また、レプチャ語・ヘブライ語などとの同系論も過去に存在したが、これに関してはほとんど疑似科学の範疇に収まる[47]。「日ユ同祖論#ヤマト言葉とヘブライ語の類似」および「イスラエルの失われた10支族#失われた10支族の行方」も参照
音韻詳細は「日本語の音韻」を参照
音韻体系

日本語話者は普通、「いっぽん（一本）」という語を、「い・っ・ぽ・ん」の4単位と捉えている。音節ごとにまとめるならば [ip?.po?] のように2単位となるところであるが、音韻的な捉え方はこれと異なる。音声学上の単位である音節とは区別して、音韻論では「い・っ・ぽ・ん」のような単位のことをモーラ[50]（拍[51]）と称している。

日本語のモーラは、大体は仮名に即して体系化することができる。「いっぽん」と「まったく」は、音声学上は [ip?po?] [mat?tak?] であって共通する単音がないが、日本語話者は「っ」という共通のモーラを見出す。また、「ん」は、音声学上は後続の音によって [?] [m] [n] [?] などと変化するが、日本語の話者自らは同一音と認識しているので、音韻論上は1種類のモーラとなる。

日本語では、ほとんどのモーラが母音で終わっている。それゆえに日本語は開音節言語の性格が強いということができる。もっとも、特殊モーラの「っ」「ん」には母音が含まれない。

モーラの種類は、以下に示すように111程度存在する。ただし、研究者により数え方が少しずつ異なる。「が行」の音は、語中語尾では鼻音（いわゆる鼻濁音）の「.mw-parser-output .jis2004font{font-family:"源ノ角ゴシック JP Normal","源ノ角ゴシック JP","Source Han Sans Normal","Source Han Sans","NotoSansJP-DemiLight","Noto Sans CJK JP DemiLight","ヒラギノ角ゴ ProN W3","ヒラギノ角ゴ ProN","Hiragino Kaku Gothic ProN","メイリオ",Meiryo,"新ゴ Pr6N R","A-OTF 新ゴ Pr6N R","小塚ゴシック Pr6N M","IPAexゴシック","Takaoゴシック","XANO明朝U32","XANO明朝","和田研中丸ゴシック2004絵文字","和田研中丸ゴシック2004ARIB","和田研中丸ゴシック2004P4","和田研細丸ゴシック2004絵文字","和田研細丸ゴシック2004ARIB","和田研細丸ゴシック2004P4","和田研細丸ゴシックProN",YOzFont04,"IPA Pゴシック","Yu Gothic UI","Meiryo UI","ＭＳ Ｐゴシック";font-feature-settings:"jp04"1}か゚行」音となる場合があるが、「が行」と「か゚行」との違いは何ら弁別の機能を提供せず、単なる異音どうしに過ぎない。そこで、「か゚行」を除外して数える場合、モーラの数は103程度となる。これ以外に、「外来語の表記」第1表にもある「シェ」「チェ」「ツァ・ツェ・ツォ」「ティ」「ファ・フィ・フェ・フォ」その他の外来音を含める場合は、さらにまた数が変わってくる[注釈 17]。このほか、外来語の表記において用いられる「ヴァ・ヴィ・ヴ・ヴェ・ヴォ」については、バ行として発音されることが多いものの、独立した音韻として発音されることもあり、これらを含めるとさらに増えることとなる。

＼直音拗音清濁
母音あいうえお――
子音+母音かきくけこきゃきゅきょ（清音）
さしすせそしゃしゅしょ（清音）
たちつてとちゃちゅちょ（清音）
なにぬねのにゃにゅにょ――
はひふへほひゃひゅひょ（清音）
まみむめもみゃみゅみょ――
らりるれろりゃりゅりょ――
がぎぐげごぎゃぎゅぎょ（濁音）
か゚き゚く゚け゚こ゚き゚ゃき゚ゅき゚ょ（鼻濁音）
ざじずぜぞじゃじゅじょ（濁音）
だぢづでど（濁音）
ばびぶべぼびゃびゅびょ（濁音）