新興キネマ現像部の東京移転に同行し美術部門に潜り込む。美術監督であり美術部長である水谷浩に師事。美術助手として美術デザインを担当した。仲間からは酷評されても、暇を見つけてシナリオを書き続け投稿し賞を得るが、映画化はされなかった。黒沢明や神代辰巳、脚本家の山田信夫らも「監督が脚本を待っていてどうする。待っていても来ないよ。自分で書くんだよ」との言葉を残している。家が近所だった落合吉人が監督に昇進し、脚本部に推薦され『南進女性』で脚本家デビュー。

1941年（昭和16年）、溝口健二監督の『元禄忠臣蔵』の建築監督として1年間京都興亜映画に出向。本作で原寸大の松の廊下を製作したのは新藤である。溝口は俳優から演技を聞かれても「反射してください」というばかりで何も俳優に教えないため、他の俳優・スタッフ同様に新藤も反発していた。しかし出来上がった作品を見ると感銘を受けた。伝手を頼り溝口の内弟子になることになり、シナリオを1本書いて溝口に提出するが、「これはシナリオではありません、ストーリーです」と酷評され、自殺を考える程の大きなショックを受ける。スクリプターをしていた内妻・久慈孝子の励ましで奮起し[10] 劇作集を読みあさり再出発を誓う。孝子とは1939年に結婚したとする資料もある[7]。

1942年（昭和17年）、情報局の国民映画脚本の公募に応募、佳作に終わる。当選は東宝の助監督・黒澤明の『静かなり』であった。翌年『強風』が当選。これを知った溝口から連絡があり生涯ただ1度だけ祇園で御馳走にあずかる。1944年（昭和19年）、所属していた興亜映画が松竹大船撮影所に吸収され東京本部へ移籍。
海軍召集

同1944年4月、脚本を1本も書かないうちに日本海軍に召集され二等水兵として呉鎮守府海兵団に入団[11]。新藤は「戦争に行けば死ぬに決まってる」「もうシナリオは書けないのか」と絶望した[11]。任務は新藤曰く“掃除部隊”で、最初は奈良天理教本部宿舎に海軍飛行予科練習生が配置されることになったため、次に兵庫宝塚歌劇団の宝塚大劇場や宝塚音楽学校に潜水艦乗りや航空隊（宝塚海軍航空隊）が配置されることになったため、そこを掃除するというものだった[11]。

既に32歳ながら年下の上等水兵の若者に扱き使われ、彼らの身の周りの世話をする。上官にはクズと呼ばれ、木の棒で気が遠くなる程叩かれ続けた。兵隊は叩けば叩くほど強くなると信じられていた時代だった。天理教本部を掃除した100名のうち大半が前線に送られ[11]、94人が戦死した。

この間、内妻の孝子は結核に罹るが、貧しさのためろくに栄養をつけることができず死去している[10]。

1945年（昭和20年）、宝塚海軍航空隊所属にて広島市への原子爆弾投下を知り、そして第二次世界大戦終戦を迎える。これらの事は、60年後に製作された『陸に上った軍艦』（山本保博監督）で描かれた[11]。

東京でのアパートは空襲により焼けていたため、一旦尾道の兄のところに身を寄せている[12]。看護婦をしていた姉は当時尾道へ移っていたため無事で、被爆時には広島で看護活動をしていた[12]。新藤自身も被爆後の広島に足を踏み入れている[12]。そして松竹大船撮影所に復帰するため上京することになる。
脚本家としてデビュー『アサヒグラフ』 1948年2月11日号より

宝塚歌劇団図書館にあった全ての「戯曲集」を読み終え松竹大船撮影所に復帰。1945年（昭和20年）秋書いた『待帆荘』がマキノ正博によって『待ちぼうけの女』（1946年）として映画化され1947年（昭和22年）のキネマ旬報ベストテン4位となり初めて実力が認められた[7]。溝口のために溝口の戦後第1作『女性の勝利』（1946年）と『わが恋は燃えぬ』（1949年）を書く。戦中に亡くなった内妻の孝子のために書いた『愛妻物語』のシナリオはこの頃に書いている[10]。

1946年（昭和21年）34歳のときに美代と結婚[7][10]。美代とは60歳（1972年）まで婚姻関係を続けている[10]。

1947年（昭和22年）に、吉村公三郎と組んで『安城家の舞踏会』を発表する。大ヒットしキネマ旬報ベストテン1位も獲得、シナリオライターとしての地位を固めた[7]。その後は吉村とのドル箱コンビで『わが生涯のかゞやける日』（1948年）などのヒット作を連発。木下惠介にも『結婚』、『お嬢さん乾杯!』を書く。

1949年（昭和24年）、『森の石松』の興行的失敗等で松竹首脳らが「新藤のシナリオは社会性が強くて暗い」とクレームをつけるに及び、自らの作家性を貫くため1950年（昭和25年）、松竹を退社して独立プロダクションの先駈けとなる近代映画協会を吉村、殿山泰司らと設立[7][10]。