主催は、全国大会は日本高等学校野球連盟（高野連）と新聞社（春の選抜高等学校野球大会は毎日新聞社、夏の全国高等学校野球選手権大会は朝日新聞社）が行っている。
2010年より選抜の後援に朝日新聞社が、選手権（全国大会のみ）の後援に毎日新聞社が、完成以来両大会の会場を提供してきた阪神甲子園球場が「特別協力」として加わる[6][7][8]。また軟式選手権に関しては朝日・毎日両新聞社に加え全日本軟式野球連盟も後援する。
この他、地方大会は各都道府県高等学校野球連盟など（夏の全国選手権出場校を決めるための地方大会は朝日新聞社も）が主催する。
明治神宮野球大会高校の部は日本学生野球協会、明治神宮の主催であり高野連は直接関与していない。このため運営ルールは大学の部に準じており、コールドゲーム規定や応援ルールなども高野連主催の大会とは異なっている。 春の選抜高校野球、夏の全国高校野球共にNHK地上波テレビ放送、及びNHKラジオ第1で全国中継がされる（国会中継などの特別編成により別媒体での放送あり）。このうちNHK地上波テレビ放送は時間帯によってNHK総合とNHK Eテレのリレーで放送される。原則として、午後0時台（土曜日は大河ドラマ再放送の関係で午後1時台も）は定時番組の視聴者確保のため、午後6時台は夕方の定時ニュース放送のためEテレにリレーする（国会等特殊番組のために本来総合で流すべき時間帯にEテレへ臨時移動する場合もある。選抜期間中は、大相撲春場所のため、幕内の時間に合わせてEテレヘリレーする。後述）。 リレー中継のきっかけとして、1974年（昭和49年）に開催された第56回全国高校野球選手権大会「鹿児島実業対東海大相模」の準々決勝の試合が延長戦にもつれ、午後7時以後定時番組を放送する都合で総合テレビでの放送を打ち切ることになってしまい（ラジオ第1は定時ニュースを休止して中継を続けた）、視聴者からNHK鹿児島放送局に抗議の電話が相次いでしまい、急遽7時のニュースを終えた同7:20から、NHK大阪放送局から裏送りをしてもらう形で、鹿児島向けの中継のみを行った[9]。これがきっかけで、あくる1975年の第47回選抜高校野球選手権大会以後、総合-教育（Eテレ）の相互リレーを行うことになった。 その他、毎日放送/毎日新聞社系列のGAORAでも全試合を全国に中継し[注 3]、決勝は近畿ローカル（決勝進出校の地元局がネットする場合あり）でMBSテレビでも生中継されている（2002年までは全日程を放送していたが、後述の夏の大会とは違い、近畿地区の各独立テレビ局（非ネット）とのリレー中継は実施していない[注 4]）。 また、夏の全国高校野球は近畿地区では全国高校野球選手権大会中継として朝日放送テレビ（ABC）でも中継される。これは夏の全国高校野球が朝日新聞社主催のためである。なお昼の一部の時間帯は近畿地区の各独立テレビ局とのリレー中継となる。BSではBS朝日4Kで、CSはスカイAで朝日放送テレビ制作の中継がノーカットで放送される（スカイAは当日ディレイ放送）。また朝日放送のホームページでインターネット配信によるライブ映像が無償で視聴できる。決勝戦と表彰式（閉会式）はテレビ朝日系列全局で放送されていたが、2015年の大会より同試合の地上波放送がネットワークセールス枠からローカルセールス枠へと変更されたことに伴い、同年はテレビ朝日のみ中継がされず、翌年以降は一部の系列局と衛星放送での放送となっている（BSは2021年まではBS朝日でも放送されていたが、2022年からはBS朝日4Kのみでの放送になった[10]）。 2010年夏の大会まではNHK衛星第2放送（1984年-1986年は衛星第1放送）でも放送された。
中継