この合併により、国内航空会社は日本航空、全日本空輸、東亜国内航空の三大航空会社体制となった。五島の半ば強引な画策は運輸省の不興を買うところとなり、のちの東亜国内航空の経営に影響を及ぼすことになる。1972年にはこの3社に対して運輸省より事業（路線）割り当て（いわゆる45/47体制）が行われ、東亜国内航空には国内準幹線とローカル線の運航が主に割り当てられることになった。
東亜国内航空は日本エアシステム（JAS）、日本航空ジャパンと改称ののち、2006年10月1日をもって日本航空インターナショナル（現：日本航空）と合併し、これにより日本国内航空の法人格は消滅した。
世界初のYS-11就航日本国内航空のYS-11
戦後初の国産民間旅客機であるYS-11は、1965年（昭和40年）4月に東亜航空に引き渡された量産型2号機が初の納入機であったが、当機を定期航空路で初めて就航させたのは日本国内航空であった。同4月の東京（羽田） - 徳島 - 高知線で運用を開始したYS-11であったが、メーカーの技術不足による機材トラブルが相次ぎ、日本国内航空の経営をひっ迫する一因となった。
→YS-11も参照。
日本航空羽田空港墜落事故日本航空による運航中に墜落したコンベア880（JA8030）
日本国内航空は幹線用として当時最大級の大型ジェット機コンベア880（コンベア880-22M、機体記号JA8030）を「銀座」号として導入したが、経営悪化にともない路線ごと日本航空へリースした。そして1966年8月26日訓練飛行中、羽田空港を離陸直後に墜落、乗員5人が死亡した（日本航空羽田空港墜落事故）。機体塗装や尾翼のマークは日本国内航空のままであった。事故後、当機の補償として日本航空からボーイング727「ふじ」号（JA8318、日本航空時代は「たま」号）が無償譲渡された。なおこのJA8318も後に機体番号G-BDANとして英国の航空会社、ダン・エアに売却され、カナリア諸島のテネリフェ・ノルテ空港で墜落している（ダン・エア1008便墜落事故）。
→日本航空羽田空港墜落事故も参照 富士航空・日東航空・北日本航空の3社から機材を引き継いだ小型機と、幹線参入の方針で導入したコンベア880やボーイング727を所有していた。
使用機材（回転翼機除く）
パイパーPA-18カブ
パイパーPA-23アパッチ
グラマンG44スーパーウィジョン
ダグラスDC-3A
ノール262A-14
コンベアCV-240
デハビランドDHC-2ビーバー
デハビランドDH114-1Bヘロン
デハビランドDH114タウロン
コンベア880-22M
ボーイング727-100
YS-11
セスナ170
セスナ170B
セスナ172B
セスナ172C
セスナ172D
セスナ175B
セスナ195
関連項目
東亜航空
日本エアシステム
日本航空 (持株会社)
日本航空
日本航空羽田空港墜落事故
YS-11
参考資料
YouTube『東急の空への夢・東急視点のJASの歴史』,akamomo,2019.9（https://www.youtube.com/watch?v=eWfU1Ivwar0）
脚注^ “第065回国会 運輸委員会 第14号
