同年6月、日本会議は時局問題や政策課題を検討する「政策委員会」を組織内に設置[37]。大原康男、伊藤哲夫、百地章、高橋史朗らが同委員に就任し、大原が代表を務めた[47][48][49][50]。日本会議の事務局は椛島が会長として率いる日本青年協議会が実質的に担っている[51][52]。
1998年6月10日、会長の塚本が在任中に死去。会長職は以後2年間、空席のままだった[53]。
2000年4月4日、日本会議は新しい歴史教科書をつくる会と共同して、右派組織を結集し、「教科書改善連絡協議会」（略称：改善協）を設立。会長には三浦朱門、副会長には亀井正夫、石井公一郎が就任した。改善協は教育委員会や地方議会に圧力をかける運動の主要な担い手となった[54][55]。同年6月、日本商工会議所会頭の稲葉興作が2代会長に就任した。
2001年12月、元最高裁判所長官の三好達が3代会長に就任[53]。
2015年4月16日、「美しい日本の憲法をつくる国民の会」共同代表の田久保忠衛が4代会長に就任した[53]。三好は名誉会長となる。
2024年1月、田久保が会長在任のまま病没。以降、会長は空席になっている。 主な基本方針は下記のとおり[56][57][58][59]。 2001年11月3日、「『21世紀の日本と憲法』有識者懇談会」（民間憲法臨調）が設立された[70][71][37]。日本会議広報担当者は同団体について「行事開催の告知や行事の運営などに日本会議が協力している」と説明している[71]。 2005年5月1日発売の『正論』6月号に、副会長（当時）の小田村四郎は「日本を蝕む『憲法三原則』」と題する評論を寄稿。憲法改正の論議において「国民主権」「平和主義」「基本的人権の尊重」の三大原理[72]は考慮する必要がないと断じた[73][注 6]。 2014年10月1日、日本会議の主導の下、憲法改正を目指す団体「美しい日本の憲法をつくる国民の会」の設立総会が永田町の憲政記念館で開かれた。共同代表には日本会議会長の三好達、同代表委員の田久保忠衛、民間憲法臨調代表の櫻井よしこが就任した。事務局長には日本会議事務総長の椛島有三が就任した[74][75]。以後、「美しい日本の憲法をつくる国民の会」は日本会議のフロント組織として、改憲に向けた活動を行っている[66][76][77]。
基本方針
皇室
男系による皇位の安定的継承を目的とした皇室典範改正
皇室の地方行幸啓の際の奉迎活動
憲法
現行憲法にかわる、新憲法の制定[16][60][61][62]
日本会議広報部長の村主真人は、「政府に夫婦別姓を導入する動きがない今は、家族を憲法にどう位置づけるかが課題だ」と述べている[63]。
教育
学校教科書に於ける「自虐的」「反国家的」な記述の是正
「親学」に基づく親への再教育、いじめ撲滅等を目的に掲げる「家庭教育基本法」の制定
「特に行きすぎた権利偏重の教育」の是正
「わが国の歴史を悪しざまに断罪する自虐的な歴史教育」の是正
「ジェンダーフリー教育の横行」の是正
学校における国旗掲揚・国歌斉唱運動の推進
教育委員会制度の改革
「公共心」「愛国心」「豊かな情操」教育等を盛り込んだ「新教育基本法」の制定[注 3]
「国旗国歌法」の制定[注 4]
国防
海上保安庁法等の改正[注 5]
平時における自衛隊の領域警備に関する役割を定める法律の制定
自衛隊法の改正等による「有事法制」の整備
歴史認識
太平洋戦争は東アジアを解放するための戦争であり[64]、日本政府の謝罪外交は、日本国の歴史や戦没者を蔑ろにするものとして、国民から非難されている[16]。
「従軍慰安婦」は強制連行ではなく公娼制度であり、「南京大虐殺」も実在しない[64]。
靖国神社
内閣総理大臣の靖国神社公式参拝実現
靖国神社に代わる無宗教の「国立追悼施設」建設反対
前会長の田久保忠衛は、靖国参拝について、「中国・韓国等の諸外国の主張の通りA級戦犯を除外すれば、次はB、C、最後には靖国神社自体をなくしてしまえとなるのは目に見えている」とし、「外交の道具に使われているだけ」であるとしている[65]。
選択的夫婦別姓制度
選択的夫婦別姓制度の導入について、「家族の一体感が損なわれる」などとして強く反発し[66][67]、政府が法案を国会に提出しようとするたびに大規模な反対運動を行った[63]。
男女共同参画条例
男女共同参画条例に反対[68]。
「男らしさや女らしさを否定する」男女共同参画条例が制定されることで、「子供や家庭を巡る環境がますます悪化する」と主張する[69]。
日本の主権を侵害すると見做した動きへの反対運動
外国人地方参政権反対[67]
「人権機関設置法」反対
「自治基本条例」制定反対
活動
憲法改正