1999年に能登半島沖不審船事件が発生。朝鮮民主主義人民共和国の不審船が日本の排他的経済水域内に侵入し、初めて海上警備行動が発動し、海上自衛隊が対処にあたった。北朝鮮とは拉致問題や1993年以降続く弾道ミサイルの発射実験などの問題を抱え、緊張状態が続いている。
21世紀詳細は「Category:21世紀の日本」を参照

2001年から聖域なき構造改革が行われ景気悪化は底を打ったが、非正規労働の規制緩和という実質賃金抑制策によって労働者の地位低下を招いたとの批判がある。2013年には前年発足した第2次安倍内閣が円高・デフレ不況からの脱却を目指すアベノミクスと呼ばれる経済政策を打ち立て、経済の立て直しを図った[158]。

2008年には日本の人口が頂点に達し、以降は急速な人口減少に転じた[26]。人口減少は出生率の低下が主な原因であり、国立社会保障・人口問題研究所の予測によれば日本の人口が半減する2110年であっても人口減少が止まらない見通しである[29]。更に長期の予測として、河合雅司の『未来の年表 業界大変化 瀬戸際の日本で起きること』では、低い出生率が継続した場合3000年には日本の人口が僅か2000人になることが予測されており、負の連鎖による縮小再生産も考慮すると早急に手を打たなければ日本人が絶滅の危機にあるという指摘までなされている[159]。

2011年には東北地方太平洋沖地震が発生。三陸沖の太平洋を震源とするマグニチュード9.0の超巨大地震が発生し、津波や福島第一原子力発電所事故などを誘発した。それらの災害は総称して東日本大震災と呼ばれ、それによる死者は2022年時点で1.9万人に達し、戦後最悪の自然災害とされる。

2019年、天皇明仁は皇太子徳仁に譲位を行い元号が令和となった。改元を以って明仁は上皇となった。

2019年6月3日に公開された『金融審議会 市場ワーキング・グループ報告書 「高齢社会における資産形成・管理」』の中で「老後の30年間で約2,000万円が不足する」と発表された[160]。一般に『老後2000万円問題』として話題となり、老後に向けた資産形成の必要性が広く認知される切っ掛けとなった[161]。

2020年、国内で初の新型コロナウイルス感染者が発表された。→「#新型コロナウイルスの流行」参照

2021年、第49回衆議院議員総選挙では自由民主党が衆議院の過半数の議席を獲得した[162]。第26回参議院議員通常選挙では自由民主党が参議院の第1党の地位を維持した[163]。

2023年8月24日13時ごろ、2011年に原子力事故を起こした福島第一原子力発電所でトリチウムなどの放射性物質を含む処理水の放出が開始された。放出期間は30年程度に及ぶ見通しである[164]。

2024年1月1日16時10分、能登半島地震が発生。人口減少社会に合わせた過疎地域の限定的な復興の必要性についての意見が挙がる[165]。

2024年5月、円安の進行により、日本人向けとは別に訪日外国人向けに高い価格を設定する店舗が現れつつあることが報じられた[166]。

2025年、大阪府の夢洲で2025年日本国際博覧会（略称：大阪・関西万博）が開催される予定である。しかし、海外パビリオンの建設が大幅に遅れ、開催が危ぶまれる事態となっている[167]。

2025年以降は、少子高齢化と人口減少に伴い発生する問題がかつて無いほどに深刻化し、国民においてはより自助が求められる国家に変わることは確実となっている。
新型コロナウイルスの流行詳細は「新型コロナウイルス感染症の世界的流行 (2019年-)」を参照

2020年1月16日、神奈川県で国内第1例目の武漢市への旅行歴のある新型コロナウイルスの感染者が発表された後[168]、パンデミックと呼ばれる状況に陥り、政治、経済、国民生活に大きな影響を与えている。パンデミックの影響による1年延期ののち、2020年東京オリンピック・パラリンピックが2021年に開催された。

2023年5月8日には新型コロナウイルスの感染症法上の位置付けが季節性インフルエンザと同等の5類感染症に変更されたことにより、日本社会は新型コロナウイルスと共存する社会に移行した[169][170]。
2025年問題

2025年は日本国全体の人口構成という観点では「2025年問題」[28]、産業界のデジタルトランスフォーメーション（DX）という観点では「2025年の崖」[27]というより厳しい局面を迎える年でもある。
2030年問題

2030年には日本経済を駆動する物流において、トラックドライバーの不足により全体の3割以上の荷物がトラックで配送できなくなる「物流危機」が生じるため、日本経済が致命傷を受ける可能性がある[43]。
地理詳細は「日本の地理」を参照日本の衛星写真日本列島の地形図。国土は14,125の島から構成され、約70%が山岳地帯である。

日本は明治以来、憲法における領土規定がなく、これは比較法学の観点では特殊なものであった[注釈 41]。島嶼部についての領有宣言、あるいは周辺諸国との条約がおもに領土領陸の法規範であり、第二次大戦後は日本国との平和条約（通称：サンフランシスコ平和条約）が主要な法規範を形成している。
地勢日本最高峰「富士山」（標高3,776メートル）日本最長の川である信濃川

日本の領土は、14,125の島からなる[173]。

アジア・東アジアの中でも東方にあり、ユーラシアの東端近くにあたるため、東洋や極東などと呼ばれる地域に含まれる。領土の大部分が、島弧をなす日本列島である。これは本州・北海道・九州・四国などからなる。このほか、南に延びる伊豆・小笠原諸島、南西に延びる南西諸島（沖縄本島など）も有する。日本はまた北東に位置する北方四島の領有権をも主張している。

領土面積は約37.8万平方キロメートル（日本政府が領有権を主張する領域）で世界第60位である。