男女各総合得点1位の大学が選手権獲得校となる。
歴代選手権獲得校開催地男子女子
1東京・調布プール明治大学未開催
2東京・調布プール早稲田大学未開催
3東京・芝プール早稲田大学未開催
4東京・芝プール早稲田大学未開催
5東京・芝プール早稲田大学未開催
6東京・芝プール早稲田大学未開催
7東京・芝プール早稲田大学未開催
8東京・玉川プール明治大学未開催
9東京・神宮プール早稲田大学未開催
10東京・神宮プール早稲田大学未開催
11東京・神宮プール早稲田大学未開催
12東京・神宮プール早稲田大学未開催
13東京・神宮プール早稲田大学未開催
14東京・神宮プール早稲田大学未開催
15東京・神宮プール日本大学未開催
16東京・神宮プール早稲田大学未開催
17東京・神宮プール慶應義塾大学未開催
18東京・神宮プール日本大学未開催
19東京・神宮プール早稲田大学未開催
20東京・神宮プール早稲田大学未開催
21東京・神宮プール早稲田大学未開催
22東京・日本大学プール早稲田大学未開催
23東京・神宮プール日本大学未開催
24兵庫・甲子園プール日本大学未開催
25東京・神宮プール日本大学未開催
26東京・神宮プール日本大学未開催
27東京・神宮プール早稲田大学未開催
28東京・神宮プール早稲田大学未開催
29東京・神宮プール早稲田大学未開催
30東京・神宮プール早稲田大学未開催
31東京・神宮プール早稲田大学未開催
32東京・神宮プール日本大学未開催
33東京・神宮プール日本大学未開催
34東京・神宮プール日本大学未開催
35東京・神宮プール日本大学未開催
36東京・神宮プール日本大学未開催
37東京・神宮プール早稲田大学未開催
38東京・神宮プール早稲田大学未開催
39東京・神宮プール早稲田大学未開催
40東京・神宮プール早稲田大学未開催
41東京・神宮プール早稲田大学未開催
42東京・神宮プール早稲田大学日本大学
43東京・代々木オリンピックプール日本大学日本大学
44東京・代々木オリンピックプール日本大学日本体育大学
45東京・代々木オリンピックプール日本大学未開催
46東京・代々木オリンピックプール日本大学日本体育大学
47東京・代々木オリンピックプール日本大学学習院大学
78東京・代々木オリンピックプール日本大学日本体育大学
49東京・代々木オリンピックプール日本大学東京女子体育大学
50東京・代々木オリンピックプール日本大学天理大学
51東京・神宮プール日本大学日本体育大学
52東京・神宮プール日本大学天理大学
53東京・神宮プール法政大学日本体育大学
54大阪・大阪プール日本大学日本体育大学
55東京・神宮プール法政大学日本体育大学
56東京・神宮プール日本大学天理大学
57東京・神宮プール日本大学筑波大学
58愛知・瑞穂プール日本大学筑波大学
59東京・神宮プール日本大学天理大学
第60回(1984)神戸・ポートピア日本大学天理大学
第61回(1985)東京・神宮プール日本大学天理大学
第62回(1986)東京・神宮プール日本大学日本体育大学
第63回(1987)東京・神宮プール日本大学専修大学
第64回(1988)埼玉・大宮公園日本大学日本体育大学
第65回(1989)福岡・福岡県立早稲田大学日本体育大学
第66回(1990)神奈川・野毛山早稲田大学専修大学
第67回(1991)東京・神宮プール日本大学青山学院大学
第68回(1992)茨城・水戸早稲田大学青山学院大学
第69回(1993)愛知・名古屋日本大学青山学院大学
第70回(1994)福岡・県立総合プール中央大学筑波大学
第71回(1995)東京・東京辰巳国際水泳場中央大学専修大学
第72回(1996)千葉・千葉県国際総合水泳場中央大学筑波大学
第73回(1997)広島・広島ビッグウェーブ中央大学筑波大学