各会合後には、担当大臣と尾身会長の記者会見が開催されている[19][20][21][22][23][24][25][26][27][28][29][30]。
対策
Go To キャンペーン

新型コロナウイルス感染症の流行に対する経済振興策として打ち出された「Go To キャンペーン」を巡って、内閣と新型コロナウイルス感染症対策分科会との間に齟齬が生じている。内閣総理大臣の菅義偉は、移動では感染しないと分科会から提言を受けていると主張し[31]、Go To キャンペーンの一環である「Go To トラベル」の正当性を強調していた[31]。しかし、分科会長の尾身茂は「分科会ではそういった趣旨の提言はしていません。私自身も、人の移動で感染しないということは一言も言っておりません」[31]と全面的に否定している。さらに、尾身はGo To トラベル開始前から「止めた方がいい」[32]と訴えていたが、内閣は意見に耳を貸すどころか、Go To トラベルを前倒しして開始してしまったと指摘している[32]。
緊急事態宣言

2021年（令和3年）1月5日の持ち回り審議により、「東京都を中心とした首都圏（埼玉県、千葉県、東京都、神奈川県）では、既にステージIV相当の対策が必要な段階に達している」[33]と指摘し「可及的速やかに、新型インフルエンザ等対策特別措置法（特措法）に基づく緊急事態宣言を発出すべき」[33]とする提言を発表した。
構成
分科会長


尾身茂（地域医療機能推進機構理事長）[6]

分科会長代理


脇田隆字（国立感染症研究所所長）[6]