全国の保健所や医療機関において、新型コロナウイルス感染症患者の情報共有に用いられるほか、HER-SYSによって発行された陽性者登録の処理番号を新型コロナウイルス接触確認アプリ (COCOA) との連携によって共有するといった活用も行われている[3][4]。

2020年の導入時には誤入力の多さ等の問題[5][6][7][8]のため、データの信頼性が無く、「使い物にならない」と評されることもあったが[9]、その後厚生労働省の感染者情報の活用のあり方に関するワーキンググループ[10]などを通して改善が図られた。
脚注[脚注の使い方]
注釈^ 英語名称「Health Center Real-time information-sharing System on COVID-19」の略。

出典^ a b c d e “HER-SYS簡易操作マニュアル 外来機関（診療・検査医療機関等）向け” (PDF). 厚生労働省 (2020年10月30日). 2021年1月22日閲覧。
^ a b “新型コロナウイルス感染者等情報把握・管理支援システム(HER-SYS)：Health Center Real-time information-sharing System on COVID-19（新型コロナウイルス感染症）” (PDF). 厚生労働省. 2021年1月22日閲覧。
^ “新型コロナウイルス接触確認アプリ（COCOA）の陽性者登録のお願いについて(再周知)” (PDF). 厚生労働省新型コロナウイルス感染症対策推進本部 (2020年12月16日). 2021年1月22日閲覧。
^ “新型コロナウイルス接触確認アプリについて” (PDF). 寒河江市寒河江市公式ホームページ：寒河江市公式サイト. 厚生労働省新型コロナウイルス感染症対策推進本部 内閣官房新型コロナウイルス感染症対策テックチーム事務局 (2020年6月19日). 2021年1月22日閲覧。
^ 日本放送協会 (2020年9月28日). “新型コロナ 情報集約システムで誤入力 保健所などがチェックへ”. NHKニュース. 2023年8月26日閲覧。
^ 日経クロステック（xTECH） (2021年4月21日). “新型コロナ集計がようやく「HER-SYS」へ移行、それでも残る課題”. 日経クロステック（xTECH）. 2023年8月26日閲覧。
^ “HER-SYS戦記?新型コロナウイルス感染症対策におけるシステム? 。