2014年（平成16年）3月31日に国際司法裁判所（ICJ）は、南極海における日本の調査捕鯨計画JARPA IIについて、現状の調査方法は事実上の商業捕鯨であり調査捕鯨とは認められないとする判決を下した（南極海捕鯨事件）[40]。これを受けて日本政府は、南極海については2014年度は目視調査のみにとどめ、2015年度から捕獲枠をクロミンククジラのみの333頭に減らして非致死的調査の可能性を探る新たな新南極海鯨類科学調査計画（NEWREP-A）に基づく調査捕鯨を再開し[41]、同年度と2016年度はそれぞれ捕獲枠いっぱいの333頭を捕獲した[42][43]。
北西太平洋での調査捕鯨

北西太平洋においても調査捕鯨が行われており、1994年度から1999年度まで第一期北西太平洋鯨類捕獲調査（JARPN I）が行われ毎年100頭のミンククジラの捕獲枠が設定され、ほぼ毎年捕獲枠上限まで捕獲された[35]。2000年度からは第二期北西太平洋鯨類捕獲調査（JARPN II）が開始され、新たにニタリクジラ毎年50頭、イワシクジラ毎年100頭、マッコウクジラ毎年10頭の捕獲枠が設定された[35]。また北西太平洋においては小型捕鯨船によるミンククジラの沿岸調査も開始され、これを含めると北西太平洋におけるミンククジラの捕獲枠は毎年220頭（北西太平洋沖合い100頭、同沿岸120頭）、全種総計の捕獲枠は380頭（ミンク220、イワシ100、ニタリ50、マッコウ10）となった。JARPN IIの捕獲実績についてはニタリクジラとイワシクジラは毎年枠上限まで捕獲できるが、ミンククジラとマッコウクジラは捕獲枠数割れが続いた[35]。2013年度の北西太平洋沖合いにおける実績はミンククジラ3頭、イワシクジラ100頭、ニタリクジラ28頭、マッコウクジラ1頭[44]、沿岸におけるミンククジラは92頭であった[45]。南極海調査捕鯨に関するICJの判決を受けて北西太平洋においても捕獲枠を減少させることとし、2014年度以降の北西太平洋の捕獲枠は、沖合いのミンククジラとマッコウクジラを削除した上で総計380頭から約217頭（沿岸ミンク51頭×2回=102頭、イワシ90頭、ニタリ25頭）に変更された。以降の捕獲量はミンククジラが2014年度81頭、2015年度70頭、2016年度37頭、イワシクジラとニタリクジラが捕獲枠上限の毎年度90頭と25頭であった[45][46][47][48]。日本政府は2017年6月に国際捕鯨委員会科学委員会に新北西太平洋鯨類科学調査計画（NEWREP-NP) の最終案を提出した。新たな捕獲枠はミンククジラ網走沿岸47頭、同太平洋沿岸80頭、同沖合43頭、イワシクジラ沖合134頭の計304頭であった[49]。
鯨肉の利用

捕獲調査の副産物は有効利用が条約で義務付けられており、政府の適切な管理のもと、副産物として生じた鯨肉は一般販売のほか学校給食などの公益事業に供され、その収入は調査捕鯨の費用に充てられる。調査捕鯨については「調査」の名を借りた事実上の商業捕鯨ではないかとの批判もあるが、日本国政府や日本捕鯨協会は「調査した後の鯨体は、（可能な限り）完全に利用することが条約で定められている」などの説明を行っている[50]。（副産物の詳細については鯨肉#鯨肉の流通参照）[注 11]
大型鯨類の商業捕鯨の再開捕鯨継続の是非についての論争については「捕鯨問題」を参照

捕鯨国と反捕鯨国の対立が先鋭化しIWC管轄の大型鯨類の商業捕鯨の再開の見込みはないと判断した日本政府は、2018年（平成30年）12月26日にIWCからの脱退を発表し[52]、離脱の効力が発生した2019年（令和元年）6月30日にIWCを脱退した[53]。これによりIWCの捕獲制限を受けなくなるため、同年7月1日から日本の領海とEEZ内に限定して大型鯨類の商業捕鯨を再開した[53]。

捕獲枠は100年間商業捕鯨を継続しても鯨の資源量に影響を与えない保守的な捕獲数として、2019年7月から12月末までの半年で、ミンククジラ52頭、ニタリクジラ150頭、イワシクジラ25頭の計227頭、2020年（令和2年）以降は年間でミンククジラ171頭、ニタリクジラ187頭、イワシクジラ25頭の計383頭の捕獲枠が設定された[54]。

商業捕鯨の再開以降も、日本共同捕鯨から捕鯨母船とキャッチャーボートを継承した共同船舶[55]が世界で唯一、母船式捕鯨による大型鯨類の商業捕鯨を行っている[56][57]。唯一保有する捕鯨母船は、2023年（令和5年）に日新丸が引退した[58][59]一方で、約70年ぶりの新造船である関鯨丸が進水した[60]。
小型鯨類の沿岸商業捕鯨

イルカ漁を含む小型鯨類の捕鯨はIWC管轄外のため、調査捕鯨時代にも商業捕鯨が継続されている。日本の沿岸域における捕鯨では、農林水産大臣が認可する「小型捕鯨業」と、都道府県知事が認可する「イルカ漁業」が設定され、さらに後者は捕獲方法で「突きん棒漁業」と「追い込み漁業」（後述）に細分され、それぞれに捕獲枠の設定が行われ捕鯨（イルカ漁）が許可されている。