組織は都道府県を9区域にまとめ、県毎に県本部を置き、さらにその下に支部が置かれている。各都道府県本部には、専従で勤務する活動家が配置されている。月刊機関誌「日本の息吹」を「国民会議」から引継いで発行している。会員種類は、支援会員（月刊誌購読のみ）、正会員（年会費1万円）、維持会員（年会費3万円）、篤志会員（年会費10万円）、議員会員（年会費1万円）、女性会員（年会費5000円）などからなる[35]。

関連団体・友好団体として指摘されているものは下記のとおり[47][85][79][271][90][272][273][133]。

名称設立日
日本会議国会議員懇談会1997年5月29日
日本会議地方議員連盟2007年10月6日
「21世紀の日本と憲法」有識者懇談会（民間憲法臨調）2001年11月3日
「日本の教育改革」有識者懇談会（民間教育臨調）2003年1月26日
皇室の伝統を守る国民の会2006年3月30日
2012年5月30日
美しい日本の憲法をつくる国民の会2014年10月1日
明治の日推進協議会2011年10月1日
日本女性の会2001年9月
日本会議経済人同志会2004年4月

役員の兼職一覧

日本会議と関連団体の関係者の多くは役員などを兼職している[109][104][74][75][183][105]。

氏名日本会議民間憲法臨調皇室の伝統を守る国民の会美しい日本の憲法をつくる国民の会明治の日推進協議会
三好達日本会議会長会長共同代表
田久保忠衛日本会議会長代表委員代表発起人共同代表会長
櫻井よしこ代表代表発起人共同代表参与
椛島有三日本会議事務総長運営委員事務局長
百地章日本会議政策委員事務局長幹事長代表委員
打田文博日本会議代表委員事務総長事務総長
田中恆清日本会議副会長代表発起人代表発起人
千玄室日本会議代表委員代表委員代表発起人
長谷川三千子日本会議代表委員代表委員代表発起人代表発起人
村松英子日本会議代表委員代表発起人
小田村四郎日本会議副会長副会長
小堀桂一郎日本会議副会長代表委員代表発起人代表委員
石井公一郎日本会議副会長代表委員
中條高徳日本会議代表委員代表委員
板垣正日本会議代表委員参与
入江隆則日本会議代表委員代表委員
竹本忠雄日本会議代表委員代表委員