10月31日、新島はコロラド号でサンフランシスコを出港し、太平洋を横断して翌月26日に横浜に帰着し、新島よりも一足先に日本で活動していたアメリカン・ボード宣教師ダニエル・クロスビー・グリーンの出迎えを受けた[6]。

その後故郷の上州安中に向かい、三週間滞在した。滞在中に、藩校・造士館と竜昌寺を会場にキリスト教を講演する。その集会で30人の求道者がでて、日曜ごとに聖書研究会が開かれた。明治11年（1878年）に30人が新島より洗礼を受け、安中教会（現、日本基督教団安中教会）を設立した。
同志社設立同志社英学校三十番教室（開校当初は正課で聖書を教えることは許されなかったため新島名義で豆腐屋の廃屋を購入し、課外授業の形で聖書の講義を行った）[7]新島襄旧邸・京都市上京区結婚間もない新島襄と八重1883年の第三回全国基督信徒大親睦会の幹部、新島は前から2列目の右から4人目、左隣は内村鑑三

明治8年（1875年）1月、新島は大阪で木戸孝允に会い、豪商磯野小右衛門から出資の約束を得て大阪での学校設立を目指したが、府知事渡辺昇のキリスト教反対のため断念し、木戸の勧めにより長州出身の槇村正直が府知事を務める京都を新たな候補地と定めた[8]。

明治8年（1875年）11月29日、かねてより親交の深かった公家華族の高松保実より屋敷（高松家別邸）の約半部を借り受けて校舎を確保し[注釈 2]、府知事・槇村正直、府顧問・山本覚馬の賛同を得て旧薩摩屋敷5800坪を譲り受け官許同志社英学校を開校し初代社長に就任する。開校時の教員は新島とジェローム・デイヴィスの2人、生徒は元良勇次郎、中島力造、上野栄三郎ら8人であった。

また、この時の縁で翌明治9年（1876年）1月3日、山本覚馬の妹・八重と結婚する。同年10月20日、金森通倫、横井時雄、小崎弘道、吉田作弥、海老名弾正、徳富蘇峰、不破惟次郎ら熊本バンドと呼ばれる青年達が同志社英学校に入学。

明治10年（1877年）には同志社女学校（のちの同志社女子大学）を設立。女学校スタイルはメアリー・リヨンが設立したマウント・ホリヨーク大学を模している。

明治13年（1880年）から大学設立の準備を始める。同年2月17日に快風丸での旧知を訪ねるため、かつての備中松山藩であった岡山県高梁町（現在の高梁市）へと赴き、滞在中に中川横太郎の勧めで伝道と文化改革を目的とした演説を行う[9]。この時の演説は、のちに備中松山の地で高梁基督教会堂の設立発起員の一人となり女子教育に注力する事になる、同地の婦人部会の代表であった福西志計子に深い影響を与えた。

明治16年(1883年)5月には東京に赴き、新栄教会で開催された第三回全国基督教信徒大親睦会に幹部として参加する。

明治17年（1884年）4月6日、2度目の海外渡航に出発する。ドイツでは訪問先のヨハネス・ヘッセの家で幼少の息子ヘルマン・ヘッセと会っている。同年8月6日にはスイスのサンゴタール峠で心臓発作を起こして倒れ、二通の遺書を記した[10]。明治18年（1885年）12月に帰国。

明治19年（1886年）9月には京都看病婦学校（同志社病院）がキリスト教精神における医療・保健・看護活動、キリスト教伝道の拠点として設置されその役割を担う。この看病婦学校・病院にて看護指導に当たる事となったのが、ナイチンゲールに師事しアメリカ最初の有資格看護婦でもあったリンダ・リチャーズである。

明治21年（1888年）、徳富蘇峰の協力により井上馨・大隈重信・土倉庄三郎・大倉喜八郎・岩崎弥之助・渋沢栄一・原六郎・益田孝等から寄付金の約束を取付ける。特に土倉は新島のよき理解者、協力者であり、新島も土倉を頼りとした。板垣退助と新島を取り結んだのも自由民権運動のパトロンでもあった土倉であろうと推測される[11]。

また明治21年（1888年）11月、徳富蘇峰は襄の求めに応じ「同志社大学設立の旨意」を添削し、自身の経営する民友社発行の『国民之友』をはじめ全国の主要な雑誌・新聞に掲載し、同志社大学設立に尽力した。