1996年(平成8年)、日本のインディペンデント映画の先駆者である新藤監督の業績を讃え、独立プロ58社によって組織される日本映画製作者協会に所属する現役プロデューサーのみがその年度で最も優れた新人監督を選ぶ新藤兼人賞を新たに創設した。
2010年(平成22年)の時点で日本最高齢の現役映画監督であり、世界でもマノエル・ド・オリヴェイラに次ぐ位置にあったが、同年の第23回東京国際映画祭表彰式で『一枚のハガキ』を監督引退作とすることを公表したが、求められればまだ撮りたい気持ちも表していた。晩年は、高齢で移動に車いすが欠かせなくなっていた。
2012年(平成24年)2月14日に東京都内で行われた第54回ブルーリボン賞の授賞式では新人賞を受賞した当時7歳の芦田愛菜との「92歳差のツーショット」で沸かせた[22]。2ヵ月後の4月22日に、100歳を迎え、東京都内で誕生会が開かれ、集まった映画人を前に「これが最後の言葉です。どうもありがとう。さようなら」と挨拶した[23]。 2012年(平成24年)5月29日、老衰のため東京都港区の自宅で亡くなった[7][24][25]。満100歳没(享年101)。葬儀・告別式は2012年6月3日、多くの映画関係者や俳優などが参列する中、増上寺光摂殿で執り行われた[26]。墓所は妙心寺衡梅院にあるが、遺骨の半分は鎌倉霊園に埋葬された後、「裸の島」の舞台である三原市宿祢島に散骨された。 2012年6月26日、日本政府は新藤が数々の作品を世に送り出した功績を讃え、多年に亘る映画界への貢献を評価して死去日の5月29日をもって従三位に追叙する閣議決定を行った[27]。
死去
映画
監督作品
愛妻物語(1951年) - キネマ旬報ベストテン第10位
雪崩(1952年)
原爆の子(1952年) - カルロヴィ・ヴァリ国際映画祭グランプリ、エディンバラ国際映画祭脚本賞・名誉賞、英国アカデミー賞国連平和賞、メルボルン国際映画祭グランプリ、ポーランドジャーナリスト協会名誉賞、フランス映画愛好家連盟賞
縮図(1953年)原作:徳田秋声 - キネマ旬報ベストテン10位
女の一生(1953年)
どぶ(1954年)
狼(1955年)
銀心中(1956年)原作:田宮虎彦
流離の岸(1956年)
女優(1956年)
海の野郎ども(1957年) - 石原裕次郎主演作。船に乗ってやって来た外国人労働者との軋轢と交流を描く
悲しみは女だけに(1958年)
第五福竜丸(1959年) - キネマ旬報ベストテン8位
花嫁さんは世界一(1959年) - 東宝製作であり、フランキー堺、雪村いづみ主演により日系米国人青年の花嫁探しを描いた、新藤監督異色のロマンティック・コメディ
裸の島(1960年) - モスクワ国際映画祭グランプリ、メルボルン国際映画祭グランプリ、リスボン映画祭銀賞、ベルリン国際映画祭セルズニック銀賞、諸国友好のための親善映画祭グランプリ、マンハイム映画祭グランプリ、宗教と人間の価値映画祭国際ダグ・ハマーショルド賞、キネマ旬報ベストテン6位
人間(1962年)原作:野上弥生子 - 文部省芸術祭文部大臣賞
母(1963年) - 毎日芸術賞、キネマ旬報ベストテン8位
鬼婆(1964年)
悪党(1965年)原作:谷崎潤一郎 - キネマ旬報ベストテン9位
本能(1966年) - キネマ旬報ベストテン7位