1858年（安政5年）、幕府目付岩瀬忠震と下田奉行井上清直は、日章旗を掲げて神奈川沖に停泊中のポーハタン号に渡り、孝明天皇の勅許を得ないまま、日米修好通商条約に調印・署名した。
翌1859年（安政6年）、幕府は縦長の幟（正確には四半旗）から横長の旗に代えて日章旗を「御国総標」にするという触れ書きを出した。日章旗が事実上「国旗」としての地位を確立したのはこれが最初である。
1860年（万延元年）、日米修好通商条約の批准書交換のため、外国奉行新見豊前守正興を正使とする幕府使節団がアメリカ合衆国に派遣され、アメリカ軍艦ポーハタン号と日章旗を掲げた咸臨丸に分乗して太平洋を横断した。使節団はサンフランシスコに到着後、更に陸路・海路を経由して首都ワシントンD.C.に到着し、当時のアメリカ合衆国大統領ジェームズ・ブキャナンに謁見して批准 書の交換 を終えた。その後、使節団一行はニューヨークを訪問するが、日章旗と星条旗が掲げられたブロードウェイをパレードする模様が伝えられている[20]。これが国旗として日本国外で初めて掲げられた日章旗とされる。
こうして、「日本国惣船印」は国旗とほぼ同様な使い方をされることになり、次第に「国印」（1863年（文久3年））と呼び方が変わっていった[21]。
賊軍の旗日の丸を掲げる幕府陸軍の部隊（1864年）
幕府海軍に続き、1862年（文久2年）に創設された幕府陸軍も軍旗に日の丸を採用したことが、2年後の第二次長州征伐頃の幕府陸軍を描いた1864年10月8日付の英週刊新聞『イラストレイテド・ロンドン・ニュース』の挿絵より窺える。以降も幕府陸軍は日の丸を軍旗として使用していた[22]。
戊辰戦争においては、鳥羽・伏見の戦いの2日目の慶応4年1月4日に、薩長同盟に基づく薩摩藩と長州藩を中心とする軍勢が朝廷から「錦の御旗」を授けられて正式に官軍（天皇・皇室、朝廷の軍）になったのに対し[注 3]、それ以降の旧江戸幕府軍は賊軍・朝敵となり、戦局に決定的な影響を与えた。旧幕府方の彰義隊、会津藩（白虎隊など）、奥羽越列藩同盟の一部などは、自分たちの共通の旗として上述の「御国総標」たる日章旗を掲げて戦った[23]。
明治・大正から昭和初期・終戦まで松島での帝国検査中の進展。歌川広重 (3代目)（1876年）武内桂舟画 「東天紅」、1909年
明治維新により国家体制が一新した日本だが、国旗の変更は行われずそのまま使用が継続された。
商船規則（明治3年太政官布告第57号）に「御國旗」として規定され、上述の幕府による「御国総標」を継承して日本船の目印として採用された。規格は現行とは若干異なり、縦横比は7対10、日章は旗の中心から旗竿側に横の長さの100分の1ずれた位置とされていた。この日を記念して国旗協会は国旗制定記念日を制定し、国旗掲揚の日としている。
陸軍御国旗陸軍御国旗の意匠
日本陸軍において、1870年6月13日（明治3年5月15日）制定の陸軍国旗章並諸旗章及兵部省幕提灯ノ印ヲ定ム（明治3年太政官布告第355号）に「陸軍御国旗（陸軍御國旗）」として旭日旗が定められた。 日本海軍については、1870年10月27日（明治3年10月3日）制定の太政官布告「海軍御旗章国旗章並諸旗章ヲ定ム」（明治3年太政官布告第651号）において、各種の旗章の一つとして艦尾に掲揚する海軍御国旗として白布紅日章が定められ、幕末から使用されていた日の丸が引き続き使用された。規格は現行と同じく、縦横比は2対3、日章は旗の中心とされていた。また、幕末には「国印」と呼ばれるようになっていた日の丸は、同布告のとおり、国際法にもとづいて「国旗」と呼ばれるようになった[13]。
海軍御国旗
