とタイはともに植民地化を免れた共通点がある事から友好関係が築かれ、1932年にはタイ立憲革命が巻き起こったが、それは駐シャム公使矢田部保吉をはじめとする日本人の支援も背景にあった[398]。第二次世界大戦では枢軸国とはされていないが、日泰攻守同盟条約を結んで日本軍が進駐、日本に対し協力的な姿勢を見せた[399]。

戦後は日本の国際社会復帰に尽力、現代では親日国として知られ[400]、経済的に深い繋がりを有している。タイの国際貿易に占める対日割合は、輸出9.5%、輸入15.8%（2016年）であり、中国に次ぐ主要貿易相手国となっている[401]。また、日本のタイへの直接投資額は1,489億バーツに上り、これはタイの全投資額の4分の1を占めた[401]。2007年には日本にとってアジア三か国目となる経済連携協定が結ばれた[402]。人件費・製造コストの低さからかねてより日系企業の製造拠点が多く置かれていたが、近年では経済成長により消費市場への転換も見られる[403]。タイ王室と皇室との関係も良好で[404]、日本を訪れるタイ人も増加している[405]。2004年のスマトラ島沖地震では自衛隊のタイ派遣も実施された[406]。「日泰関係史」も参照

フィリピン：朱印船貿易を通じて安土桃山時代から交流を持ち、多くの日本人が移り住んでマニラに日本人街が形成された[407]。16世紀にはスペインが当時の領有地だったフィリピンを対日貿易の拠点とし、バテレン追放令により日本を追放された高山右近も受け入れたが[408]、江戸幕府の鎖国政策による外交関係の断絶とともに日本との交流は途絶えた。それが再開されたのは1868年に日西修好通商航海条約の締結以降である。1899年にはフィリピンが独立を求めたため米比戦争が勃発しているが、日本は表向き中立を保ったものの一部の有力者が武器の売却や輸送を行い[409]、また指導者であったアルテミオ・リカルテの亡命も受け入れている[410]。第二次世界大戦では日本に占領され、現地住民を巻き込んで激戦となった経緯があり（フィリピンの戦い）、戦後のフィリピンでは対日感情が悪かったものの、賠償金支払いや経済援助を通じて徐々に改善が進められた[411]。現在では親日国として知られる[412]。

2008年には日本・フィリピン経済連携協定が発効され、経済的な結び付きが強まっている[413]。ただし、フィリピンの主要貿易相手国は現状アメリカと日本であるが、近年は中国や韓国との貿易も増えている[414]。人件費や製造コストの観点から、多くの日系企業がフィリピンに製造拠点を置いて雇用を創出している[415]。在日フィリピン人は、在日外国人として国籍別で第4位の人口を有する[416]。2013年11月には台風ヨランダがフィリピンに甚大な被害を齎し、日本は自衛隊の派遣を行った[417]。政情面でも日本は貢献しており、2011年には日本の仲介でフィリピン大統領ベニグノ・アキノ3世と反政府勢力であるモロ・イスラム解放戦線が非公式の初会談を行った[418][419]。「日本とフィリピンの関係」も参照

 ベトナム：1905年（明治38年）、フランス領インドシナとしてのフランス統治に反発するベトナム民族運動家達はファン＝ボイ＝チャウが提唱した日露戦争勝利後の日本に留学する東遊運動を行ったが、日本政府は1907年（明治40年）締結の日仏協約によって運動家を追放した[420]。第二次世界大戦ではフランス第三共和政が崩壊した後、日本は日中戦争（支那事変）の一環として1940年（昭和15年）に仏印進駐を北部に、1941年（昭和16年）には南部に実施したが、特に南部仏印進駐は同年12月の日米開戦を強く促した[421]。1945年（昭和20年）3月にベトナム帝国を成立させてフランスを排除した日本が同年9月に降伏すると、北ベトナムとして成立したベトナム民主共和国、現在のベトナム社会主義共和国は、ベトナム戦争において日本と安全保障面で協力関係にあるアメリカ合衆国と交戦したベトナム共産党による独裁政権であるが、同戦争では日本は直接参戦を行わなかった。ベトナム戦争終結前、まだ南ベトナム政府が残留していた1973年（昭和48年）には日本との国交を樹立、1975年のベトナム統一後に社会主義政策を嫌ってボートピープルとなったベトナム難民（インドシナ難民）の一部を日本は受け入れた[422]。

ベトナム政府の国策による労働輸出と日本の人手不足もあって日本は多くのベトナム人労働者を受け入れている。ベトナム人労働者は2023年時点で約51万人[423]、そのうちの20万人は技能実習生として受け入れており[424]、2019年に新設された在留資格である特定技能の覚書を交わすなど日本にとってベトナムは最大の外国人労働者供給国となっている[425][426]。