一方、消費税増税を含む社会保障・税一体改革関連法案については条件付で容認する見解を示し、その成立に協力したとともに、自民党政権批判層がプライバシー侵害の恐れがあると反対しているマイナンバー制度の採用については最重要課題として容認している[8]。

国民体育大会については、「勝利至上主義で開催地自治体に過大な負担を強いる」として廃止を主張している。
歴代会長

任期は2年。

代名前出身労組期間
1山岸章情報通信産業労働組合連合会1989（第1回定期大会） ‐ 1995
2芦田甚之助ゼンセン同盟1995（第4回定期大会） ‐ 1997
3鷲尾悦也日本鉄鋼産業労働組合連合会1997（第5回定期大会） ‐ 2001
4笹森清全国電力関連産業労働組合総連合2001（第7回定期大会） ‐ 2005
5高木剛全国繊維化学食品流通サービス一般労働組合同盟2005（第9回定期大会） ‐ 2009
6古賀伸明全日本電機・電子・情報関連産業労働組合連合会2009（第11回定期大会） ‐ 2015
7神津里季生日本基幹産業労働組合連合会2015（第14回定期大会） ‐ 2021
8芳野友子JAM2021（第17回定期大会） ‐ 現職

定期大会
第9回定期大会 (2005年)

2005年10月6日、第9回定期大会で会長選挙があり、前会長が推すUIゼンセン同盟の高木剛と全国ユニオンの鴨桃代が争い、323対107、無効票42で高木が勝ち、新会長となった。ただし、組合員数がUIゼンセン同盟の約0.4％しかない全国ユニオンからの立候補で知名度も無く、労使協調路線を流用する経営側との対決路線の明示や労働者の基本権利を侵害すらする御用組合への批判など左派色の強い主張を唱えた鴨が高木の得票数の約3分の1となった投票結果は、その不意の立候補以上に波紋を広げた。これは、全国ユニオンへの加盟母体である非正規雇用労働者の待遇悪化、及びその多くが大規模組合に加盟する正社員（正規雇用）との「労働者格差」の存在を各労働組合が実感し、現場の声は連合に問題解決への対応を迫っているというメッセージとなった。高木は任期の2年の間に19％にまで低下している組織率を20％に向上させ、非正規雇用者への加盟働きかけを強化するとともに、格差社会是正の一つとしてパートタイム労働法の改正を運動方針の一つに掲げた。
第17回定期大会 (2021年)

2021年10月5日、開催予定の第17定期大会を前に連合の会長候補が期限の9月22日を過ぎても現れず、会長候補の届け出期限を9月30日まで延ばす対応をとった。これは連合の歴史で初である。この間、全国コミュニティ・ユニオン連合会の鈴木剛が立候補を検討することが報じられる[9]等のことがあったが、結局内部の調整の末、神津体制で連合副会長を務めたJAMの芳野友子が会長に昇格した。女性の連合会長は史上初である[注釈 5]。また日教組の清水秀行が事務局長に就任することが決まった。官公労系の労働組合出身者が事務局長に就任するのも初である。会長代行にはUAゼンセン会長の松浦昭彦と自治労の川本淳（留任）が就任することが決まった。支持政党だった民進党が、2017年に希望の党との合流騒動を経て立憲民主党と国民民主党に分裂し、今も加盟産別毎に支持政党が割れてしまっていることが、今回の人選が難航した背景にあるとみられる[10]。岸田内閣の松野博一官房長官は10月6日の記者会見で、芳野の会長就任について「ジェンダー平等等、多様性の推進などの取り組みを積極的に行われてきたとうかがっており、引き続き活躍されることを期待する」と話した[11]。
目指す政策

税と社会保障制度については、以下の提言を行っている[8]。

個人番号（マイナンバー）については、連合結成以来の最重要課題でありとして[12]、税の公平性（クロヨン解消）、ならびに給付付き税額控除の基本的インフラであると強く推進している[8]。

消費税については、全国民が広く負担する社会保障の基本的財源と位置づけており、段階的に引き上げるよう求めている[8]。また軽減税率は高所得者優遇であるとして一貫して反対しており、代わって給付付き税額控除の導入を求めている[13]。インボイス制度および益税の解消は、税の公平性確保のために着実に進めるよう求めている[8]。

社会保障財源については、世代間格差の不公平の是正が必要であるとして、労働者に負担が集中しないよう、積極的社会保障政策および全世代型社会保障を推進するよう求めている[8]。

「収入の壁」をつくりだしている配偶者控除は扶養控除に整理統合し、被用者保険は原則すべての雇用者に完全適用するよう求めている[8]。

国政・選挙との関わり
連合の会→民主改革連合

全民労協と全民労連（旧・連合）時代から、連合系労組幹部は、日本社会党と民社党の合同を念頭に、「社民勢力の結集」を唱え、その「接着剤」となることを標榜していた[14]。1989年に行われた第15回参議院議員通常選挙において、連合の会で11名の当選者を出し、労組間の路線対立を乗り越えた勢力結集に尽力する。しかし、1992年の第16回参議院議員通常選挙で連合の会公認候補は全員落選。連合の会は1993年には「民主改革連合」に改称し、細川内閣へ連立参加した。
自社連立時代

一方、伝統的に社会党を支持してきた旧総評系労組と民社党を支持してきた旧同盟系労組は、連合結成後もそれぞれ総評センターと友愛会議での政治活動を継続した。しかし、まず、1993年の第40回衆議院議員総選挙で社会党が大きく後退した。結果として非自民の細川内閣ができたものの、社会党の威信は大きく低下し、その後連立の組み換えで自民党と組むなどしてしばらく与党に居続けた。旧総評系労組も、自社連立に不満を抱えながらも、社会党への支援を継続した。

その一方、民社党は細川内閣・羽田内閣に参画した後、新生党や公明党などと合併して1994年末に新進党を結成、自社連立政権に対する野党第一党となり、友愛会議系は新進党支援を打ち出した。そのため、連合は政治的スタンスを巡り旧総評系と旧同盟系の間で分裂し、「股裂き」状態になったと評された[14][15]。1996年の第41回衆議院議員総選挙を前に、民主党が結成されると、旧総評系労組の多くは社民党（社会党が1996年1月に改称）から民主党へ軸足を移した[14]。