1994年4月の時点でスポンサーなどへの外部企画書が完成し、同年6月にはガイナックスのファン会報とGAINAX-NETにて、ガイナックスの新作アニメーションが発表された。同年11月26日に発売された『月刊少年エース』1月号にて漫画「エヴァンゲリオン」の連載が告知され、同年12月26日発売の2月号で貞本義行による連載が始まった[20]。1995年3月10日に発売された『月刊ニュータイプ』4月号では、監督・庵野のインタビューほか、キャラクター設定とイメージボードが公開された。同年7月22、23日に茨城県潮来市にある潮来ホテルで開催された「ガイナ祭95」で、本作品第壱・弐話が初公開された。当日はスタンディングオベーションが起こったほど、ファンに期待を抱かせた。9月1日には貞本義行による漫画第1巻が発売され、10月4日に本放送が開始された。
他の作品からの影響原作・監督の庵野秀明（2016年撮影）

監督の庵野は、学生時代に『宇宙戦艦ヤマト』と『機動戦士ガンダム』のアニメブームを体験している。『宇宙戦艦ヤマト』に関しては庵野作品全般に、オマージュととれるシーンが存在する。『機動戦士ガンダム』に関しては、庵野自身『機動戦士ガンダム 逆襲のシャア』のメカニックデザインを担当していた。また、『逆襲のシャア』に関してはスタッフにインタビューした同人誌を出版している。1993年放送の『機動戦士Vガンダム』を庵野は高く評価しており、VガンダムのDVDブックレットに、「この作品にハマらなかったら僕は『新世紀エヴァンゲリオン』を作る前にアニメを辞めてたかもしれない、あるいは『エヴァ』みたいなものを作る気にはならなかったと思う」と語っている。本作品の第1話は『機動戦士ガンダム』の第1話を強く意識しており、庵野はガンダムの1話を全て時系列またはチャートにまとめ、それをホワイトボードに書き出し、「完璧だ！」「こんなの、絶対越えられない！」と発言している[21]。

庵野はアニメ業界におけるキャリアの初期に、『風の谷のナウシカ』の巨神兵の作画を担当しており、本人も巨神兵を主体とした作品を作りたがっていたが宮崎駿に拒否されたことから、巨神兵の特徴を引用してエヴァンゲリオンを制作したとも言われている[22]。実際に、新劇場版と同時上映の短編として『巨神兵東京に現わる 劇場版』を制作している。また、戦闘シーンは特撮からの影響を強く受けている[23]。

また庵野は一時期同人誌を集めるほどに『美少女戦士セーラームーン』にハマっていた。『美少女戦士セーラームーンS』ではセーラーウラヌス&ネプチューン変身バンク演出を手掛けている。そのため『美少女戦士セーラームーン』の登場人物・月野うさぎの声優を務めた三石琴乃を葛城ミサトの声優に起用したり、綾波レイの名前が火野レイより採られている。また、緒方恵美が『美少女戦士セーラームーン』の劇場版第1作目に地場衛の少年時代の役で出演しており、泣くシーンの演技を見て、本作品の主人公・碇シンジ役に決定したと語っている[24]。