『バレト写本』には、福音書の様々な抜粋が含まれており、その分量は福音書全体のおよそ3分の1に及ぶ[13]（訳例は#マタイ福音書の比較参照）。ほか、カテキズムをまとめた『どちりなきりしたん』なども刊行された。しかし、日本におけるキリスト教は、前述のイエズス会訳新約聖書の出版がなされた頃から厳しく禁止された。1630年（寛永7年）にはキリスト教関係の書物輸入が禁じられ、少なくとも表面上キリスト教文献は消えた[14]。もっとも、漢籍やオランダ書のキリスト教文献が小規模ながらも密輸されており、聖書に関する知識は細々と日本に入っていた[15]。また当時、ヨーロッパ由来の歴史書には世界の起源を聖書に依拠している例も少なからずあり、その影響を強く受けた山村昌永の西洋史叙述は幕末までの西洋史書の土台となった[16]。のみならず、蘭学者にはキリスト教に理解を示していた例が見られ[17]、中には、平戸藩領主・松浦静山のように、聖書の注解書（現存分だけで14巻）を手に入れて密かに蘭学者に翻訳させていた例もある[18]。また、復古神道の大成者である平田篤胤が著した『本教外篇』の中には、山上の垂訓そっくりの記述が現れる。これは、漢籍のキリスト教文献からの剽窃であることが実証されている[19]。

平田篤胤『本教外篇』[20]義の為にして。窘難を被るものは。すなはち真福（にて）その己に天国を得て処死せざると為るなり。
山上の垂訓（文語訳マタイ伝）[21]幸福なるかな、義のために責められたる者。天國はその人のものなり。（マタイ5:10）

なお、篤胤は国生みの神話をアダムとエバに対比させることもしている[22]。
プロテスタントによる聖書和訳
ギュツラフ及び初期の翻訳

19世紀になると、中国や日本の開国とキリスト教解禁を睨んで、プロテスタント宣教師たちが日本国外で聖書の漢訳・和訳事業を進めた。たとえば、カール・ギュツラフ（Karl Friedrich Augustus Gutzlaff, LMS）は、マカオで漢訳『神天聖書（中国語版）』などを参照しながら日本人漂流民音吉らの協力を得て『ヨハネによる福音書』を翻訳し、『約翰福音之伝』（1837年、約翰はヨハネの音訳）として、アメリカ聖書協会の経済的支援によりシンガポールのアメリカン・ボード出版局堅夏書院より出版した[23]。このギュツラフ訳が実質的に最古の日本語訳聖書と位置づけられることもしばしばである[24][25][26]。