促音 /Q/ の子音は後にくる子音によって変わってくる。

破裂音の前ではその破裂音の内破音である。

/p/ の前では [p?] になる。

例 葉っぱ [hap?pa]


/t/ の前では [t?] になる。

例 打った [ut?ta]


/k/ の前では [k?] になる。

例 作家 [sak?ka]



破擦音の前では内破音の[t]になる。

例 一致　[it?t?i]

例 ブリッジ [bu?it?d?i]

例 グッズ [gut?dzu]

例 三つ [mit?tsu]


摩擦音の前ではその摩擦音を伸ばす。

例 あっさり [assa??i]

例 一緒 [i??o]

例 バッハ [bahha]

例 ビュッフェ [bju??e]

例 ワッフル [wa??u?u]


語末では声門閉鎖音 [?] になる。

例 あっ [a?]


子音の音韻的解釈上の議論
/'/

服部四郎は、母音ではじまる音節（ア行・ヤ行・ワ行）の前に子音 /'/ があると考え[15]、これによっていくつかの音声的事実を説明できるとする。この音素を立てた場合、日本語のすべての音節は子音で始まることになる。柴谷方良は /'/ の存在を疑っている[16]。
/?/

服部四郎は、/?/ を /?/ とは別の音素とする。

/oo?arasu/ （大鴉）と /oogarasu/ （大ガラス）のような最小対がある。[17]

語頭でも /?a/ 「が、（しかし……）」のように言うことがある。

ということを根拠とする。しかし、多くの学者はこれに反対している[18]。
/c/

「チ・ツ」の子音が「タ・テ・ト」の子音と音韻的に同じかどうかについては議論がある。服部四郎は /t/ が /j/ /i/ /u/ の前だけで破擦音になる理由がないとして、/t/ とは別に /c/ を立てる[19]。しかし /c/ を認めず、「チ・ツ」を /ti/・/tu/ とする解釈もある[20]。

前者の解釈では /ti/・/tu/ および /di/・/du/ は空き間（あきま）になっている（理論的には存在するが歴史的理由でその音をもつ語が存在しない）と解釈する。後者の解釈では /di/・/du/ は /zi/・/zu/ と中和していると考えることになる。
/Q/

服部四郎は促音を音素 /Q/ とする。たとえば「あった」は /aQta/ になる。これを /atta/ と解釈することも可能である。
/R/

金田一春彦は長音のために長音素を立てる[21]。服部四郎は音声的実体がないとしてこれに反対するが[22]、柴谷方良は金田一春彦に賛成する[23]。
アクセント詳細は「アクセント#日本語のアクセント」および「日本語の方言のアクセント」を参照

日本語東京方言は高低アクセントを持つ。すなわち、一語のうちの最後に高くなるモーラが語によって決まっている。服部四郎の用語ではこれをアクセント核と呼ぶ。金田一春彦は低くなるモーラの前にアクセントの滝があると考える（ダウンステップを参照）。

各モーラの高さはアクセント核から予測可能である。アクセント核が第2モーラ以降にあれば第1モーラは通常低い。第2モーラからアクセント核のあるモーラまでは高く、それ以降は低い。アクセント核のない、いわゆる平板調の語もある。
連音

現代日本語の連音現象としては、連濁が代表的である。ほかに連声・音挿入・音便などがあるが、生産的ではない。