東京、神奈川、京都、大阪といった都市部で値上げを行い、東北や中国地方の一部の県で値下げを行った。同年8月には四国でも値上げを行ったが、本州四国連絡道路の割高な通行料金など特殊事情が考えられる。全国一律の価格を原則とする日本の外食チェーンでは初の試みとなる[118][注 8]。同時に、同公式サイトからは価格情報が削除され、この店舗ではどの商品がいくらなのか、といった基本的な情報が得られない状態となっている。値上げした店舗数が値下げした店舗数を大きく上回っていて[注 9][120]、「地域別価格」は公式サイトにすら価格が掲載されていないため、値上げの方便ではないかという批判があるが[120]、これを報じたJ-CASTが取材を行ったところ、同社広報はこれを否定した[120]。地域別での価格差はその後行われた価格改定により、導入当初に比べ縮小している[注 10]。

原田が取締役会長を退任してから半年後となる2015年10月26日に実施された「価格体系の刷新」により、地域別の価格制度は実質廃止となった[81][82]。
企業博物館形態
マクドナルドミュージアム

1997年（平成9年）7月から、マクドナルド創業25周年の事業一環としてオープン。「ハンバーガー誕生秘話」「マクドナルドはじめて物語」「マクドナルドこだわり物語」「マクドナルド創業者物語」の4つの物語からなる展示を行っていたが、2003年（平成15年）8月31日をもって閉館となった。
店舗形態
ミニマック（サテライト店舗）

マクドナルドの小型店舗のことで、独立した店舗ではなくデパートや量販店に小型スタンドの形式で設置されている。独立した店舗と比較すると、座席数が少なかったりメニューに一部制限があったりする。
遊具（プレイランド）併設型店舗

郊外に十分な敷地を有し、周辺人口構成における子供人口の割合の多い店舗でしばしば見られる。客の滞在時間が長くなり回転率は落ちる反面、リピート率は高くなる特徴を持つ。近年ではデジタル化が進み、デジタルプレイランドという特徴を持った店舗も登場している。
独自デザインの看板

一部店舗では公式のデザインをアレンジした独自デザインの看板を用いており、事例として2001年10月 - 2011年10月31日に存在した五反田西口店では、全国でも極めて珍しい「斜めM」サインの看板を掲げていた[121]。
マクドナルドダイニング

2003年（平成15年）4月から、既存の店舗のイメージを打ち破るため、内装・メニューともに高級感を強めた戦略店舗「マクドナルドダイニング」を渋谷、赤坂、池袋、目白の4店舗で展開し、好調であったが、米国本部からの世界統一キャンペーン戦略のあおりを食らい、同年9月7日で終了し、同年度中に通常の店舗に戻された[122]。
マックカフェ「McCafe by Barista」の店舗「McCafe by Barista」店舗で提供されるカフェラテ

カフェの形態をしており、オーストラリア、フランスなど世界30カ国以上で展開されている「マックカフェ」を日本でも新業態店として3度、メニューブランドとして1度、合計4度導入している。

1度目は新業態店として1998年（平成10年）12月[123]、既存店舗よりサラダ類・こだわりコーヒー・デザートメニュー（マフィン・ケーキなど）を強化したメニュー構成とし[124]、東京・恵比寿に1号店をオープンさせ、翌1999年（平成11年）12月に京都・四条河原町、千葉・船橋、神戸・三宮と立て続けに3店を新規出店したが[123]、その後中止された。

2度目も新業態店として2007年（平成19年）8月末に首都圏14店、関西1店の計15店舗が一斉オープンしたが、スターバックスやタリーズコーヒーなどカフェチェーンとの激しい競合に打ち勝てず、2008年（平成20年）5月より5店舗を閉鎖する等規模を縮小し[125][126][127]、2009年（平成21年）に中止された。