2001年11月3日、「『21世紀の日本と憲法』有識者懇談会」（民間憲法臨調）が設立された[70][71][37]。日本会議広報担当者は同団体について「行事開催の告知や行事の運営などに日本会議が協力している」と説明している[71]。
2005年5月1日発売の『正論』6月号に、副会長（当時）の小田村四郎は「日本を蝕む『憲法三原則』」と題する評論を寄稿。憲法改正の論議において「国民主権」「平和主義」「基本的人権の尊重」の三大原理[72]は考慮する必要がないと断じた[73][注 6]。
2014年10月1日、日本会議の主導の下、憲法改正を目指す団体「美しい日本の憲法をつくる国民の会」の設立総会が永田町の憲政記念館で開かれた。共同代表には日本会議会長の三好達、同代表委員の田久保忠衛、民間憲法臨調代表の櫻井よしこが就任した。事務局長には日本会議事務総長の椛島有三が就任した[74][75]。以後、「美しい日本の憲法をつくる国民の会」は日本会議のフロント組織として、改憲に向けた活動を行っている[66][76][77]。
2015年4月頃から、各地の神社において憲法改正を求める署名活動などを行う[78]。
2015年11月10日、美しい日本の憲法をつくる国民の会が開いた集会では、衛藤晟一、下村博文らが出席した他、安倍晋三のビデオメッセージが流された[66]。
2016年3月、日本会議は総会を開催。新憲法で、緊急事態条項の条文化を進める方針を確認し、さらに主要な改正テーマとして、前文、安全保障、家族、改正手続き、地方自治などを記載した[79]。
2017年5月3日、美しい日本の憲法をつくる国民の会と民間憲法臨調の共催による「第19回公開憲法フォーラム」が砂防会館別館で行われた。安倍首相はビデオメッセージを寄せ、自衛隊の憲法上の地位を明確に正当化する第3項を加えたいと語り、2020年の東京オリンピック開催までに改正憲法を施行したいと述べた[80][81]。
2022年5月3日、美しい日本の憲法をつくる国民の会と民間憲法臨調の共催による「第24回公開憲法フォーラム」が行われた。日本維新の会憲法改正調査会長の足立康史、国民民主党代表の玉木雄一郎らがスピーチをした[76]。
2023年11月27日、美しい日本の憲法をつくる国民の会は国会内で集会を開催。柴山昌彦、杉田水脈ら約20人の与野党議員が集まった。櫻井は「岸田さんは（改憲を）『必ずやる』と繰り返すが、このスケジュール感は何か」と不満を吐露し、岸田文雄首相を「責任を持つ政治家とは思えない」と公然と批判した[75]。
日本会議広島は、毎年8月6日に「ヒロシマの平和を疑う」「『ヒロシマ』の平和は本当か」などのタイトルで毎年講演会を開き、憲法9条などの改正を求める活動を行っている[82]。 2000年9月、日本会議は「新しい教育基本法を求める会」を設立。教育基本法改正を目指す運動を開始した。会長には西澤潤一が就任した。同団体は、愛国心や道徳教育の重視などを盛り込んだ要望書を森喜朗首相に提出した[83]。 2002年11月18日、日本会議の設立5周年大会が帝国ホテルで開催された際[84]。副会長の石井公一郎は「日本会議は、教育全般の刷新をはかるため、西澤潤一氏を会長とする『教育改革有識者懇談会』（民間教育臨調）を2003年1月26日に新たに組織する」と発表した[85]。 2003年1月26日、石井の発表どおり、「『日本の教育改革』有識者懇談会」（民間教育臨調）が設立される。会長には西澤潤一、副会長には石井公一郎、教育制度部会長には小林正、運営委員長には高橋史朗、研究委員には日本会議広報部長の村主真人が就いた[86][87]。
教育基本法改正