原田が取締役会長を退任してから半年後となる2015年10月26日に実施された「価格体系の刷新」により、地域別の価格制度は実質廃止となった[81][82]。
企業博物館形態
マクドナルドミュージアム

1997年（平成9年）7月から、マクドナルド創業25周年の事業一環としてオープン。「ハンバーガー誕生秘話」「マクドナルドはじめて物語」「マクドナルドこだわり物語」「マクドナルド創業者物語」の4つの物語からなる展示を行っていたが、2003年（平成15年）8月31日をもって閉館となった。
店舗形態
ミニマック（サテライト店舗）

マクドナルドの小型店舗のことで、独立した店舗ではなくデパートや量販店に小型スタンドの形式で設置されている。独立した店舗と比較すると、座席数が少なかったりメニューに一部制限があったりする。
遊具（プレイランド）併設型店舗

郊外に十分な敷地を有し、周辺人口構成における子供人口の割合の多い店舗でしばしば見られる。客の滞在時間が長くなり回転率は落ちる反面、リピート率は高くなる特徴を持つ。近年ではデジタル化が進み、デジタルプレイランドという特徴を持った店舗も登場している。
独自デザインの看板

一部店舗では公式のデザインをアレンジした独自デザインの看板を用いており、事例として2001年10月 - 2011年10月31日に存在した五反田西口店では、全国でも極めて珍しい「斜めM」サインの看板を掲げていた[119]。
マクドナルドダイニング

2003年（平成15年）4月から、既存の店舗のイメージを打ち破るため、内装・メニューともに高級感を強めた戦略店舗「マクドナルドダイニング」を渋谷、赤坂、池袋、目白の4店舗で展開し、好調であったが、米国本部からの世界統一キャンペーン戦略のあおりを食らい、同年9月7日で終了し、同年度中に通常の店舗に戻された[120]。
マックカフェ「McCafe by Barista」の店舗「McCafe by Barista」店舗で提供されるカフェラテ

カフェの形態をしており、オーストラリア、フランスなど世界30カ国以上で展開されている「マックカフェ」を日本でも新業態店として3度、メニューブランドとして1度、合計4度導入している。

1度目は新業態店として1998年（平成10年）12月[121]、既存店舗よりサラダ類・こだわりコーヒー・デザートメニュー（マフィン・ケーキなど）を強化したメニュー構成とし[122]、東京・恵比寿に1号店をオープンさせ、翌1999年（平成11年）12月に京都・四条河原町、千葉・船橋、神戸・三宮と立て続けに3店を新規出店したが[121]、その後中止された。

2度目も新業態店として2007年（平成19年）8月末に首都圏14店、関西1店の計15店舗が一斉オープンしたが、スターバックスやタリーズコーヒーなどカフェチェーンとの激しい競合に打ち勝てず、2008年（平成20年）5月より5店舗を閉鎖する等規模を縮小し[123][124][125]、2009年（平成21年）に中止された。

3度目は2009年（平成21年）11月3日、従来のような新業態店（店舗名）ではなく、一部店舗において新規のメニューの名称として提供開始された。具体的には、全ての店舗で提供されている「プレミアムローストコーヒー」に、「カフェラテ」「カプチーノ」「カフェモカ」「キャラメルラテ」を加えたものである。追加された4商品は「マックカフェ」専用のエスプレッソマシン導入店舗限定で販売される。開始当初は数量・期間限定無料の試飲キャンペーンが実施された[126][127]。コーヒーに関して同社は2008年（平成20年）2月から味・質に重点を置いた「プレミアムローストコーヒー」を全店舗で導入、一杯無料・半額などのキャンペーンを複数回実施して「安くて味の良いコーヒー」のイメージを定着させることに成功した。2008年（平成20年）11月から福岡県・佐賀県・熊本県荒尾市・大分県日田市・山口県下関市の一部店舗で試験先行販売され、2010年（平成22年）4月時点では12都県の一部店舗に正式導入され、現在では全国の店舗で展開されている（一部未導入の店舗もあり）。

2012年より再び「McCafe by Barista（マックカフェ バイ バリスタ）」として7月より一部店舗に専用コーナーとして展開している。こちらでは専門のクルーがバリスタとして注文を受けてから一杯ずつ作るほか、オリジナルのケーキやマフィンなどを販売している[128]。これらの店舗は都心部のみならず、地方のドライブスルー店舗でも展開しており、現在では130店舗以上が展開されている。2018年にカフェ店舗の拡大が発表されている。
セルフピックアップ方式

セルフピックアップ方式とは、過去実施されていた「ダイレクトオペレーション」（ストック方式、前述参照）とは異なり、客がハンバーガーやポテトなどを棚から取り出してトレーに乗せて最後に会計を行う、学生食堂や社員食堂などで見られる方法である。