「日本語」の範囲を本土方言のみとした場合、琉球語が日本語と同系統の言語になり両者は日琉語族を形成する。

琉球列島（旧琉球王国領域）の言葉は、日本語と系統を同じくする別言語（琉球語ないしは琉球諸語）とし、日本語とまとめて日琉語族とされている。共通点が多いので「日本語の一方言（琉球方言）」とする場合もあり、このような場合は日本語は「孤立した言語」という位置づけにされる。「日琉語族#概要」および「日琉祖語#日琉の分岐」も参照

日本語（族）の系統については明治以来様々な説が議論されてきたが、いずれも他の語族との同系の証明に至っておらず、不明のままである[25][26][27][28][注釈 10]。
アルタイ諸語との関係アルタイ諸語の分布

アルタイ諸語に属するとする説は、明治時代末から特に注目されてきた[29]。その根拠として、古代の日本語（大和言葉）において語頭にr音（流音）が立たないこと、一種の母音調和[30]が見られることなどが挙げられる。古代日本語に上記の特徴が見られることは、日本語が類型として「アルタイ型」の言語である[31]根拠とされる。アルタイ諸語に属するとされるそれぞれの言語の親族関係を支持する学者のほうがまだ多いが、最近のイギリスではアルタイ諸語の親族関係を否定する学者も現れている[32]。詳細は「日本語の起源#アルタイ語族説」および「アルタイ諸語#構成言語と共通の特徴」を参照
朝鮮語との関係

朝鮮語とは語順や文法構造で類似点が非常に多い。音韻の面でも、固有語において語頭に流音が立たないこと、一種の母音調和が見られることなど、共通の類似点がある（その結果、日本語も朝鮮語もアルタイ諸語と分類される場合がある）。世界の諸言語の広く比較した場合、広く「朝鮮語は日本語と最も近い言語」とされている。ただし、閉音節や子音連結が存在する、有声・無声の区別が無い、といった相違もある。基礎語彙は、共通点もあるが、かなり相違する面もある。詳細は「日本語の起源#朝鮮語同系説」を参照
半島日本語との関係

紀元8世紀までに記録された朝鮮半島の地名（「高句麗地名」を指す）の中には、満州南部を含む朝鮮半島中部以北に、意味や音韻で日本語と類似した地名を複数見いだせる[33]。これを論拠として、古代の朝鮮半島では朝鮮語とともに日本語と近縁の言語である「半島日本語」が話されていたと考えられている[34][35]。

「高句麗地名」より抽出される単語のうち日本語に同根語が見出しうるもの原語訓釈上代日本語
漢字中古音[注釈 11]中期朝鮮漢字音[注釈 12]
密mitmil三mi?[36][37]
于次hju-tshijHwucha五itu[36][37]
難隱nan-??nXnanun七nana[36][37]
�ｺtoktek十to?wo[36][37]
旦tanHtan谷tani[36][37]
頓twontwon
?thenthon
烏斯含?u-sje-homwosaham兔usagi?[36][37]
那勿na-mjutnamwul鉛namari[36][37]
買m?Xmay水mi?(du) <*me [36][37][38]
美mijXmay
彌mjieXmi

また、高句麗語に鉛（なまり）＝那勿（ナムル）、泉（いずみ）＝於乙、土（つち）は内、口（くち）は口次と呼んでいた記録があり、高句麗の武将である泉蓋蘇文は日本書紀で伊梨柯須彌（イリカスミ）と記録されていて、泉（いずみ）は高句麗語で於乙（イリ）と呼ばれていたことが分かる。件の地名が高句麗の旧領域内に分布していることから、多くの研究は半島日本語は「高句麗語」であるとしている[33][39]。Unger (2013)[40] によって想定された日本周辺の語族分布の変遷

伊藤英人は半島日本語（大陸倭語）を高句麗語とした上で、日本語と半島日本語は同じ祖語から分かれた同系統の言語であり、半島日本語集団から分かれた集団が紀元前900年から紀元700年にかけて水田農耕を携え日本列島に渡来したと考えた[35][注釈 13]。

なお、伊藤英人は半島日本語が京阪式アクセントと類似していることを指摘している[35]。詳細は「半島日本語」、「?貊語」、および「日本語の起源#故地（起源地）に関する議論」を参照
中国語との関係

中国語との関係に関しては、日本語は中国の漢字を借用語として広範囲に取り入れており、語彙のうち漢字を用いたものに関して、影響を受けている。だが語順も文法も音韻も大きく異なるので、系統論的には別系統の言語とされる。詳細は「日本語の起源#中国語同系説」を参照
アイヌ語との関係

アイヌ語は、語順（SOV語順）において日本語と似る。ただし、文法・形態は類型論的に異なる抱合語に属し、音韻構造も有声・無声の区別がなく閉音節が多いなどの相違がある。基礎語彙の類似に関する指摘[47]もあるが、例は不充分である[47]。一般に似ているとされる語の中には、日本語からアイヌ語への借用語が多く含まれるとみられる[48]。詳細は「日本語の起源#アイヌ語起源説」および「アイヌ語#他の言語との近縁関係」を参照
その他

南方系のオーストロネシア語族とは、音韻体系や語彙に関する類似も指摘されているが、これは偶然一致したものであり、互いに関係があるという根拠はない[49][注釈 14]。詳細は「日本語の起源#オーストロネシア語族説」を参照

ドラヴィダ語族との関係を主張する説もあるが、これを認める研究者は少ない。