2007年以降は、両リーグともに、ペナントレース後に行われるクライマックスシリーズの優勝チームが出場している（2020年のみ、セ・リーグはクライマックスシリーズがなかったため、当年のペナントレースの優勝チームが出場）。
クライマックスシリーズから日本シリーズ進出までの道のり（2007年以後）

CS1stCSファイナル日本選手権シリーズ
          


 
（6戦4勝制＜含・Hのアドバンテージ1勝＞）
 
 セ・リーグ優勝チームH
（3戦2勝制）
 CS1st勝利チーム
 セ・リーグ第2位チームH
（7戦4勝制）
 セ・リーグ第3位チーム
 セ・リーグCS優勝チーム☆

 パ・リーグCS優勝チーム☆
 
（6戦4勝制＜含・Hのアドバンテージ1勝＞）
 
 パ・リーグ優勝チームH
（3戦2勝制） 
 CS1st勝利チーム
 パ・リーグ第2位チームH   

 パ・リーグ第3位チーム   

（H） - そのステージのホームチーム（☆） - 隔年でホーム4:ビジター3の配分が異なる（基本的に第1戦主管球団がホーム4、第3戦主管球団がホーム3の割合）。
2006年以前の出場チーム


セ・リーグ - 当年のペナントレースの優勝チームが出場。

パ・リーグ - 当年のペナントレースの優勝チームが出場。ただし、ペナントレースの優勝決定方式が以下の通りだった年度がある。

1973年-1982年 - 2シーズン制を取っており、両シーズンの優勝チーム同士のプレーオフにより決定。

2004年-2006年 - 上位3チームのプレーオフにより決定。


試合方式

延長戦は、第7戦までは延長12回、第8戦以降は回数無制限（試合時間は一律無制限）が現行のルールである（2018年から）。過去の変遷は以下。

1966年まで - 日没まで（当時は全試合デーゲーム）。

1964年 - 22時30分以降新しいイニングに入らない（この年は昭和時代では唯一の全試合ナイトゲーム）。


1967年-1981年 - 17時30分以降新しいイニングに入らない。

1982年-1986年 - 試合開始から4時間半を経過した時点で新しいイニングに入らない。

1987年-1993年 - 第7戦までは18回、第8戦以降は回数無制限（1986年のシリーズが第1戦を延長14回で引き分け、第8戦まで行われたことをきっかけに改定）。

1994年-2017年 - 第7戦までは延長15回へ短縮。

1994年 - デーゲーム・ナイトゲーム併用の為、デーゲームの場合は18回まで。

2011年 - レギュラーシーズンで用いられた節電・省エネの為の「3時間30分打ち切りルール」は使用しない。2011年の第1戦はデーゲームだが、延長は従来通り15回までの打ち切りとする。


2018年 - 第7戦までは延長12回へ短縮。

2021年 - レギュラーシーズン・クライマックスシリーズで用いられた新型コロナウイルス感染拡大防止の為の「9回打ち切りルール」は使用しない。



サスペンデッドゲームは適用しない。

両チームはシリーズ開始日の前々日までに「出場有資格者選手」（最大40人）の名簿を提出する。公示後はこれを変更することはできない。ベンチ入り選手の人数は公式戦と同じく最大25人で、試合ごとに有資格者の中から選ぶ。

指名打者制度は1984年までは採用せず、1985年から隔年（1985年は全試合採用、1986年は全試合採用せず）、1987年からはパ・リーグの出場チームの本拠地球場でのみ採用されている。なお2020年は新型コロナウイルスの感染拡大に伴う特例措置として、1985年以来35年ぶりに全試合で採用される。

審判は6人制が採用される。審判員は日本野球機構（NPB）審判部から選ばれた合計8人の審判員で運営されていたが、2015年から合計7人の審判員で運営される。

表彰

賞金・賞品は2020年のもの[10]。
優勝チーム賞


日本野球機構よりペナント、チャンピオンフラッグ、優勝記念品代、内閣総理大臣杯

在京民放各テレビ局より賞金、計250万円（日本テレビ・テレビ朝日・TBSテレビ・テレビ東京・フジテレビから各50万円）と共に日本テレビ・テレビ朝日・TBSテレビ・テレビ東京からトロフィー、フジテレビより優勝盾

最高殊勲選手賞（MVP）


日本野球機構よりトロフィー

NPBパートナー7社（SMBC・カルビー・コナミデジタルエンタテインメント（コナミ）・大正製薬・日本生命・マイナビ・ローソン）より賞金各100万円（計700万円）

かつては乗用車が贈呈されたことがあり、1954年から2006年まで行われていた。贈呈される乗用車は原則としてトヨタ自動車からだが、マツダが筆頭株主となっている広島東洋カープが日本一になった時（1979年・1980年・1984年が該当）は、マツダから贈呈された。


優秀選手賞（3人[注 5]）


日本野球機構よりトロフィー、および賞金100万円

敢闘選手賞[注 6]


日本野球機構よりトロフィー、および賞金100万円

ホームラン賞


各試合のホームランを打った選手に対して『SMBCミドすけホームラン賞』として、SMBCから賞金3万円とSMBCのマスコットキャラクターである「ミドすけ」のぬいぐるみが贈呈される。

なお2016年 - 2019年は『SMBCデビッドホームラン賞』として賞金3万円が、2014年はSMBC（2011年から2013年まではコナミ）から賞金（5万円）が贈呈された。


特別協賛賞
2011年から2013年までは特別協賛（冠スポンサー）のコナミより、上記賞とは別に以下の賞が追加された。

「みんなで選ぶコナミ賞」（賞金400万円・2011年は賞金300万円）

「ドリームナイン賞」（賞金100万円・2011年は賞金200万円）

「BASEBALL HEROES賞」（賞金100万円・2011年は賞金200万円）

「パワフルプロ野球賞」（賞金100万円・2012年より）

「プロ野球スピリッツ賞」（賞金100万円・2012年より）
「みんなで選ぶコナミ賞」は大会期間中に、コナミの大会特別公式サイト・コナミが携帯電話サイトで展開するソーシャルネットワークゲームサイト『プロ野球ドリームナイン』・アーケードゲーム『BASEBALL HEROES』の成績閲覧ページやゲーム機からのファン投票によって行い、大会終了時の表彰式で表彰選手を発表するものである（2011年は各ゲームからの投票で「ドリームナイン賞」・「BASEBALL HEROES」賞を選んだ）。2022年は特別協賛（冠スポンサー）のSMBCより、上記賞とは別に以下の賞が追加された[11]。

SMBCみんなの声援賞
この賞は日本シリーズ開催期間中に、特別協賛社の三井住友銀行のキャラクター「ミドすけ」にちなんでTwitter上に「＃みどほー」のキーワードとともに「＃（応援したい選手名）」を投稿。最も多く声援された選手1人が選出されるもので、日本シリーズ表彰式内で表彰され、賞金100万円が贈られるというものである[11]。
出場資格者

出場有資格者は、原則として8月31日までに出場球団（すなわち、両リーグクライマックスシリーズ優勝球団）の支配下登録されている選手のうち、その中から40人までを選ぶ。

ベンチ入りメンバーは以下を原則とする。

監督1名