運営費の主要財源は、協会会員の年会費であるが[1]、第1回は大赤字でその後も赤字が続いた[20]。実際に会員の年会費で概ね賄えるようになったのは会員数が約5,000名になった第15回辺りからで[20]、東京開催なら開催費用は1億円前後といわれるため[20]、2019年の会員数約4,000名だと年会費2万円だけでは授賞式にかかる費用だけでも賄えないことになる。京都で初開催となったこの第15回では、京都府と京都市で計2,000万円の協力があり[20]、京都に縁の深い東映と松竹、及び電通で京都財界に掛け合い、月桂冠、ワコール、オムロンなどから約6,000万円を集め[20]、関連イベントとして併催した京都映画まつりと合わせ総額2億5,000万円の費用がかかった[20]。@media screen{.mw-parser-output .fix-domain{border-bottom:dashed 1px}}同趣旨の映画賞に、英国アカデミー賞がある。フランスのセザール賞もアカデミー賞を参考に創設されたものだが、暖簾分けの形式は採っていない。[要出典]2020年今日の運営費は、授賞式入場料が一番大きく、その他、会員の会費、賛助法人の会費、協賛企業、テレビ、ラジオの放映料という[12]。
批判と反論

日本アカデミー賞はプライムタイムに地上波のキー局で授賞式の生放送が行われる唯一の映画賞で、映画を詳しく知らないがテレビ番組を観る一般人に人気がある反面、映画ファンからは「大手映画配給会社の作品が優遇されているのではないか？」「芸術性や作家性の高い映画より、話題性や著名俳優出演作が選ばれる傾向にあり、映画賞としての価値が低い」といった批判が行われている[25][26]。しかし、日本アカデミー賞協会は「会員相互の親睦」，「海外映画人との交流」，「映画界の振興」を目的として設立されており、投票権を持つ会員も日本アカデミー賞について「商業ベースを意識した万人受けする作品を選ぶ賞」との理解を示していることから、日本アカデミー賞は国内映画業界をビジネスとして「盛り上げる」ために開催されており、先鋭的な芸術性を称えた野心作や、才能ある作り手をいち早く発掘する比重はそれほど高くないとの推察がある[27]。