コンテンツ業界では、元々一つのメディアでしか表現されていなかった作品（原作）の商品広告を小説、漫画、アニメ、ゲーム、音楽CD、映画、キャラクターグッズ販売などの多数のメディアと組み合わせて商品展開させ、各メディアの弱点を補う「メディアミックス」と呼ばれる手法が1980年代後半から盛んになっていた。本作品は同時期の『スレイヤーズ』シリーズ、『機動戦艦ナデシコ』と共にその潮流を確立させたものであり、特に「原作のないアニメ主体のメディアミックス」の嚆矢となった存在である[129]。

本作の成功はアニメブームに繋がり、放送後の1997年ごろからは首都圏でテレビアニメが週約50本放送される空前のブームとなった。本番組の深夜帯再放送における高視聴率をきっかけにアニメの深夜放送（いわゆる深夜アニメ）が増加したことと合わせて、現在のアニメ放送体系を決定付けたと言える[注釈 70][注釈 71]。テレビアニメにおける製作委員会方式の初期試用作品であり[注釈 72]、その傑出した成功例である本作品は、現在主流となっている同製作体制を増加させる一因となった[132]。ただし、この製作委員会方式はアニメの粗製濫造を招いたとして2007年からの『新劇場版』ではこれと訣別しカラーの100%出資により経済的リスクも全て負うことになった[133]。

また、物語終盤にいくにつれ、社会やそれに関わる人々がほとんど描写されることなく、主人公・碇シンジのとる行動や内面性がそのまま「世界の危機」にシンクロして描かれる。このような「悩める主人公の精神世界と現実世界がシンクロし、世界の命運を左右するかのような設定」は、後にセカイ系と呼ばれるジャンルの形成に大いに寄与し[47]、別名「ポスト・エヴァンゲリオン症候群」と呼ばれることがある[134]。
ホビーアイテム

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本放送の終了と前後して作品人気が高まった時期から、ホビーアイテムも登場した。バンダイでは、当初LM（リミテッドモデル）と銘打ったプラモデルシリーズを展開した。この商品は発泡剤を含ませたプラスチックを簡易金型で成型したものであり、その素材と生産の都合上シャープな造形ではなく可動部も少ないものであったが、発売と同時に売切が続出する。これに手応えを感じた同社では、即座に上位モデルとしてLMHG（リミテッドモデル・ハイグレード）シリーズを企画する。こちらは同社の看板商品であるガンプラで培われた技術をふんだんに持ち込んだ設計で、特に腕はアニメ設定の肘関節が露出しない構造を再現するため、一種のアーマチュア（可動式骨格）構造を持ったフレームの上に軟質素材を被せた状態で成型するというこだわりを見せ、ヒット商品となった。両シリーズとも劇中に登場するエヴァシリーズ全機が商品化された上に、使徒も一部商品化されている。

また、当時ヒットの兆しを見せていたトレーディングカードの分野でもバンダイで商品化がなされ、こちらもヒットを記録した。同社は低年齢層向けのカード自販機ブランド「カードダス」を有しており、SDガンダムなどのカードをリリースしていたが、対象年齢の違いから当初は「カードダスマスターズ」ブランドでの発売となっている（後に「カードダス」ブランドでも発売された）。

これらの商品は、当時ホビー分野の商品化権をセガが有していた関係上、バンダイはセガからセカンドライセンス（2次版権）を取得する形での販売となった。このため、当時の商品パッケージには発売元がセガであると明記されている。

こういったハイターゲット向けのアイテムがいずれもヒットしたことが、後のアクションフィギュアブームに乗る形での商品化へと繋がり、世紀を越えてなお多数の新規ホビーアイテムがリリースされ続ける状況の先鞭をつけたといえる。